### NIIF Információs Füzetek I/12.1

## Kollár Ágnes és Dravecz Tibor

# A hálózat használata
a molekuláris biológia területén

ISSN 1418-8570

### N.I.I.F.
Budapest, 1995

### Kollár Ágnes
Dravecz Tibor

Sorozatszerkesztők: | Drótos László
| Kokas Károly
Lektor: | Murvai János

### Tartalom

### 1. fejezet: Bevezetés

### 2. fejezet: Hírcsoportok és levelezési listák (newsgroups and mailing lists)

> 2.1. Speciális Usenet hírcsoportok
> 2.2. LISTSERV-et használó levelezési listák
> 2.3. Egyéb levelezési listák

### 3. fejezet: Hírlevelek (newsletters)

### 4. fejezet: Biológiai információk archívumai

> 4.1. Bibliográfiák
> 4.2. Molekuláris biológiai adatbázisok
> 4.3. Katalógusok (directories)
> 4.4. Szoftverek
> 4.5.Archívumok listája

### 5. fejezet: A World Wide Web

### 6. fejezet: Az EMBnet

> 6.1. A Magyar Embnet csomópont

### 7. fejezet: Felhasznált és ajánlott irodalom

### 1. Bevezetés

A molekuláris biológiában hamar kezdtek számítógépes módszereket alkalmazni, és különösen a szekvencia analízis, szekvencia adatbázisok használata megkövetelte a nagy teljesítményű, nagy háttértároló kapacitással rendelkező gépek használatát. Ezen okok miatt az Internet már viszonylag korán fontossá vált a molekuláris biológusok számára, és sok más diszciplinánál vagy a biológia más ágainál előbb teret hódított a hálózatokon.

Napjainkban a molekuláris biológusok jelentős része rá van utalva a hálózatokra, mivel fontos adatbázisokat más módon nehezen vagy nem tud elérni. Másrészt a hálózatban rejlő egyéb lehetőségek - az elektronikus kapcsolattartáson keresztül a nagyszámú szabad softver eléréséig - is egyre vonzóbbak.

Jelenleg a fejlődés is igen gyors: a különféle genom programok következtében a szekvencia adatbázisok mérete gyorsan növekszik, mindemellett egyre több új és új adatbázis jelenik meg, lesz elérhető. A molekuláris biológiai adatbázisok száma is az utóbbi időben évenként közel megduplázódott, és egyre kényelmesebb mind elérni, mind használni ezeket.

A füzet írása közben állandó problémát jelentett a lehetőségek, címek állandó változása, s mire a szerzők az írás végére jutottak, már meg is kellett kezdeni az átdolgozást, az adatok pontosítását. Sajnos nem is lehet naprakész változatot létrehozni, biztosan sok minden elavul, és még több új lehetőség említetlenül marad, mire az olvasók kézhez kapják e füzetet. Mindenesetre reméljük e füzetecske az elinduláshoz segítséget nyújthat, s általános áttekintést is ad.

Azoknak, akik most kezdenek ismerkedni a nemzetközi hálózatok használatával feltétlenül ajánljuk az IIF füzetsorozat hálózati alapismereteket tárgyaló részeit.

Köszönetnyilvánítás

A szerzők köszönettel tartoznak lektoruknak, Murvai Jánosnak és Drótos Lászlónak, az IIF füzetsorozat felelős szerkesztőjének értékes megjegyzéseikért, tanácsaikért.

Megjegyzés:

Ez a füzet az IIF füzetsorozat hivatalos Internet elérési helyén kívül elérhető lesz az alábbi helyen:

anonymous ftp://spike.fa.gau.hu/pub/document/iif_fuzetek/ és http://www.iif.hu/dokumentumok/

ill. ugyanitt Gopheren, WWW-en.

### 2. Hírcsoportok és levelezési listák

A számítógépes hálózatokon ma már könnyen hozzáférhetünk olyan információkhoz, amelyek hasznosan járulnak hozzá mindennapi munkánkhoz; találhatunk szakmai álláshirdetéseket, konferenciákról és találkozókról szóló értesítéseket, tudományos közleményeket, valamint megvitathatjuk bármely felmerülő problémánkat az adott szakterület számos képviselőjével. A legkülönbözőbb tudományos érdeklődési körű csoportok ugyanis (szűkebb szakmai körök és érdeklődő laikusok egyaránt) elektronikus vitacsoportokat, újságokat, témák szerinti kivonatokat működtetnek, amelyek többsége angol nyelvű. Ezeket a szolgáltatásokat főként a USENET hírcsoportjai és a levelező listák nyújtják, amelyeket sok esetben átjárók (gateway-ek) kapcsolják össze. Jelenleg körülbelül 100 hírcsoport és 250 levelező lista tarthat számot a biológus szakemberek érdeklődésére. Becslések szerint 10000-es nagyságrendű azok száma, akik olvassák a USENET biológiával kapcsolatos hírcsoportjait (Reid, 1993).

A Useneten az üzenetek kétféle úton kerülnek továbbításra: a USENET news szoftver segítségével, valamint elektronikus levelezéssel (e-mail). A news szoftvert használóknak nem kell fel- és kiiratkozniuk, egyszerűen olvashatják a leveleket, illetve válaszolhatnak azokra. Használatával és beszerzésével kapcsolatban a helyi rendszermenedzserhez fordulhatunk segítségért. E-mailen keresztül is megoldható a levelek fogadása és küldése, de a szoftver használata célszerűbb.

A hírcsoportok és levelezési listák többsége nem moderált, ami azt jelenti, hogy az üzeneteinket szabadon, felülbírálat nélkül tehetjük közzé. A moderált csoportok esetében ugyanakkor egy felügyelő személy válogatja ki az üzeneteket és csoportosítja vagy tömöríti azokat kérdéskörök szerint.

Mielőtt azonban bekapcsolódnánk a levelezésbe hozzászólásainkkal, ajánlatos tájékozódni a bekapcsolódás, levelezés módjáról, a kialakult szokásokról, etikettről. Ennek megkönnyítése érdekében számos dokumentációt állítottak össze a kezdők és érdeklődők részére, amelyek a hálózatokon gyakran ismételt kérdésekre (Frequently Asked Qustions = FAQ) adott válaszok összefoglalását tartalmazzák. Ezeket Usenet news.announce.newusers, valamint a news.answers és sci.answers csoportokban teszik közzé. FTP-vel elérhető FAQ tárat találhatunk az rtfm.mit.edu címen a pub/usenet/news.answers könyvtárban.

2.1. Speciális Usenet hírcsoportok

-BIOSCI/bionet hírcsoportok

A BIOSCI hírcsoportokat a különböző számítógépes hálózatokon dolgozó biológus szakemberek számára hozták létre annak érdekében, hogy a kutatók közötti kommunikációt és az információáramlást elősegítsék. Több szervezet támogatja az Egyesült Államokban (NIH, NSF és Department of Energy), valamint az Egyesült Királyságban. A szolgáltatásokhoz a felhasználók ingyenesen férhetnek hozzá, akárcsak a fentebb említett hírcsoportokhoz és levelezési listákhoz. A felhasználók csak non-profit célból vehetik igénybe, profitorientált szervezetek és személyek számára a hirdetések és egyéb tevékenységek tilosak.

