Erdélyi Tudományos Füzetek
230

SIPOS GÁBOR
Az Erdélyi Református
Főkonzisztórium kialakulása
1668–1713–(1736)

Erdélyi
Múzeum-Egyesület	
erdélyi református 
egyházkerület	
Kolozsvár 
2000

A sorozatot szerkeszti
Dávid Gyula

ISBN 973-8231-00-0

TARTALOM

Előszó: vallomás és köszönet
Bevezetés, meghatározás
I. 1668 – 1690
Elvi alapok, előzmények
A világiak egyházkormányzati részvételének intézményesítése
A curatoratus
Congregatio politico-ecclesiastica
Enyedi közjáték 1673-1674
Congregatiók az 1680-as években
A curatoratus működése az 1670-es – 80-as években
A fejedelmi tanács egyházkormányzati tevékenysége
A világi egyházkormányzat személyiségei
II. 1691 – 1703
Új erdélyi kormányzat
Felekezetközi tárgyalások, bécsi követjárások
A Főkonzisztórium egyházigazgatási tevékenysége 1691-1696
A Főkonzisztórium egyházigazgatási tevékenysége 1697-1703
A Főkonzisztórium hivatali működése 1691-1703
A Supremum Consistorium világi és egyházi személyiségei
III. 1704 – 1708
Kettészakadt egyházkormányzat
IV. 1709 – 1713 – (1736)
A Főkonzisztórium újjászervezése 1709-ben
A Főkonzisztórium működése az 1713-as újjászervezésig
A Főkonzisztórium átszervezése 1713-ban
A “successio”
Őrségváltás 1734-1736-ban
A Főkonzisztórium hivatali működése 1709 után
A Főkonzisztórium levéltára 1709 után
A főkonzisztóriumi egyházkormányzati rendszer más egyházakban
Összegezés, kitekintés
Főgondnokok névsora 1691-1748
Rövidítések jegyzéke
Hely- és névmutató (Csak a PDF változatban!)

Előszó: vallomás és köszönet
Egyháztörténetírásunk régóta adós az egyházi intézmények történetének korszerű feldolgozásával. Ennek az elmaradásnak okául elsősorban az 1990-et megelőző évtizedek általános egyházellenes politikáját említhetjük, amely megakadályozta az egyházakat abban, hogy a második világháború végéig töretlen fejlődési vonalon tovább vigyék saját múltjuk szakszerű feltárását. Az országonként változó mértékű tiltás-tűrés ellenére érvényes e megállapítás a Kárpát-medence minden államára. Erdélyben a kétszeres kisebbségi helyzetben élő magyar egyházak sem kutatói állásokat, sem publikációs lehetőségeket nem teremthettek e célra, a teológiai intézetek egyháztörténeti tanszékei és a megmaradt folyóiratok egyaránt a szigorú ellenőrzés és a cenzúra gúzsában próbálták legalább a hagyományokat fenntartani. Magyarországon annyival volt jobb a helyzet, hogy az 1970-es évektől kezdve a kora újkori, tehát a protestantizmust is magukba foglaló egyháztörténeti kutatások mégis szervezettebbé válhattak, mégpedig világi keretek között, az irodalomtudományi kutatásokhoz kötődve. Ebből következően az egyháztörténet művelődéstörténeti vonatkozásai, a szellemi áramlatok fejlődése, az iskolák múltja kerültek a kutatói és forrásközlő érdeklődés előterébe, az egyházi intézménytörténet feltárására nem akadt vállalkozó.
Amikor 1977 őszén az Erdélyi Református Egyházkerület kolozsvári Gyűjtőlevéltárban megkezdtem a munkát, egykori professzorommal, Jakó Zsigmonddal folytatott beszélgetésekből vált nyilvánvalóvá számomra a fent vázolt helyzet, ugyanakkor a kötelező feladat is: az iratanyag védelme és rendezése, a kutatók kiszolgálása mellett az egykori egyházi intézmények írásos hagyatékával naponta találkozó levéltárosnak ezek történetét is fel kell tárnia. Az intézmények jelentősége adta meg a sorrendet, amelyben természetesen első helyen szerepelt a sajátos erdélyi református egyházkormányzati rendszer, a Főkonzisztórium múltjának korszerű vizsgálata. Hasonló értelmű biztatást kaptam b.e. Juhász István teológiai professzortól, aki – az addigi szakirodalommal ellentétben – mindig nagy megbecsüléssel szólt az erdélyi reformátusok egyházfőtanácsáról. Sokat köszönhetek a Dobai Istvánnal folytatott beszélgetéseknek is, amelyek során a Főtanács egyháztársadalmi viszonyai világosodtak meg a számomra.
A rendszeres kutatómunkát az 1980-as évek közepén kezdtem el, tanulmányom első vázlatai is ekkor születtek. Csakhamar nyilvánvalóvá vált azonban, hogy nem elegendő egyedül a Főkonzisztórium levéltárának feltárása, mivel a korabeli iratkezelési szokásoknak megfelelően rengeteg egyházi jellegű akta maradt a kálvinista vallású főurak családi levéltáraiban. A Magyar Országos Levéltárban őrzött levéltári anyag átnézésére 1990-től kezdve nyílott lehetőség, három éven keresztül egy-egy hónapot szánhattam e kutatásra. A magyarországi Művelődési és Közoktatási Minisztérium kéthetes ösztöndíja komoly támogatást jelentett, de még többet köszönhetek barátaim önzetlen segítségének. Balázs Mihály, Bognár Nándor és Bognárné Novák Ildikó, Monok István, Torma Hermina és Virág Károly segítsége nélkül nem dolgozhattam volna oly jó körülmények között és eredményesen.
A kutatás eredményeként született dolgozatból végül PhD-értekezés lett, amelyet 1977-ben nyújtottam be a szegedi József Attila Tudományegyetem Bölcsészkarának Régi Magyar Irodalom tanszékére. Köszönettel tartozom opponenseimnek, Monok Istvánnak és R. Várkonyi Ágnesnek, alapos bírálatuk és jobbító javaslataik nagymértékben hozzájárultak e kötet végső változatának kialakításához. 
Feleségem türelme és kitartó biztatása nélkül sokkal lassabban készült volna el a szöveg, köszönet érte.

Bevezetés, meghatározás
A szinte kilenc évtizedig református fejedelmeket uraló 17. századi Erdélyben a református egyházkormányzatnak sajátos, a magyarországi egyházkerületekben föl nem lelhető formái alakultak ki. Nem a fejedelemnek az egyház vezetésében való részvételére gondolunk itt elsősorban – noha ezt legfőbb patrónusi minőségében mindegyik fejedelem gyakorolta –, hiszen e részvételt a tiszántúli és a tiszáninneni egyházkerület is tapasztalta, amikor a változó nagyságú partes regni Hungariae területükre is kiterjedt. Viszont csak Erdélyre jellemző a református főrendek egyre aktívabb és szervezettebb részvétele az anyaszentegyház felső vezetésében. Ennek első csírái a Geleji-kánonokat szentesítő 17. század közepi zsinatokon jelentkeznek, majd Apafi Mihály uralkodásának második évtizedében a fejedelmi rendeletre összeülő világi-egyházi vegyes gyűlésekben kap szervezettebb formát. 1690 után a református többségű Gubernium átveszi a fejedelem egyházi jogkörét is, a főrangú világiak és jelesebb állású egyháziak vegyes gyűlése pedig – amelyet már ekkor Supremum Reformatum Consistorium Ecclesiastico-Politicum néven említenek – rendszeresen összeülve meghatározza a saját hatáskörét, és egyre nagyobb szerepet kap az egyház anyagi, szervezeti, kormányzati ügyeinek rendezésében. A Főkonzisztórium mint állandó egyházkormányzati szerv 1709-ben, illetőleg 1713-ban alakul meg. Apróbb alakításoktól eltekintve e keretek között 1871-ig változatlanul tölti be hivatását: az egyház in spiritualibus jogkörét gyakorló zsinat és püspök mellett a református egyház összes világi vonatkozású ügyét intézi, a végrehajtó hatalmat gyakorolja, egyúttal pedig érdekképviseleti szervként működik Erdély más egyházaival, illetőleg a katolicizmust erőteljesen támogató Habsburg-kormányzattal szemben.
Nem egyházjogi definíciókkal, hanem kialakulásának és hatáskörének pár mondatos vázolásával határoztuk meg az Erdélyi Református Főkonzisztóriumot. Megfelelőbb ez a módszer, lévén hogy e kormányzó testületet az egyház nem tervszerűen, szervezeti formáját, jogkörét már kezdetben pontosan megszabva hozta létre, hanem az 1668-1715 között eltelt fél évszázad során több fejlődési fokozaton átmenve alakult ki. “Erdély változásának” azok a mozgalmas évtizedei hívták életre, amikor a gyorsan változó körülmények a református egyháztól szükségszerűen megkívánták a pontos helyzetfelismerést, bizonyos alkalmazkodási képességet, de az intenzív érdekvédelmi tevékenységet is. E kihívásra az egyház hagyományos vezető szervei, az évente egyszer összeülő zsinat és az élethossziglan választott püspök már nem felelhettek meg kellő súllyal.
Az alábbiakban a Református Főkonzisztórium történetének ezt a szinte öt évtizedre terjedő kezdeti szakaszát szeretnénk feltárni. PokolyHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. József l904-ben megjelent egyháztörténeti munkája nagy vonalakban helyesen ábrázolta ugyan a Supremum Consistorium kialakulásának folyamatát, de az Apafi-korról akkoriban uralkodó általános lekicsinylő szemlélet befolyására meg a konzisztoriális egyházkormányzat negatív megítélésének hatására értékelése nem eléggé árnyalt, és terjedelmi okokból sem térhetett ki a részletekre. A Főkonzisztórium egyházvédő és kormányzó szerepét alig méltányoló értékítéletei, megállapításai a hanyatló múlt századi időszak visszavetítéséből származhatnak, amit a kialakulás korszakának forrásai nem indokolnak. Az azóta megjelent forráskiadások és történeti munkák sokasága, főként pedig a fejedelmi Erdély utolsó évtizedeinek és a korai Guberniumnak mostanában megélénkült, reális szemléletű történetkutatása (R. Várkonyi Ágnes és Trócsányi Zsolt műveire gondolunk elsősorban) indokolja az erdélyi református egyháztörténet e fontos szakaszának minél szélesebb forrásbázison nyugvó feltárását. Jakó Zsigmond és Juhász István már évtizedekkel ezelőtt figyelmeztetett arra, hogy a Református Egyházfőtanács kezdeti időszakára vonatkozóan a Pokoly óta hagyományos szemlélet immár nem állja meg a helyét. 

I. 1668 – 1690
Elvi alapok, előzmények
“A magyar református egyház első szervezetét – írja id. Nagy Géza – leggyakrabban a német lutheranizmus konzisztoriális rendszerével, illetve a középkori magyar katolicizmus archidiakonusi felépítésével hozzák kapcsolatba. Csakugyan, az elsőből átveszik őseink a világi hatóság, község és patrónus (Erdélyben a fejedelem, sokhelyt a városi tanács), a másodikból pedig az egyházmegyei szenior-kollégium nagy szerepét. Mindkettőből pedig azt, hogy a lelkészi elem a tanításban, a fegyelmezésben és a kormányzásban kizárólagos szerepet játszik.” A reformáció századában még csak a gyülekezeti élet körében történtek kezdeményezések a laikus elem bevonására a fegyelmezés és az egyházkormányzás munkáiba. Majd a következő században tisztázódik, hogy “a világi elem miképpen vesz részt az egyházközség építő és kormányzó munkájában, valamint a felsőbb hatóságok összetételében.” Kétirányú tehát a folyamat, amelynek során a világiak egyre aktívabban vesznek részt az egyház munkájában: az egyik a gyülekezetek körében a presbitériumok felállítását célozza, a másik pedig a világiaknak a református egyház felső és középszintű vezetésében való intézményesített részvételére irányul.
