A virágzó indián kultúrák az európai hódítások következtében a XVI. században hanyatlásnak indultak. A spanyolok és a portugálok a meghódított területeken felállították saját iskoláikat, melyek közül az elsők a térítés és hitoktatás érdekében nyílottak meg.
A kollégiumok, grammatikai iskolák, egyetemek és más oktatási intézmények az európai modellek szerint tanították az Újvilág lakóit " főként meszticeket és kreolok gyermekeit, hiszen az indiánoknak kevés lehetőségük volt a tanulásra. A XVI-XVII. században főként az egyetemek kiépítése történt meg a latin-amerikai országokban, az alsóbb oktatási szint intézményei csak azt követően fejlődtek.