A BIOSCI üzenetek a Usenet hírcsoportokba, valamint (az alábbiakban nyomtatott nagybetűkkel jelzett nevű) levelező listákra kerülnek továbbításra. A Usenet hírcsoportok tartalma azonos a megfelelő listákéval. A hírcsoportokba való fel- és kiiratkozás módja, a hírcsoportok legfrissebb listája, a legfontosabb e-mail címek, valamint a gyakran ismételt kérdések (FAQ) gyűjteménye megtalálható a BIOSCI információs hírlapban (The BIOSCI Electronic Newsgroup Network Information Sheet), amelyet a következő e-mail címen kérhetünk le: biosci@daresbury.ac.uk (a lehető legtömörebben fogalmazva, ugyanis az ezen a címen dolgozó személyzet hatalmas mennyiségű adminisztrációs munkát bonyolít le), valamint közzétesznek minden hónapban a BIONEWS/bionet.announce csoportban.

A hírcsoportok többsége a nevük által is megjelölt szakmabeliek szűk csoportja számára üzemel, míg néhány csoport általános információkat ad valamennyi felhasználó, illetve a kezdők számára.

Néhány fontosabb specifikus hírcsoport (címük az alábbiakban megtalálható):

BIONAUTS/bionet.users.addresses: Ez a csoport a biológusokat kívánja segíteni abban, hogy más szakmabeliek e-mail címét megszerezhessék (a siker ebben természetesen nem garantálható). Ezen kívül a bionet.users.addresses megfelelő fórum arra is, hogy levelezéssel vagy hírolvasó programmal kapcsolatos kérdéseket tegyünk fel, vagy bármilyen - az esetleges tapasztalatlanságunkból eredő - hálózattal (pl. WAIS, gopher) kapcsolatos kérdéseket.

BIONEWS/bionet.announce: Ez egy moderált hírcsoport, amelynek célja, hogy a legtöbb felhasználó számára fontos híreket közöljön a BIOSCI/bionet-en bekövetkező változásokról, konferenciákról, tanfolyamokról, találkozókról. A feliratkozást mindenki számára javasolják.

BIOFORUM/bionet.general: Ide küldhetjük el az egyetlen többi hírcsoport témájába sem eső leveleinket; új hírcsoport indítási szándékunk esetén itt kelthetjük fel mások érdeklődését.

BIO-JOURNALS/bionet.journals.contents: Itt több mint 30 biológiai folyóirat tartalomjegyzékében böngészhetünk már 1-2 héttel a megjelenés előtt. (Az érdekesebbek listája a Bibliográfiák fejezetben megtalálható). Ide az olvasók természetesen nem küldhetnek levelet.

EMPLOYMENT/bionet.jobs: A non-profit szektor biológusoknak szóló álláshirdetéseit olvashatjuk itt, és itt tehetjük közzé álláskereső hirdetéseinket is.

A legfontosabb molekuláris biológiai témakörű BIOSCI hírcsoportok a következők:

    Hírcsoport:                     Témakör:

    bionet.molbio.ageing            sejtek és szervezetek öregedése
       lista név: AGEING
       cím: ageing@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.bio-matrix        biológiai adatbázisok számítógépes keresése
       lista név: BIO-MATRIX
       cím: biomatrx@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.embldatabank      EMBL nukleinsav adatbázis információ
       lista név: EMBL-DATABANK
       cím:embl-db@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.evolution         evolúció különösen molekuláris
       lista név:MOLECULAR-EVOLUTION
       cím:mol-evol@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.gdb               a GDB adatbázis
       lista név: GDB
       cím:gdb@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.genbank           a GenBank adatbázis
       lista név: GENBANK-BB
       cím:genbankb@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.gene-linkage      genetikai kapcsoltság vizsgálata
       lista név: GENETIC-LINKAGE
       cím:gen-link@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.genome-program    Humán Genom Program témakör
       lista név: HUMAN-GENOME-PROGRAM
       cím:genome-pr@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.methds-reagnts    labortechnikai és anyag tippek
       lista név: METHODS-AND-REAGENTS
       cím:methods@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.molluscs          puhatestűek
       lista név: MOLLUSC-MOLECULAR-NEWS
       cím:molluscs@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.hiv               a HIV molekuláris biológiája
       lista név: HIV-MOLECULAR-BIOLOGY
       cím:hiv-biol@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.proteins          fehérjék és fehérje adatbázis keresések
       lista név: PROTEIN-ANALYSIS
       cím:proteins@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.proteins.7tms_r   G-protein-kapcsolt receptorok
       lista név:G-PROTEIN-COUPLED-RECEPTOR
       cím:7tms_r@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.rapd              RAPD
       lista név: RAPD
       cím:rapd@daresbury.ac.uk

    bionet.molbio.yeast             élesztő kutatók fóruma
       lista név: YEAST
       cím:yeast@daresbury.ac.uk

További, molekuláris biológusokat érdeklő szakmai, valamint fontos információkat (a hálózatokról, a szoftverekről, folyóirat tartalomjegyzéket, tudományos kutatók e-mail címeit, álláshirdetéseket) tartalmazó hírcsoportok az alábbiak (a ** jelzésűek moderáltak):

    Hírcsoport:                     Témakör:

    bionet.software.acedb           ACEDB szoftver használók fóruma
       lista név: ACEDB-SOFT
       cím:acedb@daresbury.ac.uk

    bionet.genome.arabidopsis       Arabidopsis genom project vitafórum
       lista név: ARABIDOPSIS
       cím:arab-gen@daresbury.ac.uk

    bionet.general                  csoport nélküli biológiai témák fóruma
       lista név: BIOFORUM
       cím:bioforum@daresbury.ac.uk

    bionet.users.addresses          hálózatok e-mail címek kérdés/felelet fóruma
       lista név: BIONAUTS
       cím:bio-naut@daresbury.ac.uk

    bionet.announce                 általános bejelentések biológusoknak
       lista név: BIONEWS**
       cím:bionews@daresbury.ac.uk

    bionet.journals.contents        biológiai szakfolyóiratok tartalomjegyzékei
       lista név: BIO-JOURNALS**
       cím:bio-jrnl@daresbury.ac.uk

    bionet.biophysics               biofizika
       lista név: BIOPHYSICS
       cím:biophys@daresbury.ac.uk

    bionet.software                 információk biológiában használt szoftverekről
       lista név: BIO-SOFTWARE
       cím:bio-soft@daresbury.ac.uk

    bionet.metabolic-reg            biológiai folyamatok kinetikája termodinamikája és
                                    szabályozása
       lista név:BIOTHERMOKINETICS
       cím:btk-mca@daresbury.ac.uk

    bionet.software.www             új hálózati biológiai információforrások
       lista név: BIO-WWW**
       cím:bio-www@daresbury.ac.uk

    bionet.celegans                 C. elegans és más nematódák vitafóruma
       lista név: CELEGANS
       cím:celegans@daresbury.ac.uk

    bionet.cellbio                  általános sejtbiológia és daganatok sejtbiológiája
       lista név: CELL-BIOLOGY
       cím:cellbiol@daresbury.ac.uk

    bionet.chlamydomonas            Chlamydomonas és rokonsági köre
       lista név: CHLAMYDOMONAS
       cím:chlamy@daresbury.ac.uk

    bionet.genome.chromosomes       eukarióta kromoszómák térképezése és szekvenálása
       lista név: CHROMOSOMES
       cím:biochrom@daresbury.ac.uk

    bionet.biology.computational    matematika és számítógép alkalmazások
       lista név:COMPUTATIONAL-BIOLOGY**
       cím:comp-bio@daresbury.ac.uk

    bionet.drosophyla               Drosophyla kutatás
       lista név: DROSOPHYLA
       cím:dros@daresbury.ac.uk