A presbitériumok szervezésének fél évszázados, kemény egyházpolitikai küzdelmekkel terhes folyamata többé-kevésbé ismert; főként az elvi viták részleteit tárta fel az eddigi kutatás, azonban a szervezés részletadatai, a vidékenként eltérő eljárások aprólékos feltárása még várat magára. Most csak annyiban utalunk Szilvásújfalvi A. Imre, Kanizsai Pálfi János vagy Tolnai Dali János és társai meg Medgyesi Pál tevékenységére, amennyiben az tárgyunkra tartozik: a presbitériumok beállítása körüli zsinati viták, az orthodoxia ellenállása, a pro és kontra érveket felsorakoztató vitairatok és értekezések elvi alapot nyújtottak a második irány számára is, előkészítették az utat a laikus elemnek az egyházkormányzatban való részvételére. Míg a presbiteriánus mozgalom, nem egy időben ugyan s különböző eredményekkel, de átfogta a magyar református egyház mindegyik kerületét a Dunántúltól Erdélyig, addig a református világiaknak az egyház felső vezetésébe való bekapcsolódása csak Erdélyre jellemző.
Ennek a sajátos erdélyi egyházkormányzati formának az előzményeit, gyökereit részint a 17. század eleje óta megszakítás nélkül református vallású fejedelmek egyházigazgatási tevékenységében, részint pedig a református főrendek, nemesek egyházi működésében kereshetjük.
Figyelmünket most az előbbire fordítva először annak jogi alapjaira vetünk egy pillantást. Egyháztörténeti kutatásunk megállapítása szerint az erdélyi fejedelmek a reformáció századában a summus episcopus jogával élve erősítették meg a választott superintendenseket hivatalukban, ámde egyházkormányzó tevékenységük nem fejlődött e jog alapján a német – lutheri consistoriális szervezet irányába, hanem a következő században a négy recepta religio rendszerének megszilárdulásával a summus episcopatus elenyészett, és a fejedelmek az egyházak irányában csupán a legfőbb felügyeleti joggal éltek. A református fejedelmek az “orthodoxa ecclesiának” főpatrónusai voltak, a ius advocatiaet és a ius supremae inspectionist gyakorolták.
Magától értetődik, hogy e felügyeleti és egyházvédelmi jog kereteit maga az élet töltötte ki tartalommal, s a fejedelem hitbuzgóságától, erélyétől, illetőleg a református püspök személyi kvalitásaitól függött, hogy időről-időre mekkora körre terjedt ki a legfőbb világi hatalom egyházigazgatási működése. Bocskai István, Báthori Gábor, Bethlen Gábor, az öreg és ifjú Rákóczi György valóban fejedelmi módon gondoskodott az erdélyi református egyházról anyagi és szellemi téren egyaránt. A kolozsvári és gyulafehérvári templomadományozások és újjáépítések, a gyulafehérvári Academicum Collegium megalapítása, a dézsmanegyedek adományozása mind-mind a fejedelmek patrónusi működésének emlékei. E patrónusi viszonyt általános érvényűen jellemzi Geleji Katona István püspök és I. Rákóczi György levelezése: az erdélyi református anyaszentegyház püspöke olyan feladatok megoldását igényelte a fejedelemtől (kollégiumi birtokok visszaszerzése, új lelkészi állások anyagi fedezete, külföldi tanulás elősegítése, a nyomda jó karba állítása stb.), amelyek – későbbi szóhasználattal élve – a főgondnok hatáskörébe tartoznak. Megállapíthatjuk tehát, hogy a 17. század első felében Erdély református fejedelmei saját egyházukban de facto főgondnoki szerepkört töltöttek be. 
Bár a fejedelmek patrónusi-főgondnoki működése nem épült be intézményesen az egyház szervezetébe, hatásai és eredményei jogi kodifikáció nélkül is nyilvánvalóak. A már említetteken kívül elég, ha Bocskai és Bethlen kiváltságleveleire tekintünk, amelyek megszilárdították a református papság társadalmi helyzetét, s egyben az egyházat a társadalmi felemelkedés egyik csatornájává tették. Egyetérthetünk tehát az erdélyi rendiség történetét feltáró Trócsányi Zsolt megállapításával: “Az uralkodó egyház (a katolikus, majd a református) kormányzata ténylegesen a fejedelem irányítása alatt áll.” Hangsúlyoznunk kell itt a “ténylegesen” szót, két értelemben is. Egyrészt – mint már említettük – a református fejedelmek saját egyházukban való patrónusi-főgondnoki működése egyházjogi szempontból külön szentesítést nem kapott, e tisztséget nem iktatták be az egyház hierarchiájába. Másrészt viszont ez az intézményesítés nélküli tevékenység informális utakon akadálytalanul zajlott. Nyilván nem véletlen, hogy 1618-1660 között az erdélyi református egyház püspöki székébe a fejedelem udvari papjai (Keserüi Dajka János, Geleji Katona István, Csulai György) kerültek – a kánon szerinti szabad választásban a személyek arravalósága mellett a fejedelem befolyása is érvényre jutott.
Az erdélyi református egyház kormányzatának felső szintjén a de facto főgondnok fejedelem meghatározó szerepe, végső döntési joga töretlenül fennmaradt a fejedelemi korszak végéig. A dogmatikai vagy liturgiai kérdésekben a zsinat és a püspök önállóan dönthetett, de az egyházszervezeti, fegyelmi s főleg az iskolai – tehát a társadalmat is érintő – ügyekben döntő súllyal esett a latba a fejedelem akarata.
E kéttényezős kormányzati rendszerben új elem jelentkezett 1646-ban: a nevezetes szatmárnémeti nationalis synoduson öreg Rákóczi György fejedelem mellett a református főrendek is részt vettek a tanácskozásokon. A zsinat határozata nyomán Gelejitől összeállított törvénykönyvet a következő évben Kolozsvárott összeült synodus szintén a református főurak jelenlétében revideálta, s az ekkor függőben maradt kérdéseket 1648-ban Gyulafehérváron az országgyűlés után “a mi hitünket valló jelesebb főrendek” a fejedelem jelenlétében megvitatták és eldöntötték. A kánonokat megerősítő oklevél is hangsúlyozza “a vallásunkon való becsületes úri és főrendeknek”, mint a “külső azaz secularis status” képviselőinek részvételét a törvénykönyv végleges szövegének megállapításában, határozottan leszögezve, hogy az egyházi törvények jövendőbeli esetleges módosítása csak a “külső belső rendeknek s nekünk is keresztyén fejedelmi egyező tetszéseink által” lehetséges.
A református főrendek ugrásszerűen megnövekedett egyházkormányzati befolyása, mely a fejedelem ezirányú tevékenységének kiegészítéseképpen jelentkezett, csak első pillantásra tűnik meglepően váratlannak. Figyelembe véve azonban a kor egyházi mozgalmait, a radikális egyházújításokat követelő presbiteriánusok s a hagyományos egyházszervezetet védelmező orthodoxusok közötti, szinte egy évtizede zajló vitákat, teljesen természetesnek tarthatjuk a főrangú világiak aktivizálódását. Jó néhányuk a presbiteriánusoknak fogta pártját, de még a püspöki egyházkormányzat meggyőződéses hívei is elfogadhattak annyit az újításokból, hogy a világiaknak nagyobb felelősséget kell érezniük az egyház iránt s ez rangjuknak megfelelően a felső vezetésben való részvétellel valósítható meg. Arra is gondolnunk kell az okok keresésekor, hogy az újításokat ellenző I. Rákóczi György, a presbiterianizmus megfékezésének céljából jónak látta csatasorba állítani a református főrendeket is.
Érdekes jellemzője a presbiteriánus-orthodox vitának, hogy mindkét tábor képviselői erőteljesen hangsúlyozták a keresztyén világi felsőség (a fejedelem és a református főurak) egyházigazgatási szerepének fontosságát. Geleji püspök, “a keresztyén fő Magistratusoknak és Statusoknak egyezések nélkül” semmi újítást sem fogadott el s a világi hatalomra támaszkodva igyekezett visszaszorítani a puritánus hullámot. Medgyesi Pál viszont épp azért ellenezte a Geleji-kánonok törvényerőre emelését, mivel véleménye szerint a törvénykönyv a fejedelem egyházigazgatási jogkörét csorbítja, utat engedve az episzkopális túlkapásoknak. Dialogusában hangsúlyozza, hogy az erőszakoskodó vagy túlkapásokra vetemedő lelkészi zsinat megrendszabályozása a világi “kegyes Magistratus” feladata. Emlékeztet arra, hogy a holland arminiániusok 1618-as elítélésekor a külső és a belső rend példaszerűen együttműködött.
A fejedelem és “a keresztyén fő Magistratusok és Statusok” összefogásának jelei az egyházi törvényhozás mellett a gyakorlati egyházpolitikában is jelentkeztek: 1650-ben a püspökválasztó zsinaton Csulai Györgyre “nemcsak a papok adták egytől egyig a magok értelmeket, hanem a nemesek, urak is mindnyájan és a fejedelem is minden különbség nélkül”.
A világiak egyházkormányzati részvételének intézményesítése
Az erdélyi országgyűlések korábbi határozatait egybefoglaló Approbatae Constitutiones című törvénykönyv (1653) a főrangú világiaknak a gyakorlatban már korábban észlelhető egyházigazgatási részvételét jogilag szentesítette, meghatározva az egyházi és világi vezetők hatáskörét: tisztán hitbeli, dogmatikai kérdésekben a lelkészi kar önállóan dönthet, de a szervezeti, fegyelmi, vagyonkezelési, tehát a világiakat is érintő ügyekben végleges döntés csak “a fő Magisztrátusoknak és Patronusoknak egyenlő tetszésekből” születhet.
Az “igazhitű fő rendek” immár törvényesített egyházigazgatási működésének két intézményes formáját figyelhetjük meg a 17. század közepén. Az egyik a fejedelem elnökletével időszakonként ülésező, legfelső szintű döntéseket hozó egyházi-világi vegyes testület, amelynek csíráit a Geleji-kánonokat véglegesítő gyűlések jelentik, végleges formája pedig a század 70-es – 80-as éveiben kristályosodik ki. Időben megelőzi s mintájául is szolgál a másik forma, a kollégiumok és egyes egyházközségek ügyeinek intézésére hivatott, szintén vegyes (egyházi-világi) összetételű gondnokság, amelynek szervezete és hatásköre az 1650-es évek első felében alakul ki.
Ez utóbbi fejlődését áttekintve az 1653-as országgyűléstől kell kiindulnunk, amely a fehérvári Academicum Collegium élére “mind az Eklézsiai Statusbol s mind pedig külső rendekből bizonyos fő Inspectorokat” állított, kimondva, hogy az egyelőre meghatározatlan számú gondnoki kar a főiskola tanulmányi, fegyelmi és anyagi ügyeiben hivatott dönteni, természetesen a fejedelem jóváhagyásával. Világi részről Bethlen János, Daniel János és Lázár György, egyházi részről Csulai György püspök töltötte be a gondnoki tisztséget az 1650-es években, működésüknek azonban kevés nyoma maradt.
