A Mecsek egyik névről ismert, de kevesek által bejárt kiterjedt patakos barlangját először 1844-ben Höbling Miksa pécsi orvos említette nyomtatásban, miután ugyanezen év tavaszán felkeresve, több helyen igen alacsonynak, iszaposnak találta, s a nagy víz miatt nem tudott abba messze behatolni. Több mint fél évszázadon keresztül az irodalom nem tesz róla említést, mígnem Myskovszky Emil bányafelügyelő 1904. évi tanulmányában részletesen leírja, sőt fényképet is közöl a bejáratáról. Szorgalmazza az általa létrehozott Barlangkutató Osztály feladataként a Kőlik rendbehozatalát. Erre csak 1927-ben nyílott lehetőség, amikor Ozanich Gyula bányamérnök vezetésével és terveivel a barlang egy részét hozzáférhetővé tették. Az agyagos, meszes kitöltésben több helyen próbagödröt ástak annak megállapítására, hogy nem tartalmaz-e valamilyen régiséget. A meredek részeken lépcsőket alakítottak ki, és létrákat helyeztek el, hogy megkönnyítsék a hátsó járatok elérését. Felmérték az üregrendszert, s fényképeket készítettek róla. A következő évben, 1928-ban önkéntes munkások közreműködésével folytatták a feltárást, s a felső nyílás kibővítése után 44 m hosszúságból átlagosan egy méter vastag iszapréteget bontottak le, amelyet áthordtak a barlang első részeinek kiegyengetésére. Ezzel a művelettel a felső járat kényelmessé vált, s az alsóba pedig egyenletes alapon betonjárdát készíthettek. Ugyanitt tízméteres szakasz átrobbantásával közvetlen utat nyitottak a forráshoz, amelynek medrét kikotorták, s vizét falazott duzzasztógáttal fogták fel. 1929 tavaszán nagyobb esőzések voltak, a felső járatba vízbetörés történt, ami a feltöltést kimosta, de egyúttal megmutatta az utat, hogy merre kell a továbbjutást keresni. Az 52. méterig kitisztították a járatot, s a víztócsákat áthidalták.

Ozanich Gyula átalakításával jelentősen megváltozott a barlang belső, de ugyanakkor bejárati képe is. Eredetileg az észak felé néző, 6,0 m széles, 9,7 m mély és 6,5 m magas sziklaüregből s ebből nyíló két sziklafolyosóból a már leírt, erősen átalakult barlang keletkezett, amelynek kiépítése még nem fejeződött be. Több évi szünet után a pécsi Barlangkutató Osztály 1936-ban a Budapesti Egyetemi Turista Egyesület barlangosainak bevonásával az 52. m-nél útban álló szikla átrobbantásával s egy vízelvezető árok kiásásával a víztócsákat lecsapolta. E munka eredményeként a barlang kétharmada járhatóvá vált.

Több mint tíz év múlva, 1947-ben, a felszabadulást követő egyik első hazai barlangkutató expedíció a Mecsekbe vezetett, Vértes László irányításával. Elsősorban a továbbjutást akadályozó szifon izgatta a kutatók fantáziáját, ahol először 1951-ben próbálkoztak, s Vértes László feljegyzése szerint a szifonon átbújva kb. 1,5x2,0 m-es kis üregbe jutottak, de tovább a szikla mélyen a víz alá hajlott.