    bionet.emf-bio                  elektromágneses tér és a biológiai rendszerek
       lista név: EMF-BIO
       cím:emf-bio@daresbury.ac.uk

    bionet.jobs                     biológus álláslehetőségek
       lista név: EMPLOYMENT
       cím:biojobs@daresbury.ac.uk

    bionet.jobs.wanted              álláskeresők hirdetései
       lista név: EMPLOYMENT-WANTED
       cím:wantjob@daresbury.ac.uk

    bionet.glycosci                 szénhidrátok és glikokonjugátok
       lista név: GLYCOSCI
       cím:glycosci@daresbury.ac.uk

    bionet.immunology               immunológia
       lista név: IMMUNOLOGY
       cím:immuno@daresbury.ac.uk

    bionet.software.gcg             a GCG szoftver vitafóruma
       lista név: INFO-GCG
       cím:info-gcg@daresbury.ac.uk

    bionet.journals.note            tanácsok szakmai újságokkal kapcsolatban
       lista név: JOURNAL-NOTES
       cím:jrnlnote@daresbury.ac.uk

    bionet.microbiology             mikrobiológia
       lista név: MICROBIOLOGY
       cím:microbio@daresbury.ac.uk

    bionet.molec-model              molekula modellezés
       lista név: MOLECULAR-MODELLING
       cím:molmodel@daresbury.ac.uk

    bionet.mycology                 mikológia
       lista név: MYCOLOGY
       cím:mycology@daresbury.ac.uk

    bionet.neuroscience             idegkutatás
       lista név: NEUROSCIENCE
       cím:neur-sci@daresbury.ac.uk

    bionet.biology.n2-fixation      biológiai nitrogén fixálás
       lista név: N2-FIXATION
       cím:n2fix@daresbury.ac.uk

    bionet.parasitology             parazitológia
       lista név: PARASITOLOGY
       cím:parasite@daresbury.ac.uk

    bionet.photosynthesis           fotoszintézis
       lista név: PHOTOSYNTHESIS
       cím:photosyn@daresbury.ac.uk

    bionet.xtallography             makromolekulák krisztallográfiája
       lista név: PROTEIN-CRISTALLOGRAPHY
       cím:xtal-log@daresbury.ac.uk

    bionet.protista                 csillósok és más egysejtűek
       lista név: PROTISTA
       cím:protista@daresbury.ac.uk

    bionet.sci-resources            információ tudományos alapítványokról
       lista név: SCIENCE-RESOURCES**
       cím:sci-res@daresbury.ac.uk

    bionet.software.staden          Staden szekvencia analízis program fórum
       lista név: STADEN
       cím:staden@daresbury.ac.uk

    bionet.structural-nmr           NMR használata a makromolekulák
       lista név: STRUCTURAL-NMR    szerkezetmeghatározásában
       cím:str-nmr@daresbury.ac.uk

    bionet.virology                  virológia
       lista név: VIROLOGY
       cím:virology@daresbury.ac.uk

    bionet.women-in-bio             női biológusokkal kapcsolatos témák
       lista név: WOMEN-in-BIOLOGY
       cím:womenbio@daresbury.ac.uk

    bionet.organisms.zebrafish      zebradánió fórum
       lista név: ZBRAFISH
       cím:zbrafish@daresbury.ac.uk

Valamennyi itt felsorolt molekuláris biológiai hírcsoport két átjáróval kapcsolódik a levelezési listákhoz. Az európai felhasználók a biosci@daresbury.ac.uk címre küldhetnek levelet e-mail feliratkozás céljából. Ne küldjük feliratkozási vagy kiiratkozási szándékunkat a hírcsoport címére, hiszen akkor azt minden tag megkapja! Javasolt, hogy mielőtt bekapcsolódunk valamely hírcsoport tevékenységébe, és mi is levelet szeretnénk küldeni, olvassuk el a BIOSCI FAQ-ot, amelyet a bionet.announce csoportban tesznek közzé vagy megkérhető a BIOSCI munkatársaktól a biosci@net.bio.net címen e-mailen (itt a csoportok tevékenységének rövid összefoglalása is megtalálható), valamint az adott csoport FAQ-ját, amit általában havonta közzétesznek az újonnan bekapcsolódók számára.

Az összes korábbi BIOSCI/bionet üzenet és levél hozzáférhető WAIS (biosci.src és biology-journal-contents.src), gopher (net.bio.net port 70), anonymous ftp (net.bio.net(134.172.2.69)) és Mosaic/WWW (URL is gopher: (net.bio.net)) segítségével. További segítséget nyújtanak a biosci-help@net.bio.net címen.

Arról, hogy hogyan nyithatunk új hírcsoportot, az IIF füzetek egy másik számában találhatunk információt, valamint a BIOSCI/bionet FAQ-ban is részletesen olvashatunk róla. A BIOSCI ezen kívül lehetővé teszi bármely, legalább 500 főt számláló biológiai szakmai társaság részére, hogy egy moderált hírcsoportot létesítsen a szokásos szavazási procedúra nélkül.

-EMBnet hírcsoportok

A későbbiekben részletesebben megemlített Európai Molekuláris Biológiai Hálózat (European Molecular Biology Network=EMBnet) az alábbi USENET hírcsoportokat működteti:

    Hírcsoport:                     Témakör:

    embnet.news.admin               EMBnet segítő hírek adminisztrátoroknak
    embnet.general                  általános fórum
    embnet.net-dev                  hálózat fejlesztés
    embnet.rcp                      adatátvitel technikai kérdései

E-mail feliratkozás lehetséges a nethelp@embl-heidelberg.de címen, a csoportok levelezése olvasható és kereshető gopher-rel és WAIS segítségével a nic.switch.ch gépen.

-Egyéb hírcsoportok

A legkülönfélébb tudományterületeket ölelik fel a sci.* hírcsoportok, melyek száma meghaladja a 70-et. Ezek közül néhány:

    Hírcsoport:                     Témakör:

    sci.answers                     tudományokkal kapcsolatos FAQ-ok
    sci.bio.technology              biotechnológia
    sci.image.processing            képfeldolgozás a tudományban
    sci.techniques.xtallography     krisztallográfiai technikák

2.2. LISTSERV-et használó levelezési listák

Az első listservereket már jópár évvel ezelőtt a Bitneten fejlesztették ki, amikor Eric Thomas megírta a LISTSERV nevű számítógépes programot. Ez a program, számos azóta hasonló célra készült programmal együtt, képes elektronikus levelező listákat üzemeltetni és a résztvevők kéréseit kezelni. Ma a LISTSERV-et már számítógépek ezrein használják világszerte.

Molekuláris biológia témakörű listák többek között az alábbiak:

    Lista cím:                      Témakör:

    biorep-l@hearn.bitnet           biotechnológiai kutatás az Európai Közösségben
    biotech@umdd.bitnet             biotechnológiai vitafórum
    cellwall@ndsuvm1.bitnet         növényi sejtfal biológiája
    chr-x@hearn.bitnet              emberi X-kromoszóma molekuláris genetikája
    cyan-tox@trearn.bitnet          cianobaktérium toxinok
    dis-l@iubvm.bitnet              Drosophyla hírlevél
    embinfo@ibacsata.bitnet         EMBNet
    emflds-l@ubvm.bitnet            elektromagnetika (tud. orv.)
    hum-molg@hearn.bitnet           emberi molekuláris genetika
    meddchem@waynest1.bitnet        makromolekula- és gyógyszertervezés
    molbio-l@mizzou1.bitnet         molekuláris biológia
    proteins@tamvm1.bitnet          biotechnológia

Tudományos témakörű - nem csak LISTSERV - levelezési listákról kaphatunk széleskörű téma szerinti leírást Diane Kovacstól (dkovacs@KENTVM.kent.edu) a listserv@KENTVM.kent.edu címről téma szerint önnálló file-okban csoportosítva. A molekuláris biológia témakör listáit az ACADLIST.BIOLOGY file tartalmazza. Ezen file-okat vagy a fent említett listserverről érhetjük el (először egy "get readme" utasítást küldjünk) vagy hivatalos ftp helyén: zeus.kent.edu /library/acadlist. Gopheren, ill. WWW-en is elérhetők, pl. az ursus.bke.hu gopheren magyar/elibhu/lists/acadlist alatt.