A kolozsvári református egyházközség és iskola közös gondnoksága szintén az l650-es évek közepén kapott határozottabb szervezeti formát. Fejedelmi rendeletre a régi patrónusi intézményt 14 tagú, “az ekklézsia eleiből” választott curatoratus váltotta fel 1652-ben, az egyházközség papjai és gondnokai között két év múlva felmerült hatásköri vitát szintén Rákóczi fejedelem döntötte el, több cikkelyt tartalmazó rendelkezésbe foglalva a curatorok jogait és kötelességeit. A fejedelmi rendelkezést (némely pontjaiban kiigazítva) jóváhagyó marosvásárhelyiHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. zsinatnak (1654. június 14.) a kolozsvári egyházközséghez szóló meghagyása egyben általános érvényű elvi döntésnek is tekinthető: “A második articulust ... így modificállyuk és declaráljuk: hogy az ő Nagysága complanatiója szerint az ecclesiasticusok tartozzanak adhibealni a curatorokat minden Ecclesiára és Scholára tartozó dolgokban.” 
Lelkészek és világiak vezetésbeli együttműködésének másik példája a fogarasi egyházközség, amelynek élére már Bethlen Gábor négy tagú világi inspektorátust állított (1629), ezek a helybéli lelkészekkel együtt alkották az eklézsia és az iskola felügyelő szervét.
Az erdélyi református egyház kormányzati rendszerének fejlődése – amelynek során az egyháztársadalom a fejedelem főpatrónusi-főgondnoki jogkörének, működésének kiegészítéseképpen a református főurak hasonló tevékenységét is elfogadta – a szerencsétlen végű lengyelországi hadjárat utáni nagy uralmi válság éveiben (1657-1661) törést szenvedett; a viharos politikai változások hatására a református egyházon belüli mozgalmak is szélsőséges megnyilatkozásokkal jelentkeztek az egyházi közélet küzdőterén. A Lorántffy Zsuzsanna fejedelemasszony támogatását élvező puritanizmus – amelynek lendületét nem törte meg a presbitériumok szervezését jobb időkre halasztó szatmárnémeti zsinat, sem az ifjú Rákóczi fejedelem üldözése – latin és magyar nyelvű propagandairatokkal meg az igehirdetés eszközeivel egyre szélesebb körben terjesztette és fogadtatta el az egyház megújításának szükségességét. Időjártával a püspökös egyházkormányzat meggyőződéses hívei kiöregedtek vagy meghaltak, s a kevésbé szélsőséges újítók egyre nagyobb számban kerültek felelős pozícióba. 
Az episzkopális hagyományokat szigorúan őrző II. Rákóczi György kényszerű trónfosztása után Barcsay Ákos került Erdély fejedelmi székébe, aki elvből, de nyilván politikai megfontolásból is a presbiteriánus irányzatot támogatta. Rövid, a Rákócziéval váltakozó uralkodása alatt újra lángra kaptak az eddig elfojtott egyházszervezeti viták; a fejedelem a presbitériumok szervezésére biztatta a lelkészeket, sőt a püspöki kormányzat végleges eltörlésének szélsőségesen új gondolatát is elfogadta. 
Mintegy visszahatásul az 1661 januárjában fejedelemmé választott Kemény János, a püspökös egyházkormányzat híve, erős kézzel s eleddig szokatlan módon avatkozott bele a református egyház irányításába: fejedelmi propositiókat intézett az április 3-án Marosvásárhelyen összeült zsinathoz. A főgondnoki hatáskört túllépő fejedelmi akció nem keltett megütközést a generalis synodus tagjaiban, megtárgyalták a propositiókat, és április 4-én pontról-pontra válaszoltak, egészen az egy századdal későbbi főkonzisztóriumi-zsinati levélváltás modorában.
Maguk a propositiók nem lendültek át szélsőségekbe (a zsinat helyeslésének ez lehet egyik oka): elrendelik az episcopale regimenhez való visszatérést, meghagyva, hogy a püspökségre olyan személy választassék, “kin mind ő kegyelmek az egyházi rendek, mind pediglen mi is megnyughassunk s megegyezett tanácsból légyen.”
Különben a fejedelem jelenlétében megválasztott új püspök személye is a két párt megbékélésének és az erdélyi állapotokhoz szabott ésszerű restaurációnak volt a jelképe: nem a szélsőségesen püspökös Dadai János küküllői esperes, hanem a mindkét irányzat bizalmát elnyerő Veresmarti Gáspár kolozsvári lelkész került az erdélyi református egyház élére.
Az egyházi pártküzdelmek fő témája, a presbitériumok szervezésének kérdése felől pedig a propositiók szintén békéltető álláspontot képviseltek, elrendelve az egyházi életre károssá váló viták megszüntetését s megengedve a presbitériumok szervezését, “ahol megkedveltetik és szükséges és egyszersmind lehetséges is lészen.” Bölcs megfontolással hangsúlyozzák a propositiók “a presbiteriális ecclesiai igazgatás” fő feltételét: “amennyiben az erdélyi állapotok szenvedik.”
A fejedelmi propositiók az uralmi válság éveiben jelentős károkat szenvedett közegyházi és kollégiumi vagyon rendbeszedése és további kezelése végett felújítják és átszervezik a nemrég életbeléptetett és alkalmasnak bizonyult gondnoki intézményt. Az Academicum Collegium birtokainak gondviselésére alcuratorokat rendelnek, ezek számadásainak felülvizsgálatára pedig két egyházi és két világi főgondnokot. A pusztulás után megmaradt közegyházi vagyon összeírására és további kezelésére egyházi és világi inspectorokat adnak a püspök mellé segítségül, akik munkájukról a zsinatnak adnak majd számot, világi főrendek jelenlétében. E rendelkezéseket a zsinat ellenvetés nélkül elfogadta, a Collegium egyik algondnokául Lipcsei Györgyöt nevezte ki, a másik állásra viszont két személyt jelölt, a végleges döntést a fejedelemre bízva.
A marosvásárhelyi zsinat az országos romlásból éledezni kezdő református egyház megerősítése végett minden életképesnek bizonyuló szervezeti intézkedést átmentett a Rákóczi-korból, a puritanizmus mérsékelt, az erdélyi társadalom realitásait figyelembe vevő szárnyát pedig törvényes elismerésben részesítette. Ezen az úton fejlődött tovább az egyház kormányzata az önálló Erdély utolsó, Apafi Mihály nevével fémjelezhető évtizedeiben. 
Az 1661 szeptemberében török nyomásra fejedelemmé választott Apafi három évig tartó, szívós kitartást követelő diplomáciai manőverekkel szilárdította meg uralmát a területében megkisebbedett, anyagi és emberi értékeiben hatalmas veszteségeket szenvedett Erdélyben. Szinte három évtizedig terjedő uralkodása alatt az egyre aktívabbá váló két nagyhatalom között sikerült megőriznie a kis ország önálló államiságát, biztosítva ezzel az erdélyi társadalom belső rendjének helyreállítását a régi keretek között.
Valláspolitikájának fő jellemzője a gazdag erdélyi hagyományokra támaszkodó tolerancia. Saját egyházával szembeni magatartását egyrészt puritánus hatásokon érlelődött, erőteljes személyes vallásossága és alapos teológiai műveltsége, másrészt az uralkodói felelősségről vallott korszerű meggyőződése határozta meg. 
Mint a református egyház főpatrónusa, Apafi bőkezűen gondoskodott az egyházközségek és iskolák anyagi alapjairól. Az 1658 óta bujdosó gyulafehérvári Academicum Collegiumot a Bethlen adományozta birtokok központjában, Enyeden helyezte el 1662-ben, s későbbi folyamatos gondoskodását is értékelve méltán emlegetik a kollégium második alapítójaként. Patrónusi áldozatkészségét jelzi a sárospataki menekülő iskola Gyulafehérvárra való letelepítése (1672), akárcsak a szászvárosi partikula segélyezése. Falusi és városi egyházközségek egész sora őrzi ma is az Apafi adományairól szóló okleveleket.
E fejedelmi bőkezűséggel természetesen együtt járt a főgondnoki jogok gyakorlása is, sőt Apafi e jogkört túllépve a “summus episcopus”-i korlátlan befolyást igyekezett elérni. 1673-ban a papjukkal veszekedő marosvásárhelyi híveket kemény, ma már a nyomdafestéket sem tűrő szavakkal utasította rendre, “tudtokra lévén az, hogj mi fizetünk Praedicatorjoknak.” Az 1673-as radnóti zsinaton fejedelmi minőségben kívánt elnökölni, megnyitva így az utat a fejedelmi hatalomhoz kötött legfőbb egyházi hatóság kialakulása felé. Tanácsadóinak, elsősorban Bethlen János kancellárnak bölcs mérséklete és a papság erőteljes ellenállása megakadályozta a református egyházalkotmány veszedelmes következményekkel fenyegető ezirányú átalakítását, és e kompromisszumot Apafi elfogadta és következetesen be is tartotta.
Mint egyházának legfőbb patrónusa, Apafi – akárcsak elődei – erőteljesen éreztette befolyását a református püspökök megválasztásában. 1668-ban a püspökválasztó synoduson a fejedelmi megbízottak együtt szavaztak a zsinati tagokkal, 1679-ben pedig – ha hihetünk Hermányi Dienes József emlékezetének – a püspökválasztáskor a papság jelöltje, Szentgyörgyi Dávid hunyad-zarándi esperes alulmaradt a fejedelem pártfogoltjával, Tofeus Mihály udvari pappal szemben.
A curatoratus
A kollégiumi gondnokság intézményének újjászervezése, amely még Kemény János idejében megkezdődött, Apafi korában folytatódott és kiteljesedett. Az Enyedre telepített kollégium gondnoki karát 1664-ben a fejedelem kiegészítette; az egy évtizeddel korábban kinevezett gondnokok közül csak Bethlen János maradt életben, melléje világi részről Bánffi Zsigmond főispán, országgyűlési elnök, egyházi részről pedig Veresmarti Gáspár püspök és Dadai János küküllői esperes került tiszttársul. A gazdasági ügyek intézésére még Kemény Jánostól kinevezett két számadó algondnok, Lipcsei György és Fábián István továbbra is hivatalban maradt. A főgondnoki kar 1669-ben Rhédei Ferenccel és Bethlen Farkassal egészült ki, a két elhunyt egyházi főkurátor helyébe pedig az új püspök, Kovásznai Péter és Csengeri István professzor került.
Ez a paritásos alapon álló vezetési rendszer két év múlva újabb igazításra szorult: a főkurátorok mellé három fiatalabb, még nem tanácsúr főrendet tettek gondnoknak (Bethlen Miklós, Macskási Boldizsár, Keresztesi Sámuel ), és az egyházi gondnokok számát is gyarapították. Ilyenformán gyorsabbá vált az ügyintézés, a népesebb gondnoki karból hamarabb összeülhetett egy-egy határozatképes ülés. 1670-ből az ügyintézés menetére is fényt vet egy adat: a döntéshozatalhoz a “politicus főcurator uraimék” egyetértése mellett az “ecclesiasticus curatorok egyessége kivántatik.”
Hasonlóképpen paritásos alapon szerveződött a Bethlen János adománya folytán gimnáziumi rangra emelkedett székelyudvarhelyi schola gondnoksága: az 1671-ből származó iskolai rendtartás szerint három világi (Bethlen Miklós és két udvarhelyi polgár) és három egyházi (az esperes és két lelkész az egyházmegyéből) curator állt a tanintézet élén.