A következő szifonátúszási kísérletet Magyari Gábor hajtotta végre 1953 januárjában, de eredménytelenül. Két évvel később, 1955-ben az ELTE TTK Turista Szakosztályának kutatói szervezettebb expedíciójuk alkalmával a szifonon való átjutás legegyszerűbb lehetőségét úgy látták, ha a csekély hozamú patak vízszintjét lesüllyesztik. A barlang száraz ágának végén agyagból gátat emeltek, s vödrökkel a gát mögé, a száraz ágba meregették a patak kis tóvá duzzadt vizét. Néhány liter víz kimerése után a szifon megnyílt, s nemsokára lehetővé vált a szifonon való átkelés. Elsőnek Nagy István geológushallgató úszott át, míg kint maradt társai állandóan merték a vizet. Később a többiek is átkeltek a szifonon. Az 5,5 m hosszúságú 1. sz. szifon mögött a járat kisebb teremmé szélesedett, magassága 4-5 m volt, hossza 10-12 m, s a végén újabb szifon állta útját a továbbjutásnak. A sikeren és a lehetőségen felbuzdulva azonnal újabb expedíciót indítottak, s 1955 májusában másfél napos, váltott műszakos munka eredményeként sikerült a 2. sz. szifon vizét is annyira süllyeszteni, hogy május 14-én délután szabaddá vált az út a továbbjutásra. A kb. 8 m hosszú 2. sz. szifonon Magyari Gábor és Nagy István ment át először. Mintegy 160 m-rel később újabb szifon állta útjukat. Az ekkor feltárt barlangszakasz folyosóit csaknem teljesen összefüggően beborította a fekete színű, bársonyos mangánkéreg. A 3. sz. szifonon azóta sem sikerült áthatolni, s a barlang természetes üreg jellege a későbbiekben tovább romlott, mert 1957-ben a Komlói Vízmű a karsztvíz hasznosítása érdekében a Gyula-forráshoz vezető kirobbantott folyosóba betongátat épített. A sokat bírált, rosszul tervezett vízfoglalás helyett 1969-ben Vass Béla javaslatára egy 56 m hosszú tárót lyukasztottak, ahol a víz a Mély-völgyben korábban létesített völgyzáró gáthoz jut. Ezt követően áttörték a barlang 1. és 2. sz. szifonját, s azt 105 m hosszúságban járható méretűvé alakították át. A 3. sz. szifon áttörése után a Baranya megyei Idegenforgalmi Hivatal barlangkutatói megkíséreltek átjutni a 4. sz. szifonon, de eddig sikertelenül. A barlang középső-triász korú, anizuszi mészkőben keletkezett, amely közé dolomit és dolomitos mészkőpadok is rétegződtek. Ez utóbbiak kisebb oldhatósága miatt alakultak ki a szűkebb keresztmetszetű szifonok. Mint Nagy Géza megállapította, a barlangi patak vízhozama a belső szakaszon észrevehetően nagyobb, mint a külsőn. Ez azért van, mert a víz a kőzet hasadékain át a mélybe szivárog, de valódi víznyelő csak a legkülső szakaszon ismeretes. Az elszivárgó vizek a Gyula-forrásban egyesülve bukkannak elő, hogy újra eltűnve a Mély-völgy és Zsidó-völgy összefutásánál, az Eta-forrásban lássanak ismét napvilágot. A források vize a barlangi patak felkavarása után perceken belül megzavarosodott, s csak órák múlva tisztult le ismét. A barlang vízrendszeréhez eddigi ismereteink szerint három víznyelő tartozik, a Zsidó-völgyi 1., 2. és 3. sz. nyelő.

Gebhardt Antal, a barlang első tudományos feldolgozója 1933-ban közölte az akkori végponton fekvő kis tó vizének kémiai összetételét, amelyből megállapította, hogy az közepesen lúgos s meglehetősen kemény víz. Feltűnt neki, hogy az állóvizek felszínét vékony mészkéreg borítja. Ugyancsak Gebhardt Antal vizsgálta rendszeresen a barlang meteorológiai viszonyait. 1931-ben egyéves méréssorozatot végzett, s ez idő alatt a barlangi középhőmérséklet 10,66°C-nak adódott, igen jelentős ingadozással (maximum 20,0°C, minimum 5,8°C). Ez a barlang átépítéssel létrejött nagyfokú nyitottságával magyarázható. A patakvíz hőmérséklete nyáron megegyezett a levegőével, télen azonban annál magasabb volt.

A Mánfai-kőlyuk iskolapéldája annak a jövőben várható tendenciának, amikor a barlangokat fokozottabb mértékben hasznosítani fogják, s ezzel magát a barlangot, annak természetes mivoltát kell megszüntetni. Reméljük, ebben a szükségképpen bekövetkező folyamatban nem a Mánfai-kőlyuk lesz a követendő példa.