A fenti listákra a következő módon lehet feliratkozni: küldjünk üzenetet a kiválasztott lista listserverének (nem pedig a lista!) címére. Ha például a klinikai humán genetika érdekel valakit, akkor a következő szöveg elküldésével lehet feliratkozni:

> subscribe molbio-l <saját név>

a listserv@INDYCMS.iupui.edu címre. A kiiratkozás hasonlóképpen történik a

> unsubscribe <lista név>

üzenettel. A levelek beáramlását a

> set <lista név> nomail

üzenettel függeszthetjük fel átmeneti időre. Az adminisztrációs jellegű kérdéseinket tehát mindig a listserver címére küldjük, különben szélesebb körű érdeklődésre számot nem tartó levelünket valamennyi listatag megkapja.

Amellett, hogy a tagsági kéréseket kezelik, a legtöbb listserver havi log file-ban archiválja a levelezést. Ezek e-mail-en elérhetők. A parancsok, melyekkel a listserver archívumokból lekérhetjük a korábbi anyagokat és más információkat is szerezhetünk, megtalálhatók a listserver parancs útmutatóban (Thomas, 1993). Néhány fontosabb:

    help                            hasznos általános információ lekérése
    review <lista név>              lista tagok névsorának lekérése
    index <lista név>               archivált file-ok listájának lekérése
    get listserv refcard            parancsok rövid listájának lekérése
    get listfaq memo                listserverekről FAQ-ok lekérése

Az `info` üzenet küldésével a listserver címére, egy információs útmutatót kapunk a válaszlevélben számos kulcsszóval. Az `info <kulcsszó>` üzenetre válaszképpen pedig megkapjuk a kulcsszó által meghatározott témakörről szóló összefoglalást.

A Usenet-hez kapcsoló átjárók következtében néhány listserver levelező lista egyben Usenet hírcsoport is, ilyen a fentebb megemlítettek közül a biotech@UMDD.umd.edu, amely a sci. bio.technology hírcsoport.

2.3. Egyéb levelező listák

Ezek a levelező listák nem a listserv típusú parancsokkal fogadják el a fel- és kiiratkozást. A fontosabbak, amelyek számot tarthatnak a molekuláris biológusok érdeklődésére:

Ancient-DNA-L - feliratkozási információ: majordomo@coombs.anu.edu.au (lista cím: ancient-dna-L@coombs.anu.edu.au).

Arabidopsis thal. database announcements - feliratkozáshoz lépjünk kapcsolatba Mike Cherry-vel a curator@weeds.mgh.harvard.edu címen (lista cím: aatdb-info@weeds.mgh.harvard.edu)

Biological timing and circadian rhytms - feliratkozás: cbt-general@virginia.edu címen (lista cím: cbt-general-request@virginia.edu)

Genstat statistics package discussion - feliratkozáshoz küldjük a : `subscribe genstat <saját név>` üzenetet a listral@ib.rl.ac.uk címre (lista cím: genstat@ib.rl.ac.uk)

NPLC (Plant lipids) - feliratkozás az NPLC@genesys.cps.msu.edu címen. (lista cím: nplc@genesys.cps.msu.edu)

Peptide libraries - feliratkozáshoz segítséget a biosci-server@net.bio.net címre küldött `help` üzenettel kaphatunk (lista cím: pep-libs@net.bio.net)

Plant hormones discussion list - feliratkozás a mailbase@mailbase.ac.uk címen a `join plant-hormones <saját név>` üzenettel (lista cím: plant-hormones@mailbase.ac.uk)

Prion Infection Digest - feliratkozni a prion-request@acc.stolaf.edu címre küldött `SUB prion saját utónév saját vezetéknév` üzenettel lehet (lista cím: prion@acc.stolaf.edu)

Prion research digest - feliratkozáshoz és további információért küldjünk e-mail-t a prion-request@stolaf.edu címre (lista cím: prion@stolaf.edu)

RNA - feliratkozáshoz információért forduljunk a biosci-server@net.bio.net címre a `help` üzenettel (lista cím: rna@net.bio.net)

Yeast artificial chromosomes - feliratkozáshoz információért forduljunk a biosci-server@net.bio.net címre a `help` üzenettel (lista cím: yac@net.bio.net)

Az egyes levelező listákról (rövid leírással) a news.answers csoportban találunk FAQ-ot (da Silva, 1993), ugyanez az anyag megtalálható a FAQ archívumokban is, a /mailing lists/ könyvtárban.

Egy igen hosszú (1.2 MB) levelező lista felsorolás érhető el anonymous ftp-vel az ftp.nisc.sri.com címen a netinfo/interest-groups vagy tömörített formában a netinfo/interest-groups.Z alatt vagy lekérhető e-mailen a mail-server@nisc.sri.com címen a `send netinfo/interest-groups` üzenettel. Egy nyomtatott verzió, az `Internet: Mailing Lists` címmel (Prentice Hall kiadó) is hozzáférhető, de ez a gyors változások következtében nem teljes.

3. Elektronikus hírújságok (newsletters)

A fenti levelező listák nagy része valójában a felhasználók kérdéseinek és megjegyzéseinek összefoglalóját tartalmazza egy tömörített nagy dokumentáció formájában, amelyet időszakosan közzétesznek. Egy ehhez hasonló változat az elektronikus hírleveleké.

Michael Strangelove (441495@acadvm1.UOTTAWA.ca) összegyűjtött egy könyvtárat az elektronikus kiadványaikról. Ez elérhető a listserv@acadvm1.UOTTAWA.ca címre küldött

> get ejournl1 directory
> get ejournl2 directory

üzenettel. A hírújságok többsége természetesen nem molekuláris biológusok számára készül, de pl. az egyes fajokkal foglalkozó újságok cikkei között találhatunk az érdeklődési körünkbe esőt is. Ilyenek közé tartozik az alábbi néhány példaként kiemelt is:

Bean Bag: Leguminosae Research Newsletter. Kiadók: Charles R. Gunn és Joseph H. Kirkbride, Jr., (jkirkbride@asrr.arsusda.gov). Elérhető gopheren és anonymous ftp-vel a huh.harvard.edu címen.

Drosophyla Informaion Newsletter. A Drosophyla Information Service kiadása. E-mail-en a listserv@iubvm.ucs.indiana.edu címen a `SUB DIS saját utónév saját vezetéknév` szöveggel lehet feliratkozni.

The Chlamidomonas Newsletter. E-mail feliratkozás lehetséges Mike Adamsnál az adams@ecsuc.ctstateu.edu címen, gopher elérhetőség a gopher.duke.edu, valamint anonymous ftp elérhetőség az acpub.duke.edu címről.

STARNET Echinoderm Newsletter. A kiadó, Win Hide elérhető e-mailen a whide@matrix.bchs.uh.edu címen.