Az egyházi-világi vegyes gondnokság alig két évtizedes múltra visszatekintő intézménye általánosan elfogadottá vált az erdélyi református közgondolkozásban. Bizonyság erre Kovásznai Péter püspök 1672 februárjában Teleki Mihályhoz intézett levele: Erdélybe érkeztek a menekült sárospataki kollégium diákjai és tanárai, Kovásznai pedig azt javasolta a befolyásos tanácsúrnak, hogy a Gyulafehérvárra települő iskola élére “az erdélyi állapot szerint ... mind ecclesiasticusok s mind ahhoz értő politicus becsületes curatorokat kelletnék ... állíttatni.”
Az iskolai gondnokságok jogkörét meghatározó, az 1670-es évek elejéről származó rendtartások fényt vetnek arra is, hogy a református főrendek egyházi befolyása milyen természetű ügyekben érvényesült. Elsősorban a kollégiumok anyagi ügyei kerültek kizárólagosan a curatoratus hatáskörébe, de az iskolák szellemi irányításában is (tankönyvek meghatározása, tanárválasztás stb.) döntő szava volt, az ifjúság fegyelmi ügyeiben pedig másodfokú fellebbezési fórumként működött. 1666-ban például egy paráznasággal vádolt enyedi diák ügyében a kollégium officiálisai tartottak vizsgálatot, a “böcsületes nagy rendü Curatorok” megbízólevele alapján. 
Congregatio politico-ecclesiastica
Az erdélyi református egyházalkotmány Apafi-kori fejlődése során a világiak részvételének azok a formái, amelyeket még az Approbaták meghatároztak, sorra intézményes kereteket kaptak s beletagolódtak az egyház életébe. A kollégiumokat irányító gondnoki testületek – mint láttuk – eredményesen működtek már az 1670-es évek elején, a felső szintű egyházkormányzatban és törvényhozásban való világi részvétel módjának és formájának megállapítására azonban csak kísérletek történtek az azt törvénybe iktató Approbaták megjelenése óta. Noha több példa is akad reá, nem bizonyult járható útnak a fejedelem és a református főrendek közvetlen részvétele a generális zsinat munkálataiban. Említettük már, hogy Kemény János jelen volt a marosvásárhelyi zsinat (1661) tanácskozásain, korábban pedig I. Rákóczi György három zsinaton is meghatározó szerepet vitt. Több ízben is megjelentek a püspökválasztó zsinatokon a fejedelem főrangú küldöttei, sőt együtt is szavaztak a zsinati tagokkal. Mindezek ellenére ez a forma végül is nem vált rendszeressé és hagyományossá, bizonyára a lelkészi kar és a püspökök óvatosan megnyilatkozó, de szívós ellenállása miatt.
A református egyháznak “a hallgatókkal és külső rendekkel is köz, vagy azokra is nézendő dolgai” intézésére célravezetőbbnek tűnt egy széles érdekképviseleti alapon álló, a református társadalom egyházi és világi vezető személyiségeit egy tárgyalóasztalhoz ültető testület létrehozása. Az első vegyes gyűlést – szórványos adataink szerint – 1668. május 2-4 között tartották Gyulafehérvárott. Néhány nappal előbb, április 27-28-án ülésezett Enyeden a generális zsinat, amely az elhunyt Veresmarti Gáspár utódaként a presbiteriánus felfogású tekintélyes kolozsvári lelkészt, Kovásznai Pétert választotta püspökké. A zsinat jelentőségére utal, hogy időpontjára nézve Apafi előre kérte a tanácsurak véleményét, és két tekintélyes főúrral (Bethlen János kancellár és Bánffi Zsigmond tanácsúr) képviseltette magát a gyűlésen, akik a szavazásban is részt vettek. Május 2-án kezdődött az országgyűlés Fehérvárott, ez nyújtott alkalmat a világi-egyházi vegyes gyűlésre, amelynek csupán időpontját és tényét rögzítette a fejedelem szűkszavú naplója: “Volt az urakkal consultatiónk a scholai és ecclesiai dolgokrúl.”
A következő mixta congregatiót szintén Apafi hívta össze Gyulafehérvárra 1670-ben, tárgyalásairól közvetlen adataink nincsenek. Emlékét Bethlen János 1674-ben írott memorandumának néhány sora tartotta fenn: “...ez előtt úgy tetszik négy esztendővel, amikor amaz discursus forga fenn, hol legyen Erdélyben az derekasabb collegium, Kolozsváratt? Enyeden? Fejérváratt?...amaz küs cserepes házban [a fehérvári fejedelmi palota egyik terme] begyüjtette vala Nagyságod az vallásunkon való minden becsületes patronusokat és akkori püspök Kovásznai Péter urammal együtt egynéhány számú tudós praedicatorokat is, akkor azoknak megegyezésekből concludaltaték nagy sok okokra nézve, hogy a collegium Enyeden stabiliálódjék.” A gyűlést tehát, akárcsak a későbbieket, maga a fejedelem hívta össze, s a tanácskozáson ő is részt vett. Tagjai világi részről a tanácsurak mellett a református főrendek, egyházi részről pedig a püspök az esperesekkel és jelesebb papokkal együtt. Összehívásának szükségességét tárgya indokolta, körvonalazva egyúttal hatáskörét is: a református egyházat egyetemesen érintő s egyben országos jelentőségű kérdésben a generális zsinat egymagában nem dönthetett, a fejedelem és a tanács pedig nem kívánt dönteni a püspök és a lelkészi kar megkérdezése nélkül.
Hasonlóképpen jelentős problémakör késztette Apafit a harmadik vegyes gyűlés összehívására 1671 szeptemberében: a három évvel korábban küküllői esperessé választott Szentiványi János vámosgálfalvi lelkipásztor presbitériumszervező akciói nyomán újból föllángoltak a viták a puritánusok és a hagyományos egyházkormányzat hívei között, mégpedig – a nemzetközi helyzetet tekintve – eléggé alkalmatlan pillanatban.
Magyarországról a kérészéletű 1670-es felkelés kudarca után menekülő elégületlenek tömege érkezett Erdélybe, s a fölerősödő protestánsüldözés miatt földönfutóvá vált papok egyre nagyobb számban kaptak menedéket az erdélyi református egyház kebelében. A bujdosók tömege komoly tehertételt jelentett az erdélyi társadalom számára, és jelenlétük a fejedelemség külpolitikai viszonyait is bonyolította. A két nagyhatalom erősödő szorításában kiutat kereső Erdély számára egyre fontosabb külpolitikai céllá vált a magyarországi helyzet rendezése a bujdosók ügyének felkarolása által. E külpolitika indoklásául főként a magyarországi egyházüldözést említik a korabeli megnyilatkozások; úgy tűnik, nem csupán kézenfekvő ürügyként: a szorongatott magyar protestánsok iránti szolidaritás aktívan befolyásolta jó néhány erdélyi politikus, elsősorban a fejedelem állásfoglalását.
Ez a politikai konstelláció szükségszerűvé tette az erdélyi református egyház lelki és szervezeti megerősítését, az egységet gyengítő viták lecsendesítését. Apafi 1671. szeptember 1-én kelt meghívói csak általánosságban említik a gyűlés tárgyát, más forrásból viszont tudjuk, hogy a presbitériumok ügye került elsősorban napirendre.
A gyűlésre meghívottak köre jóval szélesebb volt az előző évinél. Az udvarhelyi egyházmegye lelkészi karának teljes számú megjelenését kérte a meghívó, és ez nyilvánvalóan vonatkozott a többi tractusra is. Az esperesek és a lelkészek zsinathoz hasonló nagy létszámú gyülekezete a kollégiumi professzorok és a jelesebb schola particulák (Marosvásárhely, Székelyudvarhely, Kézdivásárhely, Fogaras, Déva) mestereinek részvételével egészült ki. Világi részről az “azon religión levő keresztyén patrónusok” köre a fejedelmi tanács és az országgyűlés református tagjaiból állt össze.
Az október 3-ára Fehérvárra összehívott vegyes gyűlés egy napi késéssel meg is kezdte munkálatait. Külön ülésezett a két rend, a világiak a fejedelem, a lelkészi kar pedig a püspök elnöklete alatt. Az előbbiek túlsúlyát a gyűlés munkamenete is tükrözi: a világiak ülésében megfogalmazott postulatumokat a fejedelem írásban küldte meg a lelkipásztorok gyűlésének. A “praedicatori rend” a postulatumok megvitatása után szintén írásban válaszolt, a replicatiót papi küldöttség nyújtotta át a fejedelemnek, szóban is kifejtve a főrendek előtt a lelkészi kar véleményét. Erre Apafi másnap válaszolt, hangsúlyozva postulatumainak érvényességét.
Bár a tárgyalások menetét, a viták során kikristályosodott álláspontokat adatok hiányában nem rekonstruálhatjuk, a két részgyűlés levélváltása alapján annyi megállapítható, hogy a világi elem kezdeményezőkészségét tanúsító fejedelmi postulatumok a református hitélet erősítését célzó, puritánus hatásokat tükröző intézkedéseket javasolnak (hívek katekizációja életkortól függetlenül, hétköznapi istentiszteletek tartása este és reggel). Ezeket a lelkészi gyűlés örömmel elfogadja, kérve végrehajtásukhoz a világiak segítségét is. A gyűlés fő témája, a presbitériumok kérdéskörének vonatkozásában a postulatumok elsősorban a pártolók és ellenzők sértő hangvételű vitáit tiltják, magát a presbitériumszervezést nem, e tekintetben a Geleji-kánonok szigorú betartását írják elő. A lelkészek gyűlésének véleménye e kérdésben eltérő, s vitatja a vegyes gyűlés törvényhozó jogát: “az ecclesiai Regimennek variáltatása” szerintük egyedül a generális zsinat hatáskörébe tartozik. Viszontválaszában a fejedelem, összefoglalva a világi főrendek véleményét, védelmébe veszi az erdélyi egyházalkotmánynak az Approbatákon alapuló sajátos irányú fejlődését: “Valamire a Canonok és az ország Approbata Constitutioi szabadságot engedett ő kegyelmeknek [ti. a lelkészeknek], tegnapi napon sem ellenzettük s mostan is nem ellenzük, csak éljenek ő kegyelmek a szerint véle és küljebb ne ereszkedjenek”.
Végül a gyűlés október 7-ről datált határozatai az episcopalis-presbiterialis vitában a fejedelmi postulatum előírásait ismétlik meg, leszögezve, hogy “azt a kétfelé szakadást importáló kétféle elnevezéseket letegyék, hanem a Krisztusban egymás szeretetében éljenek”. Nincs szó tehát – mint Pokoly állítja – a presbitériánusok világi részről történő elítéléséről.
Az 1671 októberi vegyes gyűléssel, amely a későbbi főkonzisztóriumi teljes ülések előképének tekinthető, az erdélyi református anyaszentegyház erőit összefogó új egyházkormányzati fórum épült be az egyház testébe. A befogadás jeleként értékelhetjük azt a tényt, hogy a két részgyűlés levélváltását a széki egyházmegye protocollumába is bevezették, különféle zsinati döntések másolatai közé. Pokoly ezt a mixta congregatiot tekinti a főkonzisztórium alakuló ülésének, egyúttal hatáskörét is jelzi, azt állítván, hogy az 1671. júniusában elhunyt Csengeri K. István nagyenyedi professzor utódát e gyűlés jelölte ki személyében. Forráshivatkozás hiányában állítása nem ellenőrizhető; eddigi adataink szerint Csengeri utódlása a következőképpen zajlott: a fejedelem és a curatorok felszólítására a professzorok három jelöltet neveztek meg, közülük az ifjúság Horti Istvánra és Martonfalvi Györgyre voksolt, kettejük közül pedig végül Horti mellett döntött. Suffragiumukat Bethlen János főcuratorhoz terjesztették fel 1671. június 22-én. Hogy a javára szóló végső döntés a mixta congregatio keretében vagy a főgondnokok tanácskozásán született-e, azt nem tudjuk; az új enyedi tanárt mindenesetre a gyűlés után másfél hónappal iktatták be hivatalába.