4. Biológiai információk archívumai

Az Interneten szabadon elérhető óriási felhalmozott információt tartalmazó biológiai archívumokat, adatbázisokat, szolgáltatásokat többen elkezdték jól szervezett menü formájában gopher szerverekkel elérhetővé tenni. Ezek közé tartozik Don Gilbert IUBio szolgáltatása (ftp.bio.indiana.edu) és Mike Cherry gyűjteménye (weeds.mgh.harvard.udu) az Egyesült Államokban, Rob Harper `Finnish EMBnet BioBox`-a Finnországban (gopher.csc.fi) és Reinhard Doelz `Information servers in biology (gopher based)`-je Svájcban (gopher.embnet.unibas.ch).

Reinhard Doelz `Biocomputing Survival Guide`-ja (Doelz, 1993) tartalmazza az alapvető Unix és VMS parancsokat és a GCG szoftver leírását.

Számos molekuláris biológiai archívum és hozzáférésük módja megtalálható a fejezet végén.

4.1. Bibliográfiák

Sok Internet archívum rendelkezik kereshető, absztraktokkal kiegészített bibliografikus adatbázissal. Ezek közül mindössze néhány kerül itt megemlítésre.

A Drosophyla kutatás témakörében megjelent 52000 publikáció bibliográfiája, az idei évtől 1684-ig visszamenőleg áll rendelkezésre (ftp.bio.indiana.edu). A gopher.genethon.fr címen szekvencia analízissel és a humán genom projecttel kapcsolatos bibliográfiák találhatók. Többek között az alábbi folyóiratok tartalomjegyzékeiben kereshetünk még a megjelenés időpontja előtt ftp-vel (net.bio.net címen a pub/BIOSCI/BIO-JOURNALS könyvtárban), valamint gopher-rel (net.bio.net, port 70), ezen kívül elérhető a bionet.journals.contents hírcsoportban:

Applied Microbiology and Biotechnology
Applied and Environmental Microbiology
Biotechniques
CABIOS
Cell and Tissue Research
Chromosoma
Current Genetics
EMBO Journal
European Journal of Biochemistry
Histochemistry
Human Genetics
IEEE Engineering in Medicine and Biology
Immunogenetics
Journal of Bacteriology
Journal of Biological Chemistry
The Journal of Membrane Biology
Journal of Molecular Evolution
Journal of Virology
MGG - Molecular and General Genetics
Mammaliam Genome
Molecular Microbiology
Molecular and Cellular Biology
Nucleic Acids Research
Photosyntethica
Plant Cell Reports
Planta
Protein Science
Semenars in Cancer Biology
Seminars in Cell Biology
Seminars in Developmental Biology
Seminars in Immunology
Seminars in Neurosciences
Seminars in Virology
Theoretical and Applied Genetics
A következő kiadók Interneten hozzáférhetővé teszik kiadványaikat:

    Kiadó:                  Cím:                  Hozzáférés:

    Addison-Wesley          word.std.com          ftp
    O`Reilly & Associates   gopher.ora.com        gopher
    Kluwer Academic         word.std.com          ftp
    Publishers

4.2. Adatbázisok

A számítógépes hálózaton elérhető molekuláris biológiai adatbázisok száma mára jóval meghaladja a százat, a bennük fellelhető adatmennyiség pedig óriási. Ezek olyan témakörökkel foglalkoznak, mint például a különböző fajok genom adatbankjai, fehérjék és nukleinsavak szekvenciái és szekvencia összehasonlításra alkalmas adatbázisok, stb. Igen sok olyan új is található közöttük, amelyről már kaphatunk információt, de feltöltésük még folyamatban van és lekérdezhetőségük a közeljövőben várható. Működőképességük nagyrészt magukon a kutatókon múlik, hogy adataikat mennyire teszik mások számára hozzáférhetővé. Az adatbázisok többsége WAIS-szel vagy gopherrel kereshető néhány nagyobb, jól szervezett adatbázis interaktív vagy kötegelt (batch) kereséseket is lehetővé tesz.

Egyik nehéz kérdés, hogy hogyan találjuk meg a kérdéses adatbázist (a néhány, mindenki által jól ismerten kívül), amelyre szükségünk van. Ebben kívánunk segítséget nyújtani az alábbiakban. A molekuláris biológiai adatbázisok talán legátfogóbb listáját (kb. 120 adatbázis) és azok ismertetését tartalmazza a LiMB adatbázis (Listing of Molecular Biology databases, Keen et al., 1992). Megadja a legfontosabb információkat, az üzemeltetők postai és e-mail címét, telefonszámát is. A legújabb verzió lekérhető e-mailen a bioserve@life.lanl.gov címen. Az üzenetbe a `limb-data`, amennyiben csak információt kérünk a `limb-info`, szöveget gépeljük. A `limb-data` üzenetre válaszul egy több file-ba tördelt terjedelmes dokumentációt kapunk, amelyben kedvünkre keresgélhetünk. A LiMB floppy lemezen is megszerezhető, érdeklődjünk a megadott címen.

A John Hopkins Genetic Databases gopher-rel elérhető (merlot.welch.jhu.edu), benne körülbelül 20 genetikai, molekuláris biológiai és orvosbiológiai adatbázishoz férhetünk hozzá (többek között GenBank, PIR, EPD, TFD).

A Biotechnet Electronic Buyer`s Guide öt adatbázisában (Molecular Bology, Electrophoresis, Chromatography, Liquid Handling és Instruments & Apparatus) termékek neve és alkalmazásuk, az előállítók neve és címe után kereshetünk.

A BOING (Bio Oriented Internet Gophers) bio-gopherek területén nyújt keresési lehetőséget (gopher.gdb.org:3005/7) főleg egészségügyi szakterületen, orvosi kutatásban dolgozók számára.

Többek között számos molekuláris biológiai adatbázist, valamint a NIH szabadon hozzáférhető adatait (katalógusok, ösztöndíjak, egyebek), AIDS-szel és rákkal kapcsolatos információkat érhetünk el a National Institutes of Health Gopher segítségével (gopher.nih.gov és odie.niaid.nih.gov).

Természetesen érdeklődhetünk a szakmabeliektől is a különféle hírcsoportokban és levelezési listákon, valószínűleg kapunk segítséget. A bionet.software.acedb és a news.answers csoportokban is megtalálható az `ACEDB Genome Database Software FAQ`, amely felsorol legalább 30 genom adatbázist (nagy részüket a LiMB nem tartalmazza), amelyek az ACEDB adatbázis szoftvert alkalmazzák. (Az ACEDB rövidítés eredendően az `A Caenorrhabditis elegans Database`-re utalt).

Sok Usenet FAQ és ebben a füzetben szereplő hálózati irodalom ad még, bár nem teljes és nem csak molekuláris biológusokat érintő adatbázis információkat. Az itt következő rövid lista (Una Smith, 1993 alapján) nem törekszik átfogó képet nyújtani, csupán a nagyobb, sokakat érdeklő adatbázisokat említi és azok üzemeltetőinek e-mail címét. Kérdéseinkkel, adatküldéssel és korrekciókkal kapcsolatban fordulhatunk e megadott címekhez. (A fejezet végi Archívumok Listája is tartalmaz több címet.)

    Adatbázis:                        Üzemeltető címe:

    AAtDB (Arabidopsis thaliana)      curator@weeds.mgh.harvard.edu
    ACEDB (Caenorhabditis elegans)    rd@mrc-lmba.cam.ac.uk
    EMBL problems, feedback           nethelp@emblheidelberg.de
     software submissions queries     software@embl-heidelberg.de
     Data Library enquires            datalib@embl-heidelberg.de
     Data Library submissions         datasubs@embl-heidelberg.de
    FlyBase (Drosophila)              flybase@morgan.harvard.edu
    GDB                               help@gdb.org
    GenBank  enquires                 info@ncbi.nlm.nih.gov
      data submissions                gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
      updates,publication notices     update@ncbi.nlm.nih.gov
      Entrez questions                entrez@ncbi.nlm.nih.gov
      BLAST Email server              blast@ncbi.nlm.nih.gov
      Retrieve Email Server           retrieve@ncbi.nlm.nih.gov
      EST reports Email server        est_report@ncbi.nlm.nih.gov
    MSDN (Microbial Strains Data Net) msdn@bdt.ftpt.br és
                                      msdn@phx.cam.ac.uk
    NCBI                              repository@ncbi.nlm.nih.gov
    PIR                               fileserv@nbrf.georgetown.edu
    SWISS-PROT                        bairoch@cmu.unige.ch

Search Engines (`kereső gépek`):

Help file-t bármely megadott Genbank e-mail szervertől kérhetünk a `help` üzenettel.

Az EMBL többféle e-mail keresést tesz lehetővé a használók számára, további információért a `help` üzenettel fordulhatunk az alábbi helyekre:

    EMBL File Server                NetServ@EMBL-Heidelberg.DE
    FASTA                           FASTA@EMBL-Heidelberg.DE
    Quicksearch                     Quick@EMBL-Heidelberg.DE
    Swiss-Prot MPsrch               Blitz@EMBL-Heidelberg.DE

A BLOCKS adatbázis e-mailen kereshető, help file-t a blocks@howard.fhcrc.org címről üres üzenettel, `help` szöveggel a subject sorban kérhetünk.

A GenMark szekvencia keresővel kapcsolatban `instructions` üzenettel fordulhatunk a genmark@ford.gatech.edu címhez vagy kapcsolatba léphetünk M. Borodowsky-val (mb56@prism.gatech.edu) vagy J. McIninch-hel (gt1619a@prism.gatech.edu).

A Sequence Retrival System (SRS) program VAX VMS számítógépekre elérhető ftp-vel a biomed.uio.no EMBnet (Norvégia) csomóponton.

További irodalom: Henikoff (1993).

4.3. Katalógusok (directories)

Tudományos kutatók (közöttük genom kutatók) neve, címe és érdeklődési kör szerint kereshetünk gopher-rel a gopher.gdb.org címen az NIH, NSF, Department of Agriculture (USDA), valamint más minisztériumok által támogatott projectek és kutatók körén belül.

Körülbelül 2000 bionet.* hírcsoport felhasználó könyvtára férhető hozzá gopherrel és anonymous ftp-vel a net.bio.net-en és saját adatainkat is hozzáadhatjuk gopherrel vagy e-mailen. A molekuláris biológián belül mesterséges intelligenciával foglalkozók könyvtárát a National Library of Medicine tartja fönn, feliratkozni e-mailen Larry Hunternél a hunter@work.nlm.nih.gov címen lehet.

4.4 Szoftverek

A számítógépes hálózatokon elérhető szoftverek nagy része ingyenesen lekérhető, míg másik részük úgynevezett shareware kategóriába esik, ahol a szoftver elérése után fizetni kell. Számos biológiai orientáltságú szoftver archívum érhető el gopherrel vagy anonymous ftp-vel. Ezek közül néhány megtalálható az Archívumok listája felsorolásában. Az IUBio archívum (ftp.bio.indiana.edu) valószínűleg a legjobb gyűjtemény Észak-Amerikában. A növénytannal foglalkozók rendelkezésére áll a TAXACOM archívum (huh.harvard.edu). A National Center for Supercomputing Applications kiemelkedő szoftver gyűjteménnyel rendelkezik elektronikus kommunikáció és képfeldolgozás területén, amelyek hozzáférhetők a zaphod.ncsa.uiuc.edu címen. Jahn-Peter Frahm `A Guide to Botanical Software for MS-Dos Computers` munkája e-mailen elérhető nála a hh216fr@duc220.uni-duisburg.de címen.

Az Archive of Biology Software and Data archívum fő profilja a molekuláris biológia; Macintosh, MS-DOS, VAX-VMS és UNIX számára egyaránt tartalmaz szoftvereket. Az Archive.doc file tartalmaz olyan fontos információkat az archívum használatáról, amelyet érdemes először elolvasni. Az archívum elérhető ftp-vel (ftp.bio.indiana.edu).

Az egyik legjobb lehetőség a molekuláris biológiában alkalmazott szoftverek után érdeklődni a bionet.software hírcsoporton, de az egyes szakterületek hírcsoportjaiban is kaphatunk információt a szakmabeliektől. A jól ismert, hatalmas anonymous ftp-vel elérhető szoftver gyűjtemények felsorolásai számos, az Interneten is hozzáférhető publikációban megtalálhatók (Kehoe, 1992; Krol, 1992; Lane and Summerhill, 1992; LaQuey and Ryer, 1992; Tennant et al., 1993).

4.5. Archívumok listája

Az alábbi bejelentkezési helyeken a külső felhasználóknak is biztosítanak hozzáférést. A hozzáférés módja:

E - e-mail keresés
f - anonymous ftp
g - gopher szerver
G - gopher szerver plussz WAIS index keresés
t - telnet hozzáférés
T - telnet hozzáférés plussz e-mail válasz a keresés eredményéről
W - WAIS szerver plusz WAIS index keresés

    Internet csomópont neve:   Téma/szervezet:        Hozzáférés:

    ftp.bio.indiana.edu         IUBIO Genbank Flybase  f G
    ftp.embl-heidelberg.de      EMBL Data Library      E f G
    coli.polytechnique.fr       EMBLnet Mol. Evolution G
    ftp.bchs.uh.edu             Genbank PIR            f G
    helix.nih.gov               Genbank PDBPIR stb.    G
    finsun.csc.fi               Prosite Rebase-enzyme  G
    pdb.pdb.bnl.gov             Protein Data Bank      G
    ftp.tigr.org                Inst. for Genomic Rsch f
    megasun.bch.umontreal.ca    Molecular evolution    G
    nic.switch.ch               EMBnet                 G W
    rdp.life.uiuc.edu           Ribosomal DB project   f
    s2w007.pswfs.gov            Forest Genetics        G
    biomed.iuo.no               Genome data            T
    biox.embnet.unibas.ch       Genome data            G
    gopher.gdb.org              GDB Genome Data Bank   G
    weeds.mgh.harvard.edu       Arabidopsis C. elegans G
    mendel.agron.iastate.edu    Soy genome             G
    greengenes.cit.cornell.edu  Triticeae genome       G
    teosinte.agron.missouri.edu Maize genome           G
    gopher.duke.edu             Chlamydomonas          G E1
    poplar1.cfr.washington.edu  Populus genetics       f
    life.anu.edu.au             Bioinformatics         f G
    kiawe.soest.hawaii.edu      Genetic Mapping Tools  f
    rtfm.mit.edu                Usenet FAQ repository  f
    ksuvxa.kent.edu             Directory of lists     f