Az ecclesiasticus és saecularis rendek hatásköri tárgyú nézetkülönbségei heves vitákat eredményeztek az 1673 június közepén tartott nevezetes radnóti zsinaton. E synoduson Apafi Mihály és a református főrendek is részt vettek, jelenlétüket a gyűlés tárgya, a törvénytelen újítással vádolt coccejánus és karteziánus enyedi professzorok fegyelmi ügye indokolta (Dézsi Márton és Csernátoni Pál enyedi meg Pataki István kolozsvári tanárokat még a zsinat előtt Fogarasba idézte a fejedelem április 7-re, hogy a református tanácsurak jelenlétében megtárgyalják ügyüket. A consultatio során azonban kiderült, hogy a tanításbeli újítások dogmatikai kérdéseket is érintenek, végleges döntést tehát csak papi-világi vegyes zsinat hozhat). Már a zsinat tanácskozási módja is viták során alakult ki. Apafi “summus episcopus”-i jogai érvényesítése végett azt kívánta, hogy fejedelmi minőségében küldhessen képviselőt a lelkészek gyűlésére. A lelkészi kar viszont csak abban az esetben fogadta el a világi küldött jelenlétét, ha az nem fejedelmi, hanem főpatrónusi minőségében képviseli Apafit. Tanácsosai, főként Bethlen János javaslatára Apafi elfogadta ezt a kompromisszumos megoldást. A fegyelmi ügy érdemi részének tárgyalására nézve a lelkészek “azt kívánták, hogy ebben a dologban csak ők legyenek a bírák, s a sententia mondásból kirekesztessenek a külső renden valók.” A jelenlevő főurak ezzel szemben a papokkal közösen kívántak tanácskozni és ítéletet hozni, a kollégiumok vegyes gondnokságainak példájára hivatkozva. Végül e tárgyban is a korábbi gyűlések munkamenetéhez hasonló megegyezés született: a lelkészek tanácskozzanak külön a radnóti templomban (“lévén közöttük a fejedelem képében egy tanácsúr, melyre választatott Rhédey Ferenc”), “ahonnan tégyenek igazán tudósítást a palotára, melyben a fejedelem az urakkal lészen egybegyűlve, s azután egyenlő akaratból legyen a végezés.”
A papok zsinata a vádlottak meghallgatása után igen kemény ítéletet hozott s ezt bemutatták a fejedelem elnöklete alatt tárgyaló világi gyűlésnek, újból tiltakozva az ellen, hogy a patrónusok részt vegyenek a döntéshozatalban “cum praejudicio praerogativae ecclesiasticae”. Természetesen a korábban megállapított ügyrend érvényben maradt, s a radnóti fejedelmi palotában ülésező főrendek hosszas tárgyalás után hoztak döntést. “Nem akarván in doctrinibus csak illetni is a dolgot”, változtatás nélkül jóváhagyták a “praedicatori rend” dogmatikumokat illető elvi állásfoglalását, viszont a zsinati ítélet saját hatáskörükbe tartozó részét, a vádlottakra kiszabott büntetést jelentősen mérsékelték. Bethlen Miklós önéletírása örökítette meg a patrónusi gyűlés vezéralakjainak nevét: Bethlen János kancellár és enyedi főgondnok Csernátoni Pált, Kapy György tanácsúr Dézsi Mártont, Bánffi Dénes tanácsúr, kolozsvári főgondnok pedig Pataki Istvánt védelmezte.
A radnóti “ecclesiastico-politico mixta synodus” tárgyalásai során a nagy port felvert fegyelmi ügy megnyugtató elrendezése mellett egyúttal a vegyes egyházigazgatás hatásköri kérdései is jórészt tisztázódtak, s a szenvedélyes vitákból kibontakozó megegyezéseket a résztvevők jórésze az egyház sorsát helyes irányba vivő megoldásokként értékelte.
Enyedi közjáték 1673-1674
A világiak-egyháziak egyházigazgatási befolyásának mértéke és aránya épp tisztázódóban volt 1673 nyarán, amikor az enyedi kollégium egyik professzorának, Nadányi Jánosnak az ügye szakítópróba elé állította a formálódó új rendszert. Nadányi jól képzett tanár volt ugyan, de a radnóti zsinaton zajló coccejánus-vitában a vádló Pósaházi és Buzinkai pártján állott, míg az enyedi tanuló ifjúság testületileg a perbefogott Dézsi Márton és Csernátoni Pál védelmére kelt. Élezte az ellentéteket Nadányi előadásainak népszerűtlensége is, aki viszont – rokona lévén Bornemissza Annának – a fejedelmi pártfogásban bízott.
Erős kézzel kívánván rendezni az ügyet, Apafi Fehérvárra maga elé idézte 1673. szept. 27-ére a kollégium ecclesiasticus és saecularis curatorait, a három professzort meg a diákság képviselőit. Azzal fenyegetett a helyzet, hogy a fejedelem túllépi az Approbaták nyújtotta egyházi hatáskörét, és lecsökkenti a vegyes curatoratus megszilárdulóban levő tekintélyét, veszélyezteti a kollégium autonómiáját. Végül is, valószínűleg a református tanácsurak befolyására, az ügy elintézését a gondnokokra (BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. János, Rhédei Ferenc, Bethlen Farkas, Macskási Boldizsár, Bánffi Zsigmond, Bethlen Miklós, Tiszabecsi N. Gáspár) hagyta Apafi. December 20-án Enyeden össze is ült a gondnoki kar (Bánffi Zsigmond és Rhédei Ferenc főcuratorok, Bethlen Miklós és Macskási Boldizsár curatorok, Lipcsei György és Szabó Keresztély alcuratorok valamint Belényesi Ferenc és Samarjai Péter világi részről, Debreczeni Mihály és Kaposi Pál lelkészek egyházi részről) és a vétkesnek talált diákok ügyében véghatározatot hozott. Jellemző azonban a paritás és az illetékesség elvének megvalósulására, hogy Nadányi professzori munkájának szakszerű elbírálására már nem tartotta magát illetékesnek a testület, hanem olyan ad-hoc bizottság elé utalta az ügyet, amelyben a hat “saecularis curatorokon kívül convocáltassanak és jelen is lenni igyekezzenek püspök Tiszabetsi Gáspár” és tíz tekintélyes lelkész (Tarpai Sz. András fogarasi pap, Szentgyörgyi Dávid dévai esperes, Sóti János dési esperes, Porcsalmi András kolozsvári lelkipásztor, Kaposi Pál pap, Debreczeni H. Mihály enyedi esperes, Veszprémi István udvari pap, Eszéki István udvarhelyi esperes, Szentgyörgyi B. György leideni teológiai doktor, káposztásszentmiklósi pap és Dállyai Mihály lelkipásztor).
Bár az 1674 márciusában egybegyűlt bizottság elismerően szólt Nadányi tudományáról, Apafi mégsem tekintette lezártnak az ügyet, és június 12-én újból Fehérvárra citálta a kollégium professzorait és a diákság elöljáróit. Bethlen János, a betegágyában fekvő kancellár és főkurátor erre terjedelmes, fontos elvi kérdéseket fölvető levélben fordult a fejedelemhez, hangsúlyozva az egyházkormányzati tényezők egyensúlyának fontosságát. Emlékeztette Apafit arra, hogy a curatoratus eddigi működése beváltotta a hozzá fűzött reményeket, az egyházigazgatásban való közvetlen fejedelmi beavatkozás viszont alkalmatlan precedenst teremthet, “mert ha mostan isten keresztyén református magistratussal áldotta meg a hazát, ki tudja, idegen vallásúval is látogathatja jövendőben, és az rossz példa megmarad”. Végrendeletszerű ünnepélyességgel kérte a fejedelmet: “ne láttassák Nagyságod maga is Principem magis quam Patronum agere, ne labefactáltassék a curatorok kicsiny authoritása, ne jöjjön az a rossz példa be.” Bethlen kancellár beavatkozása sikerrel járt, Apafi nem lépte át főgondnoki és legfőbb patrónusi jogkörét, elmúlt tehát az intézményesülő vegyes egyházkormányzati rendszert felbillenéssel fenyegető fejedelmi túlsúly veszélye.
Congregatiók az 1680-as években
1682 márciusában az enyedi kollégium kurátorai a fejedelmi tanács elé terjesztették a felső szintű döntéseket kívánó anyagi ügyeiket (a Ghillányi-örökség és a Csulai püspöktől örökölt összegek felosztása a közegyház és a kollégiumok között, a kollégiumi épületek bővítése, a kamatra kiadható pénz mennyisége). A tanács a végső döntéshozatal előtt jónak látta a vegyes congregatio összehívását Enyedre.
December 8-9-én az enyedi vártemplomban gyűltek egybe a református tanácsurak, főrendek, Tofeus Mihály püspök, az esperesek, a lelkészek képviselői, a kollégiumi professzorok és gondnokok. Tanácsülésük nemcsak az említett anyagi kérdéseket oldotta meg, hanem az egyház és a kollégiumok sorsát jelentősen befolyásoló döntéseket hozott. 
Wass György naplója a tanácskozás lefolyásának részleteit is megőrizte, ebből tudjuk, hogy az erdélyi pártpolitikai ellentétek e vegyes gyűlésre is rányomták bélyegüket. Abban a fontos kérdésben ugyanis, hogy a Bethlen kollégium maradjon-é örökre Enyeden, vagy pedig a sárospatakiak hazatértével költözzék vissza Gyulafehérvárra, megoszlottak a jelenlevők, mégpedig az ismeretes politikai frakciók szerint. Az első szavazáskor a visszaköltözés mellett voksolt Rhédei Ferenc, Teleki Mihály, Bethlen Gergely, Bethlen Elek (Rákóczi-Kemény párt), a lelkészek közül Tofeus Mihály püspök, Sóti János dési esperes és még két pap. A helyben maradás mellett szavazott Barcsai Mihály, Bethlen Miklós, Bethlen Pál (Bethlen-Béldi párt), a többi főrendek (köztük Wass György) és az összes többi lelkész. Többségbe ez utóbbiak kerültek, “ki miá holmi kemény szók interveniálának mind az urak és püspök uram részéről”, mire a többség megváltoztatta véleményét és a második szavazás utáni véghatározat a kollégium visszaköltöztetését mondta ki. Úgy tűnik tehát – ha szabad ebből az egy adatból következtetnünk –, hogy a Bethlen-Béldi párt 1676-os félreállítása és BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. János kancellár-főgondnok halála (1678) után az egyházkormányzatban részt vevő főurak között is a Rákóczi-Kemény párt vált hangadóvá.
A gyűlés során végleges döntés született az újra református kézre került sárospataki kollégium újraindításáról, a Bethlen-kollégium Gyulafehérvárra való költöztetéséről, a közegyházi és kollégiumi birtokok jövedelmének meg a Ghillányi-örökségnek az arányos elosztásáról. 