Megjegyzés: 1: chlamy@acpub.duke.edu

5. A World Wide Web

Napjainkban az Internet egyik leglátványosabb szolgáltatása a World Wide Web rendkívül gyorsan növekszik (az utóbbi évben több ezerszeresére nőtt!). Bár e növekedés abból a szempontból részben csak látszólagos, hogy az eddig is elérhető információ ezentúl a Weben át is elérhetők, de a WWW nyújtotta kényelmen és látványosságon túl megjelentek speciális új, csak a Weben át elérhető lehetőségek. Mindenesetre a WWW gyors változása miatt itt nem akarjuk annak lehetőségeit tárgyalni, hanem javasoljuk, hogy mindenki maga induljon rajta felfedezőútra, ebben a különféle WWW navigátorok kellő segítséget nyújtanak, s indításként néhány címet is adunk:

Molekuláris biológiai linkeket tartalmazó homepage-ek:

> http://life.anu.edu.au/molbio.html
> http://hri.ucfs.edu/internet/mol_bio.html
> http://www.genome.ad.jp/other_servers/
> http://molbio.umn.edu/bionetwork.html
> http://golgi.harward.edu/sequences.html ugyanitt /biopages/*

6. Az EMBnet

Az EMBnet létrehozását 1988-ban kezdeményezte az European Molecular Biology Laboratories (EMBL) azzal a céllal, hogy a molekuláris biológiai kutatásokhoz számítógépes rendszereket és bioinformatikát használó európai laboratóriumokat hálózati úton összekapcsolják. 1991-ben az EMBnet a BRIDGE program keretén belül kapott források felhasználásával tovább tudta bővíteni hozzáférhetőségét és oktató és tudományos kutatásban betöltött szerepét. A hálózat információt közvetít az európai laboratóriumok egyedi felhasználói és a heidelbergi EMBL Adatbázis között. Ezen túlmenően, minthogy a bioinformatika fiatal tudomány és a művelői számára elengedhetetlen a továbbképzés és a felhasználók által igényelt specifikus hardver és szoftver nem biztosítható gazdaságosan valamennyi helyszínen az adott országokon belül, az EMBnet gyorsan kifejlesztett olyan Európát behálózó nemzeti és specializált csomópontokat (jelenleg 22), amelyek az angol nemzetközi kommunikációs nyelv segítségével megoldják ezeket a helyileg felmerülő problémákat. Specializált központok közé tartozik a CEPH/Genethon Párizsban, a HGMP Resource Center Harrowban, az ICGEB Trieste, a Martinsried of Protein Sequences (MIPS) és az ipari kapcsolódási pont, a Hoffmann-La Roche Bázelban.

Az EMBnet alapvető feladata, hogy a naprakész nukleinsav és protein adatbázisok adatait hozzáférhetővé tegye a nemzeti felhasználók számára, valamint az új adatokat továbbítsa vissza a heidelbergi központba. A szekvencia adatbázisokon kívül az EMBnet szoros együttműködést folytat számos bioinformatikát használó programmal, mint amilyen a Humán Genom Program, Saccharomyces, Drosophyla és Arabidopsis genom térképező programok. Mivel egyre nagyobb a felhasználói igény a gyorsan elérhető adatokhoz és számítógépes hálózati szolgáltatásokra, az EMBnet bioinformatikai szolgáltatásai is egyre bővülnek (pl. molekula modellezés, oktató kurzusok speciális HELP szolgáltatások).

Az eddig létrehozott nemzeti csomópontok a következők:

BioBase - Ole Worms alle, Building 170 Aarthus Universitet, DK-8000 Aarthus C, Denmark

            IP cím: 129.142.18.100
            IP név: biobase.aau.dk

EMBL (European Molecular Biology Laboratory) - Meyerhofstrasse 1, Postfach 10 22 09, 6900 Heidelberg, Germany

            IP cím: 192.54.41.22, 192.54.41.21
            IP név: embl-heidelberg.de

CSC (Centre for Scientific Computing) - P.O. Box 405, FIN 02101 Espoo, Finland

            IP cím: 128.214.46.5
            IP név: convex.csc.fi

BISANCE - Laboratory de Biochimie, Ecole Politechnique, 91128 Palaiseau Cedex, France

            IP cím: 192.70.98.3
            IP név: arthur.citi2.fr

GENETHON - 1 rue de l`Internationale, BP60 Evry Cedex, France

            IP cím: 192.79.45.2
            IP név: exogene.genethon.fr

German EMBnet node- GENIUSnet, Department of Molecular Biophysics, German Cancer Research Centre (DKFZ), Im Neuenheimer Feld 280, D- 6900 Heidelberg, Germany

            IP cím: 192.54.49.66, 192.54.49.34
            IP név: genius.embnet.dkfz-heidelberg.de

GreekEMBnet Node - Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB), Foundation for Research and Technology Hellas, PO Box 1527, Heraklion 711 10, Greece

            IP cím: 147.52.64.3
            IP név: nefelh.imbb.forth.gr

The HGMP Resource Centre, Clinical Research Centre, Watford Road, Harrow, Middlesex, HA1 3UJ, United Kingdom

            IP cím: 192.69.153.50
            IP név: menu.crc.ac.uk

ICGEB (International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology) - Padriciano 99, I-34012 Trieste, Italy

            IP cím: 140.105.9.1
            IP név: genes.icgeb.trieste.it

Weizmann Institute of Sciences, Biological Services, Bilogical Comouting Division, Rehovot 76 100, Israel

            IP cím: 132.76.64.25
            IP név: dapsas1.weizmann.ac.il

CNR Area di Ricerca di Bari - Via Amendola 166/5, I-70125 Bari, Italy

            IP cím: 138.66.1.11
            IP név: mvx36.csata.it

Max-Planck-Institute für Biochemie (MIPS) - Am Klpferspitz, 81243 Martinsried, Germany

            IP cím: 141.61.66.2
            IP név: EHPMIC.MIPS.BIOCHEM.MPG.DE

CAOS/CAMM Center - University of Nijmegen, Toernooiveld, 6525 ED Nijmegen, The Netherlands

            IP cím: 131.174.82.227
            IP név: caos1.caos.kun.nl

Norvegian EMBnet Node - Biotechnology Center of Oslo, Gaustadalleen 21, N-0371 Oslo, Norway

            IP cím: 129.240.2.38
            IP név: biomed.uio.no

Hoffmann-La Roche - CH 4002 Basel, Switzerland

Centro Nacional de Biotechnología (CSIC) - Universidad Autónoma de Madrid, 28049 Madrid, Spain

            IP cím: 150.244.12.13
            IP név: cnbvx3.cnb.uam.es

Computing Department, Biomedical Centre, BOX 570, S-751 23 Uppsala, Sweden

            IP cím: 130.238.39.6, 130.238.38.254
            IP név: bio.embnet.se, perrier.embnet.se

Biocomputing, Biocentrum der Universitat Basel, Klingelbergstrasse 70, CH-4056 Basel, Switzerland

            IP cím: 131.152.8.1, 131.152.8.2, 131.152.8.3
            IP név: bioftp.unibas.ch, gopher.embnet.unibas.ch, beta.embnet.unibas.ch,
            biox.unibas.ch

SEQUNET - SERC Daresbury Laboratory, Daresbury, Warrington WA4 4AD, United Kingdom

            IP cím: 148.79.64.2
            IP név: s-crim1.dl.ac.uk

Bio Computing Center - University of Vienna, Dr.Bohr-Gasse 9, A-1030 Vienna, Austria

            IP cím: 131.130.83.3
            IP név: embdec.bcc.univie.ac.at

Belgian EMBnet Node (BEN) - ULB/VUB Computing Center, C.P. 300, 50 Av. Franklin Roosevelt, 1050 Brussels, Belgium

            IP cím: 134.184.15.1
            IP név: rc1.vub.ace.be

Instituto Gulbenkian de Ciencia - Apartado 14, 2781 Oeiras Codex, Portugal

Agricultural Biotechnology Center - Szent-Györgyi A u. 4, 2100 Gödöllő, Hungary

            IP cím: 192.146.135.1
            IP név: abc.hu

(látsd még az 5.1. alfejezetet)

Az EMBnet szolgáltatásai:

A nemzeti csomópontok rendszerint az Interneten vagy X.25 vonalakon érhetők el a hálózatokon. A nemzeti csomópontok általában a következő szolgáltatásokat nyújtják a felhasználók részére:

1. A naponta kiegészített és pontosan archivált az EMBL-től kapott DNS szekvencia adatbázis, amelyet a negyedévente kapott lemezekről vagy CD-ROM-okról töltenek fel.

2. A naponta kapott új DNS szekvencia adatokat az arra igényt tartó további nemzeti központokba továbbítják.

3. Login szolgáltatást biztosítanak a nemzeti csomópont infrastruktúráját és bioinformatikai szolgáltatásait igénybe venni kívánó kutatók számára.

Az EMBnet ezen felül levelezési listát működtet az EMBnet csomópontok személyzetei közötti koordináció segítése céljából.

Az alábbi szolgáltatások érhetők el továbbá az EMBnet hálózaton:

1. ARCHIE és WAIS szerver (CSC Helsinki);

2. FTP szerverek számos csomóponton;

3. GOPHER és WWW szerverek számos csomóponton;

4. Levelező (mail) szerver az EMBL heidelbergi központjában, amely adatbázissal kapcsolatos kérdésekkel foglalkozik, összehasonlítási kereséseket végez, valamint adatbázis és szoftver lehívásokat nyújt.

EMBnet projectek:

1. Usenet News-on alapuló konferenciák: A meglevők (lásd korábban) mellett további EMBnet hírcsoportokat kívánnak létrehozni, ahol egy adott tudományos téma határozott időtartamú megvitatását követően egy összefoglaló dokumentumot helyeznének el az EMBnet archívumában, amely a továbbiakban bármikor hozzáférhető lenne a biológusok számára.

2. Gopher szerveren alapuló információ elérési rendszer továbbfejlesztése (University of Minnesota): Az EMBnet a biológusok számára fontos információk elérését kívánja ezúton megkönnyíteni.

3. A DNS adatbázisok feltöltésének és szinkronizálásának módját kívánják továbbfejleszteni.

4. Új eszközök fejlesztése adatbázis keresésekhez, információcseréhez: Jelenleg a szekvencia homológia keresésével kapcsolatos feladatokat mail szerver segítségével látja el az EMBnet, ehelyett interaktív kereséseket kívánnak létrehozni.

5. Oktató kurzusok szervezése: Az új technológiák és adatbázisok elősegítése érdekében különböző témájú kurzusokat szeretnének indítani különböző szintű közönség részére.

6.1. A magyar EMBNET csomópont

A Gödöllői Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (MBK, angol rövidítéssel ABC) üzemelteti a magyar EMBNET csomópontot. Itt mind Interneten (hubi.abc.hu ill. 192.146.135.1), mind X.25-ön keresztül használhatjuk a népszerű GCG szabadszoftvert, melyel az alábbi DNS és protein adatbázisokon dolgozhatunk:

GenBank, EMBL, PIR, Swiss-prot, PROSITE (s még két kisebb abatbázis).

Az adatbázisokat negyedévenként frissítik.

További információ az ABC Gopherén kapható (gopher hubi.abc.hu).

7. Ajánlott és felhasznált irodalom

Barr, D. and Horton, M. (1993) Rules for posting to Usenet. Usenet news.announce.newusers. FAQ archive filename posting-rules-part/1.

Brader, M. and Schwarz, J. (1993) Answers to Frequently Asked Questions about Usenet. Usenet news.announce.newusers. FAQ archive filename usenet- faq/part1.

BIOSCI/bionet Frequently Asked Questions (FAQ). Last revised: 28. Jun. 1994. Usenet bionet.announce. FTP, gopher: net.bio.net (port 70).

Crepin-Leblond, O.M.J. (1993) FAQ: International E-mail accessibility. Usenet comp.mail.misc. FAQ archive: mail/country-codes.

Doelz, R. (1994) European Molecular Biology network.Biozentrum, Bazel.

Granrose, J., Jones, M. and Czarnik, T. (1993a) Anonymous FTP List - FAQ. Usenet comp.misc. FAQ archive: ftp-list/faq.

Granrose, J., Jones, M. and Czarnik, T. (1993b) Anonymous FTP List - Sites. Usenet comp.misc. FAQ archive: ftp-list/sites(1-3).

Garavelli, J. (1992) Announcements of the Protein Information Repository. Usenet bionet.molbio.proteins, December.

Henikoff, S. (1993) Sequence analysis by electronic mail server. Trends in Biochemical Sciences, 18(7): 267-268.

Kamens, J.I. (1993a) FAQ: How to find peoples E-mail addresses. Usenet comp.mail.misc. FAQ archive filename finding-sources.

Kamens, J.I. (1993b) How to find sources (read this before posting). Usenet comp.mail.misc. FAQ archive filename finding-sources.

Keen, G., Redgrave, G., Lawton, J., Cinkovsky, M., Mishra, S., Fickett, J. and Burks, C. (1992) Access to molecular biology databases. Mathematical Comput Modelling, 16: 93-101.

Lamb, D. (1993) FAQ: College E-mail Addresses. Usenet soc.college. FAQ archive filename college-email/part(1-3).

Lawrence, D.C. (1993) List of Active Newsgroups. Usenet news.answers. FAQ archive: active-newsgroups/part(1-2).

Lawrence, D.C., McIntosh, J. and Spafford, G. (1993) Mailing Lists Available in Usenet. Usenet news.answers. FAQ archive: mail/news-gateways/part1.

Maxwell, C. and Grycz, C.J. (1994) The New Rider`s Official Internet Yellow Pages. New Riders Publishing, USA.

Reid, B. (1993) Usenet Readership Summary Report for October 1993. Usenet news.lists.

Ritter, O. (1994) The Integrated Genomic Database. In: Computational Methods in Genome Research, edited by S. Suhsi, Plenum, 57-73.

Ritter, O., Kocab, P., Senger, M., Wolf, D. and Suhai, S. (1994) Prototype Implementation of the Integrated Genomic Database. Computers and Biomedical Research, 27: 97-115.

Sherman, B.K. (1994) ACEDB Genome Database Software FAQ. Usenet bionet.software.acedb. Arcive filename acedb-faq.

ftp: //rtfm.mit.edu/pub/usenet/news.answers/acedb-faq
http: //probe.nalusda.gov:8000/acedocs/acedbfaq.html

da Silva, S., Von Rospach, C. and Spafford, G. (1993) Publicly Accessible Mailing Lists. Usenet news.lists. FAQ archive: news.lists(1-6).

Smith, U. (1993) A Biologist`s Guide to Internet Resources. Usenet sci.answers. Archive filename biology/guide/part1.

Spafford, G. and Salzenberg, C. (1992) What is Usenet? Usenet news.announce.newusers. FAQ archive filename what-is-usenet/part1.

The BIOSCI Electronic Newsgroup Network Information Sheet. (Last revised: 22. Nov. 1994) Usenet bionet.announce. E-mail-en lekérhető a biosci@daresbury.ac.uk címen.

Yanoff, S. (1993) Updated Internet Services List. Usenet alt.internet.services. Available from rtfm.mit.edu FAQ archive as filename internet-services.