Ez utóbbi kérdés már másfél évtizede foglalkoztatta az erdélyi református közvéleményt. Ghillányi Gergely, Apafi sógora és belső embere, 1663-1673 között tizedfőarendátor, 1667. júniusában kelt végrendeletében egész vagyonát az erdélyi református egyházra hagyta. A nagyértékű adományban többek között egy gyulafehérvári ház, a vajdaszentiványi részbirtok, borosbocsárdi és sárdi szőlők valamint Kővár vidéki birtokok szerepeltek. 1674. január 4-e előtt bekövetkezett halála után azonban özvegye, ApafiHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. Anna hallani sem akart a végrendelet végrehajtásáról. 1679. június 4-én az alvinci zsinat Tofeus Mihályt, a fejedelem udvari papját választotta püspökké, aki haladéktalanul megindította a hagyatéki keresetet. Ghillányiné elfogadhatatlan kiegyezési ajánlatát látva az erőskezű egyházfő a fejedelemre apellált, azonban a fejedelmi tanácsból “ex consilio” kelt válasz a törvényes útra, hosszasnak ígérkező pereskedésre igazította az egyházat. Tofeus erre szokatlan, de eredményesnek bizonyuló megoldáshoz folyamodott: 1679 júniusában a Gyulafehérvárott ülésező országgyűlés utolsó napján kihallgatást kért Apafitól, és néhány behivatott tekintélyes református tanácsúr (Teleki Mihály, Rhédei Ferenc, Naláczi István, Bethlen Gergely) jelenlétében hatalmas filippikát tartott özv. Ghillányiné és a neki kedvező főrendek ellen, egyházi átokkal fenyegetve őket. Ezek után módosult a tanácsurak véleménye, ajánlatukra Ghillányiné egyezségre lépett az egyházzal és a jelentős értéket képviselő hagyaték nagyobb részét átadta. Az így megszerzett örökség bevételét azonban Tofeus püspök teljes egészében a lelkészi kar jövedelemkiegészítésére kívánta fordítani, a világi elöljárók viszont a kollégiumokat is részeltetni szerették volna belőle, s e nézeteltérés hosszú vitákat eredményezett. 
Az enyedi gyűlés a mindenkori református püspök lakóhelyéül rendelte a Ghillányitól örökölt gyulafehérvári házat, hivatali birtokául pedig a borosbocsárdi és sárdi portiót. A három kollégiumot újólag “a Secularis és Ecclesiasticus Statusból álló Curatorok” felügyelete alá rendelte, és az ifjakat tógaviselésre kötelezte. Más ügyeket viszont (dézsmanegyed-viták, Achatius Josaphat román ortodox püspök törvénytelenségei) a fejedelem jelenlétében tanácskozó református főrendek elé utaltak.
Jelentős egyházkormányzati újítást vezetett be az enyedi mixta congregatio: tíz tagú vegyes curatoratust hozott létre az egyházi és iskolai ügyek intézésére. Tagjai világi részről Bethlen Miklós, Macskási Boldizsár, Keresztesi Sámuel, Pekry Lőrinc és Lázár Imre, egyházi részről Tofeus Mihály püspök, Sóti János dési esperes, Debreczeni H. Mihály marosszentkirályi lelkész, enyedi esperes, Szatmárnémeti Mihály kolozsvári lelkész, kolozs-kalotai esperes valamint Eperjesi Mihály heidelbergi teológiai doktor, enyedi lelkipásztor. Öt pontban rögzítették a tízes gondnokság teendőit és hatáskörét:
“1. Az Ecclesiák és Collegiumok javait, jószágit és akarminemü proventussit hitelesen vegiék kezekhez.
2. Tegienek azokról az Ecclesiák és Collegiumok hasznára szolgáló jó dispositiókat.
3. Subordinállyanak az Ecclesiáknak, Collegiumoknak és a jószágnakis javára s emlekezetes hasznára szolgáló vice curatorokat és tisztartokat, kik által az dolgokat és jókatis folytassák és procuraltassák emlékezetes haszonnal.
4. Az Ecclesiáknak kivántató succursust és az Collegiumok mind építésbeli mind pedigh az iffiuság rendes Correctioját s administratioját szép rendel disponállyák s procurállyák.
5. holott pedigh occurrálhatnak vagy az Ecclesiák vagi az Collegiumok, vagi pedigh az megh irt Ecclesiasticum Bonumok iránt hólmi dificultások, mellyek fellyeb valo inspectio vagy judicium discretioját kivánhattyák, azokat ő kegyelmek regestrumba vévén, cum necessariis eorundem requisitis az jövő országh gyűlésének alkalmatosságakor a mi kegyelmes urunk eö nagysága és vallásunkon lévő statusok eleiben reportallyák, és ezekről kivántató dispositiót sollicitállyanak, ez utánis pedigh az derekasb dificultások iránt ehez tarcsák magokat eö kegyelmek.”
A decemvirale curatorium a vegyes gyűlés hatékony végrehajtó és kormányzó szerveként jött létre, hatásköre láthatólag főként az egyház anyagi ügyeire terjedt ki, de a tanuló ifjúság fegyelmi ügyei is ide tartoztak (4. pont). Ezzel az Enyeden már bevált gondnoki kormányzat egységesen kiterjedt mindhárom kollégiumra és az egyház közös birtokaira. Az új gondnoki kar világi tagjai korábban is viseltek egyházi tisztségeket (BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. Miklós és Macskási Boldizsár 1671-től, Keresztesi Sámuel, Pekry Lőrinc és Lázár Imre pedig 1680-tól az enyedi kollégium gondnokai voltak), megszerezhették tehát a szükséges tapasztalatokat. Új beosztásában Macskási mint Belsőszolnok vármegye főispánja inkább a kolozsvári, Keresztesi Sámuel Alsófehér megyei főispánként pedig a gyulafehérvári kollégium életét kísérhette figyelemmel. Hasonló munkamegosztást sejthetünk az egyházi gondnokok között is: Szatmárnémeti Mihálynak és Sóti Jánosnak Kolozsvár, Debreczeni H. Mihálynak és Eperjesi Mihálynak pedig Enyed volt könnyebben elérhető.
Az enyedi congregatio határozatai nyomán az erdélyi református anyaszentegyház vegyes kormányzata végleges, hármas szintű szervezeti formában rögzült: alapszinten az egyházközségek és a kollégiumok, középen a tíztagú curatorium és a vegyes gyűlés, felső szinten pedig a fejedelem és a református tanácsurak. Mind a tízes gondnokság világi részének összetétele, mind a rendtartás ötödik pontja e hármas tagozódásra utal: az új politicus curatorok mind főrendűek ugyan, de ekkor egyikük sem tanácsúr még, a “fellyebb való inspectiót vagy judiciumot” igénylő egyházi ügyekben továbbra is a fejedelemé és a református tanácsuraké a végső szó. Ugyancsak a kormányzati-hatásköri szintek elhatárolódását jelzi az, hogy Apafi – a korábbi congregatióktól eltérően – sem az 1682-es enyedi, sem a következő évben tartott kolozsváriHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. vegyes gyűlésen nem jelent meg személyesen. 
A vegyes egyházkormányzat intézményesülésének fontos állomása a hivatalszerűség, a rendszeres iratkezelés, amelynek első csírái az enyedi gyűlésen jelentkeztek. Állandó titkárra a határozatlan időközökben egybegyűlő mixta congregatiónak természetesen nem volt szüksége, a hivatali munkát, a határozatok írásba foglalását a fejedelem alkalmi megbízatása nyomán kiváló szakember végezte: Alvinczi Péter ítélőmester. Ugyancsak ő gondoskodhatott a letárgyalt ügyek aktáinak megőrzéséről is, egy kevésbé fontos kérvényt használva palliumként.
Néhány Enyeden tárgyalt fontos ügy nem záródott le véglegesen a későbbi fejedelmi tanácsüléseken sem, ezért szükségesnek látszott a mixta congregatio összehívása a következő évben is. Alig érkezett haza Apafi az 1683-as magyarországi hadjáratból, november 20-án kibocsátotta a meghívókat a december 4-re Kolozsvárra kitűzött gyűlésre. Két tanácsúri meghívó maradt fenn Teleki Mihálynak és Bethlen Gergelynek címezve, egybevágó szövegük “a Schola és Ecclesia dolgát” írja elintézendőnek, konkrétan kiemelve a kolozsvári kollégium és egyházközség megoldandó vitáját. Tofeus Mihályt Teleki értesítette a gyűlésről, november 26-i válaszában a püspök jelezte, hogy szeptember óta tartó betegsége meg lovai gyengesége miatt “ez iszonyú úton Kolozsvárra ad 4tum decembris teljességgel lehetetlen hogy menjek.”
Teleki Mihály, a református tanácsurak hangadó személyisége november 28-i kelettel pótutasítást kapott a fejedelemtől, amely a 23-án elhunyt Buzinkai Mihály gyulafehérvári professzor utódlását és amennyiben lehetséges, a két kollégium egyesítését is a congregatio napirendjére tűzte.
A Kolozsvárra gyülekező egyházi és világi rendekhez Apafi propositiókat intézett december 1-én. “Tiszteletes Püspök uramnak és adjunctussinak” külön figyelmébe ajánlja: “alkalmaztassák úgy magokat, hogy kegyelmetek részéről difficultás ne találtassék.” Határozottan kifejti véleményét a difficultás tárgyáról, a Ghillányi-örökség már Enyeden hosszan vitatott elosztásáról: “tudva légyen kegyelmeteknél, az Scholákat az Ecclésiákkal egjnek tartyuk, nem is separallyuk; szükségh hogy az Ecclesiai jok transferáltassanak az Scholákhoz is, melj másképpen nem is lehet.” A gyűlés mindkét rendjéhez szóló fejedelmi utasítás elsősorban a technikai lebonyolítást segíti, Alvinczi Péter ítélőmesterre bízva ez alkalommal is az írásba foglalt korábbi egyházügyi határozatok előterjesztését: “szükség azért ... végképpen végezni s jó rendben hagyni s effectualtatni az eléb lett Conclusumokat.” Legfontosabb tárgysorozati pontként “a Colosvari Ecclesiai es Scholai dolgok” végleges elintézését írja elő, felhatalmazva a gyűlést, hogy “a Colosvari némely Ecclesia és Schola javaibul maga hasznát kereső emberek ... büntetésérül is decernállyon s effectuallyak is mentest.”
Három napig ülésezett a kincses városban a “Reformata Religion levő külső és belső rendből álló méltóságos és tiszteletes Synedrium”, tárgyalásairól jegyzőkönyv nem maradt ránk, nyolc pontba foglalt határozatai azonban fönnmaradtak. A kolozsvári egyházközség és kollégium anyagi helyzetének rendbeszedésével a tízes gondnokságot bízta meg a gyűlés, azon meghagyás kíséretében, hogy munkájukról december 20-án a fejedelmi tanácsnak tegyenek jelentést (3. pont). Ami a Ghillányi-örökséget illeti, Tofeus püspök levélben jelezte azt a tervét, hogy december 20-án a fejedelemmel és a református tanácsurakkal egyetértésben fogják meghatározni a pénzek hováfordítását. E szándékát a gyűlés egyhangúlag jóváhagyta (5. pont). Ugyancsak a Ghillányi-hagyatékkal foglalkozik a határozatok 2. és 6. pontja (kölcsönadott pénzek fölvétele, ingatlanok taxájának fölszedése). 
Korántsem csupán anyagi ügyek töltötték ki a tanácskozás napirendjét: az enyedi és fehérvári kollégium egyesítését lehetségesnek látták a résztvevők, “annak tovább való modalitásiról” azonban a fejedelem és a tanácsurak december 20-ra tervezett gyűlése hivatott dönteni (4. pont). A régóta tervezett bibliakiadás ügye most először került a mixta congregatio elé, a határozatok 1. pontja rögzíti a Hollandiában tervezett kiadás technikai és szállítási részleteit, személyi feltételeit. Szóba került a kollégiumi diákság istentiszteletek alatti magatartása is; a 7. pont előírja, hogy ezután a kántorral együtt énekeljenek. 
A határozatokat Alvinczi Péter ítélőmester adta ki hiteles formában, de nem a helyszínen, hanem Fogarason, az 1684 márciusában tartott országgyűlés alkalmával összeült református tanácsurak jóváhagyása után.
Kolozsvár után már nem került sor újabb mixta congregatiókra, a vegyes egyházkormányzat immár rendszeresített intézményei, a tízes curatoratus és a református tanácsurak grémiuma elegendőnek bizonyultak a feladatok ellátására.
A curatoratus működése az 1670-es – 80-as években
Főként anyagi természetű ügyek szerepeltek a gondnokság munkarendjében. 1675-ben az enyedi kollégium még Csulai György püspök idejétől (1650-1660) hátralékos adósainak földerítése került sorra. Újév napján a vicekurátorok, Lipcsei György és Szabó Keresztély fejedelmi parancslevelet kaptak az adósságok fölszedésére, január 17-én a Kolozsvárott lakó debitorokat vette számba a bizottság. Munkájában részt vett Rhédei Ferenc főgondnok (az ő szállásán történt a revízió) és Macskási Boldizsár gondnok, a lelkészi kart Porcsalmi András kolozsvári elsőpap és Tolnai István helybéli kollégiumi professzor képviselte. 22 adós helyzetét felülvizsgálva sikerült fölvenni az összegek egy részét, más részét elengedték vagy ingatlanokat kaptak ellenértékképpen. Bizonyos vitás adósságokat a jelen nem lévő curatorok (Bethlen János, Bánffi Zsigmond, Bethlen Farkas, Bethlen Miklós, Tiszabecsi püspök) végleges döntésére bíztak.
Csulai püspök adósságainak ügye is 1668 óta húzódott, míg 1676. március 26-án az utódok megegyeztek “az tiszteletes nagy enyedi collegiumnak meltosagos Uri es alab valo fő és vice curator uraimékkal”, hogy az elhunyt püspök 6218 forintnyi adóssága fejében 4000 forintot fizetnek évi 1000 forintos részletekben. Valószínűleg a részletfizetések lejártakor került sor a Csulai-iratok újbóli revíziójára 1679. június 11-én, ezzel az ügy le is zárult.
Gondja volt a curatoratusnak a begyűlt pénzek kockázatmentes kamatoztatására is; 1681 februárjában Teleki Mihály 600 forint kölcsönt vett fel “az Enyedi Collegium becsületes Fő Renden levő Curatoritól”, július 17-én meg is adta.
Amint a kolozsvári revízióból látható, általában a testületi szellem, az együttműködés jellemezte a gondnoki kar tevékenységét. E szokásrendbe tagolódva irányította helyes útra Bethlen Miklós 1676-ban az enyedi kollégium csupán hozzá fordult alumnus diákjait: “kegyelmetek maga tudgya, én az Curatorok közzül tsak eggy ember vagyok, hanem kegyelmetek irjon eggy Supplicatiot közönséghessen az Curatoroknak”, és a prebenda-bor sérelmezett ügye a gondnokok gyűlésében fog eligazodni. Tíz évvel később is a három legaktívabb gondnok, Bethlen, Macskási és Keresztesi akáírásával mentek az eligazító levelek a kollégium algondnokaihoz, s ha Bethlen egyedül írt, mindjárt jelezte, hogy az illető ügyet kurátortársaival és a püspökkel is meg fogja beszélni.
Tofeus Mihály püspök hivatalba lépése (1679. június 4.) után megromlott a jó viszony az egyházi és világi gondnokok között, az ekkor megszerzett Ghillányi-örökség kezelését és felhasználását ugyanis az erőskezű főpásztor a lelkészek generalis synodusára bízta, kizárva a politicus curatorokat. Hiába rendelkeztek a református tanácsurak 1680. június 19-én, “hogy az Collegium igazgatásában Püspök urammal és több Ecclesiasticus Curatorokkal meg-egyezett értelemmel és szép correspondentiával” működjenek együtt a világi gondnokok, “Püspök uram ő kegyelme cathegorice declaralta magát, hogy a Collegium dolgaiba tellyességgel nem avattya magát és semmihez nem is szoll.” Így akarta elérni Tofeus, hogy a Ghillanyianum jövedelmeiből csupán a lelkészi kar részesüljön. A jó viszony helyreállítása végett 1680 decemberében a fejedelmi tanácshoz fordultak a politicus curatorok, végleges megoldás azonban ekkor nem született, a “meg-egyező értelmet” végül is a curatoratus 1682-es átszervezése teremtette meg.
A tízes gondnokság első jelentősebb akciójára 1683. december 7-8-án került sor, amikor a közvetlenül megelőző napokon Kolozsvárott ülésezett mixta congregatio “az Kolosvári Ecclesia és Schola igazgatásinak, jövedelminek és fogyatkozásinak” megvizsgálásával bízta meg. A vagyonközösségben élő egyházközség és kollégium anyagi helyzetéről átfogó, pontos helyzetfelmérést készített a curatoratus, rögzítve a vagyonkezelés rendszerét, összeírva a jövedelmeket, a restanciában lévő adományokat és a diákság anyagi kérdéseit. A világi gondnokok közül Bethlen Miklós, Macskási Boldizsár és Keresztesi Sámuel látta el kézjegyével az aktát, az egyháziak közül Sóti János, Debreczeni H. Mihály, Szatmárnémeti Mihály és Eperjesi Sámuel. Tofeus püspök nem vett részt a felülvizsgálaton, de egyházi curatori tisztét a kolozsvári kollégium érdekében is gyakorolta; Teleki Mihályhoz december 11-én írott levelében olyan hátralékban levő adomány megadását kérte a tanácsúrtól, amely elkerülte a vizsgálóbiztosok figyelmét. Jelezte egyúttal, hogy a kollégiumnak járó 500 aranyas Barcsay Ákos-féle féle adomány kézhezvételét ugyanolyan eréllyel fogja munkálni, mint korábban a Ghillányi-örökségét.
1684. december 12-én Gyulafehérvárott Bethlen Miklós, Macskási Boldizsár és Keresztesi Sámuel, tehát csak a világi gondnokok jelenlétében került sor az enyedi kollégiumnak Bethlen Gábor adománya szerint járó évi 2000 magyar forintnyi debreceni taxa folyósításáról való számadásra-számvételre Debrecen küldöttei és a főiskola algondnokai között. Ez alkalommal nyugtázták a debrecenieket az 1667-1684 közötti évekre a kollégiumnak kifizetett 31500 forintról.
Az 1680-as évek második felében a curatorium összetételében beállott változások szükségessé tették az átszervezést. Egyházi részről Tofeus püspök 1684-ben, Debreczeni H. Mihály generalis notarius pedig 1686-ban elhunyt, világi részről meg Pekry Lőrinc esett ki 1686 augusztusi megnotáztatása miatt. 1688. október 4-én a radnóti országgyűlés végeztével a református rendek úgy döntöttek, hogy Pekry és Lázár Imre helyét Bethlen Sámuel és Mikes Pál foglalja el a gondnokságban (Macskási Boldizsár, noha 1686-ban tanácsúr lett, a grémium tagja maradt), az egyháziak számát azonban hétre szaporították: Horti István püspök, Szatmárnémeti Mihály és Sóti János régi tagok mellé Nagyari József, a fejedelem udvari papja, Pataki István kolozsvári professzor, II. Apafi Mihály nevelője, Bajcsi András enyedi esperes és Veszprémi István udvarhelyi esperes került be a testületbe.
A kollégiumok és eklézsiák anyagi ügyei mellett a curatoratus tisztében állt a szellemiekre való felügyelet is, főként Bethlen Miklós ügyelt e jogkör csorbítatlan megtartására. Csernátoni Pál enyedi professzor halála (1679 február) után kérte Telekit, hogy vigyázzon, “valamint a Udvar a curatorok híre nélkül ne elegyítse abba magát” (ti. az új tanár megválasztásába), “ekklésiáink és Scholáinkra nézve nem lévén az olyan igen jó példa.” Helyesen látta az oktatás hatékonyságára ügyelő Bethlen azt is, hogy az oeconomiára való felügyelet korántsem öncélú az enyedi kollégium esetében. Egyik gondnoki utasításában tudatosan kapcsolta egybe az alumniát a tanulmányi előmenetellel: “A Deákoknak kegyelmetek csak annyi praebendát adjon, amennyin vannak és amint tanulnak, többet ne.”
A fejedelmi tanács egyházkormányzati tevékenysége
Bár Trócsányi Zsolt kevesli a tanács ismert vallásügyi tevékenységét, a fejedelem és a református tanácsurak teljesítették ez irányú kötelességeiket, legfelső szintű egyházigazgatási működésük emlékei főként az 1670-80-as évek fordulójától egyre nagyobb számban maradtak ránk.
1671 márciusában a református lelkészi kar az országgyűlés alatt terjesztette a fejedelem elé sérelmeit, azokat Apafi “azon közönséges gyűlésben mellettünk levő böcsületes tanács úri rend híveinkkel” megtárgyalta és az intézkedés “ex consilio” kelt. Nem tudjuk, hogy a más vallású tanácsurak részt vettek-é a döntéshozatalban, az 1672-es országos böjtről szóló határozat esetében azonban bizonyos a valláskülönbség nélküli egyöntetű részvétel, hiszen az mind a négy bevett felekezetre kiterjedt. Gyakoribb azonban az az eset, hogy az országgyűlések végén a református tanácsurak külön üléseztek saját egyházi ügyeik megtárgyalása végett. 1676. december 18-19-én a gyulafehérvári palota belső audienciás termében tanácskoztak a reformátusok Apafi jelenlétében, négy évvel később pedig, mint Nemes János naplója tanúsítja, december 3-án “bomlott el az ország gyűlése”, 4-én “volt a vallásunkon valóknak az bokályos házban confluxusok.” A református egyházkormányzat vizsgálatakor természetesen ezekre a külön gyűlésekre összpontosítunk.
A fejedelem és a református tanácsurak mint legfelsőbb egyházigazgatási testület elé a legváltozatosabb ügyek kerültek. Kiemelkedik közülük a Ghillányi-hagyaték kérdésköre, amely évtizedekig foglalkoztatta az erdélyi református közvéleményt. Ghillányi Gergely végrendeletének végrehajtását 1679 júniusában Tofeus Mihály püspök szokatlanul erőteljes fellépésével vívta ki Apafi fejedelem és a református tanácsurak előtt, így született a hagyaték nagyobb részének átadásáról szóló megegyezés Ghillányiné és az egyház között.
A kollégiumi kurátorok rendszeresen a tanács elé terjesztették a felső szintű döntéseket kívánó ügyeket. 1680. december 4-én, az országgyűlés utáni első napon volt a reformátusoknak “az bokályos házban confluxusok”, mely alkalommal a gondnokok 13 pontba foglalt difficultásaiban hozott határozatokat a tanács. “Ex consilio” kelt ugyan a kiadmány, de az akta hátlapján olvasható megjegyzés világosan a református tanácsi rendre utal. 1682 márciusában a kurátorok öt pontba foglalt kérdéseiben született tanácsi végzés; három ügyet (a Ghillányi-hagyaték felosztása a közegyház és a kollégium között, a Csulai-adósság ügye, az enyedi kollégium új építkezései) az Enyedre összehívandó mixta congregatio elé utaltak részletesebb megtárgyalás végett, kettőben (az enyedi kollégium kamatra kiadható tőkéinek mennyisége, a fehérvári kollégium székelykeresztúri birtokrészének kezelése) végleges döntés született. Kiadmányozáskor a jegyző a szokott “ex consilio” formula után már feltüntette: “et consensu Dominorum Reformatorum Statuum et ordinum.”
A vegyes gyűlések határozatai szintén a fejedelem és a református tanácsurak jóváhagyásával váltak véglegessé, így az 1682. december 9-i enyedi congregatio határozatait a következő év április 30-án, az országgyűlés utolsó napján Fogarason tartott tanácsülés erősítette meg bizonyos kiegészítésekkel. A két irat egybefűzve maradt fenn, mindkettőt Alvinczi Péter ítélőmester aláírása hitelesíti.
Püspöki kezdeményezésű református tanácsülés Tofeus utódai idején is tartatott, 1685-ben Horti István püspök az egyházak sérelmeit összeírva rávette Apafit, hogy a panaszok megorvoslása végett “gyűjtse egybe a Református Főrendeket, ... amelyet meg is cselekedett, ... mártziusban Fogarasba gyűjtetvén a réformátusokból álló Tanácsi Rendet, az holott elő-adattatván azok a megbántódások és sérelmek a Püspök által, rész szerént igazításba vétetődtek.”
Amikor fontos, a református társadalom egészét érintő kérdések kerültek napirendre, a tanács ad hoc kibővítette magát a jelenlévő tekintélyes főrendekkel. A tervezett hollandiai bibliakiadás anyagi vetületeinek tárgyalásakor (1681. augusztus 20, Szamosújvár) a Tofeus számára kiállított assecuratoria az “Erdély-országban levő evangelicus reformatus Tanács úri renden levő hívei Kegyelmes Urunknak ő Nagyságának, vallásunkon lévő Ecclesiák, kollégiumok s azokhoz tartozó jók Curatori s esperestjei és valakiket ezen dolog illethet, ez ide alább meg irt személyek” nevében kelt, a 13 aláíró között öt tanácsúr (Rhédei Ferenc, Bethlen Elek, Barcsai Mihály, Naláczi István, Székely László), két kollégiumi gondnok (Macskási Boldizsár, Lázár Imre) szerepel, a többiek is mind főrendűek (Serédi Benedek somlyai főkapitány, Daniel Mihály táblai ülnök, Bánffi Farkas, Bánffi György), kivéve Pernyeszi Zsigmond aludvarmestert és Kollatovit Györgyöt. A fejedelem nevében külön kiállított biztosítólevél szintén a tanács már-már vegyes gyűlés-szerű kibővítéséről tesz említést.
Ugyanilyen kiegészített tanácsülést hívott össze Apafi Teleki Mihály javaslatára 1684. június 27-ére, amikor a fejedelmi tanáccsal párhuzamosan üléseztek a román papok Alvinci Zoba János esperes szervezésében, a református püspök és “egynéhány becsületes prédikátorok” jelenlétében. Achatius Josaphat vladika és a román papság ügyének – amely az 1682-es vegyes gyűlésen és az 1683 áprilisi tanácsülésen is szőnyegre került – végleges rendezése indokolta az eljárást. Lévén ekkor az erdélyi román ortodox egyház a református püspök felügyelete alatt, ez az akció a fejedelmi tanács nem annyira politikai, mint inkább egyházkormányzati tevékenységéhez tartozik.
Jóval kisebb jelentőségű egyházi ügyek is kerültek a fejedelem és a református tanácsurak elé. 1678-ban a tövisi gyülekezet kérésére Nagyteremibe került harangjukat visszaadatni rendelte Apafi “tanács úr híveinknek egyező tetszésekből”, jelezve, hogy “ezen dologról ennekelőtte is ex consilio parancsoltunk volt.” A marosvásárhelyi egyházközség nyilvános misetartás miatti panaszát 1687. augusztus 7-én szintén a fejedelem és a református tanácsurak orvosolták, a határozatokat Alvinczi Péter ítélőmester jegyezte.
Néha az is előfordult, hogy Apafi fejedelem egyházi ügyekben nem a tízes gondnokság tagjaitól, hanem a református tanácsuraktól kért információt, mint például a kolozsvári kollégiumba az ő “híre és akarata ellen” beállított harmadik professzor esetében.
A curatoratus személyi összetételének meghatározása, a világi egyházigazgatás szervezetének igazítása a fejedelmi tanács református tagjainak hatáskörébe tartozott. 1688 októberében a radnóti országgyűlés utáni ülésen nemcsak a gondnokság személyi összetételében történt változás, hanem az egyházkormányzat szervezetét is némileg átalakította a tanács. Felső szinten kevés változás történt: “a mi Kegyelmes Urunk ő Nagysága ut Summus Iustitiarius vallásunkon való Tanácsi renddel edgyütt, adjungáltatván itilő mester Alvinczi Péter és praefectus Inczédi Pál atyánkfiai fő Inspectorok legyenek.” Alvinczi főkurátorrá való kooptálását eddigi hivatali tevékenysége teljes mértékben indokolta, a megyei nemességből jövő Inczédi Pál fejedelmi praefectus ekkor már táblai ülnök és a deputatio tagja volt, főgondnokká való fogadására karrierje mellett a fejedelmi családhoz fűződő rokonsága és bizalmas viszonya kínál magyarázatot.
A világi főkurátorok mellé “az Ecclesiasticus ordokból penig Inspector Curatorokul T. Püspök Horti István uramat, Soti János uramat, Veszprémi István uramat, Nagjari Joseph uramat, [Szatmár]Nemethi Mihály uramat, Pataki István uramat, Bajcsi István [így! András helyett] uramat rendeltük.”
A tízes gondnokság világi tagjai, a “specialis curatorok” személyi összetételében beállott változást már jeleztük, munka- és hatáskörüket újból körülírta a tanácsi határozat: “ő kegyelmek az Ecclesiák és Collegiumok gongyát és javait hűségesen procurállyák, a mi kegyelmes Urunk a meg irt Urakkal ő Nagyságokkal és ő Kegyelmekkel, sőt Püspök urammal ő Kegjelmével edgyütt fő Inspectoroknak denominalt consensussát, kegjes assistentiajokat mindenekben implorallyak.”
Hosszas tanácskozás eredményeképpen született meg a fenti döntés, Wass György jegyezte föl, hogy az országgyűlést követő három napon (október 4-6.) “Ecclesiai dolgok agitálódtak.” Az átszervezés azonban jobbára írott malaszt maradt, legalábbis nem látszik nyoma annak, hogy az ecclesiasticus inspector curatorok a fejedelemmel vagy a tanácsurakkal egyenrangúlag vettek volna részt a döntéshozatalban. Rangbéli helyzetük átmeneti a tanácsi rendű fő és az alávetettebb specialis curatorok között. 
Erdély kormányzattörténetében ismert a tény, hogy a fejedelmi tanács mellett időről-időre, bizonyos feladatok megoldása végett és a kormányzati felelősség megosztása céljából szélesebb körű szerv, a deputatio működött. Egyházkormányzati szempontból az utolsó, 1685-1690 között tevékenykedett deputatiót kell vizsgálat alá vonnunk. Ez esetben is a fejedelmi tanács mellé adott, többnyire főrangú személyek testületéről van szó. Rendszeres jegyzőkönyvei nem, de a határozatokat rögzítő iratok fönnmaradtak, ezek közül terjedelmében is kiemelkedik az 1689-90-es évek följegyzéseit őrző másfélszáz lapos füzet K. Papp Miklós gyűjteményében.
A deputatio ülései alkalmával hozott egyházügyi határozatok jogi és formai szempontból nem különböznek a fejedelmi tanács hasonló működésétől, hiszen mindkét esetben a református vallású főrendűek egyházkormányzati felelősségvállalásáról van szó. 1689. április 26-án a református egyház Bajcsi András és Szekeres István prédikátorok által írásban nyújtotta be a deputatiónak 15 pontba foglalva a felső szintű döntéseket kívánó ügyeket. Egy hét múlva, május 2-án születtek meg a határozatok a fejedelem jelenlétében Fogarason tartott ülésen. Szinte kizárólag olyan anyagi természetű ügyekről volt szó. amelyek a világiak kormányzati súlyát és hatáskörét igényelték. A resolutiók általában már a kedvező elintézést foglalták írásba (“már disponált is felőle ő Nagysága” – ti. a gyulafehérvári kollégium restáns jövedelmeiről), némely esetben türelemre intettek (az enyedi kollégiumnak Debrecen évek óta adós a taxával – “Meg tanit az idő, most nem lehet erőltetni őket.”). Két esetben üresen maradt a resolutio helye (a kolozsvári eklézsia és a püspök elmaradt sójárandósága). Egyetlen házassági főtörvényszéki eset szerepel a punctumok között, ahol a vétkes világi fél megbüntetéséhez kért karhatalmat az egyház. A deputatio tiszteletben tartva az anyaszentegyház bíráskodási és lelkészfegyelmezési jogát resolutiójában jelezte, hogy a vétkes világi illő büntetésben fog részesülni. Ugyanezen deputatio-ülésben született döntés a szentgericei egyházközség javára egy házhely és szőlő birtokjoga fölötti perben.
A deputatio májusi határozatairól csupán szóbeli információkat kapott a Gyulafehérvárott 1689. június 19-22 között ülésező generális zsinat, ahol a világi egyházkormányzat illetékességébe tartozó ügyeket újból írásba foglalva 12 pontot tartalmazó postulatumot juttattak el július 15-én a Radnóton az országgyűlés alkalmával ülésező deputatióhoz. Az első pont az említett, “Isten házának épületire és az ő Felsége dicsősségének terjedésére igen használatos” határozatok írásbeli közlését igényelte, kérve ugyanakkor “szent vallásunkat szerető Nagy Rendeinket, méltóztassék ... akkori jó végezésit Ecclesiáink s Collegiumaink javokra effectualni.” Augusztus 4-én születtek a deputatio döntései, az első pontnál olvasható a megnyugtató felelet: az írásbeli válasz “kezekhez ment eő kegyelmeknek.” A következő postulatumok egy része ez esetben is anyagi természetű, a határozatok pedig kedvezőek (a fejérdi eklézsiának járó dézsma teljes kiszolgáltatása). Nagyobb számban fordulnak elő azonban a kormányzati ügyek. Három vegyes vallású faluban (Vadad, Bágyon, Szentgerice) a kisebbségben lévő reformátusok és a többségi unitáriusok vitáit nem zárhatta le a református zsinat; felső szintű egyházigazgatási szervként a deputatio is óvatos döntést hozott, további vizsgálatok szükségességét állapítva meg (“Az következendő Deputatio gyűlésére producallyanak mind két részről, ha mi igassagok vagyon.”). Az erkölcsi jobbulást célozza a káromkodók megbüntetését kérő pont, a határozat jelzi, hogy országgyűlési articulus született e tárgyban. Ugyancsak főrendi jóváhagyást kért a zsinat a gyulafehérvári kollégium egyik professzori állásának Kaposi Juhász Sámuellel való betöltésére és a román esperesek bibliakiadási tervének támogatására – mindkettőt megkapta. A kolozsvári nyomdász, Veresegyházi István házának kvártélyozás alóli felmentését szintén pártolta a deputatio.
Két egyházfegyelmi ügy kapcsán jól megfigyelhető az ecclesiasticus és a politicus status egymás hatáskörét tiszteletben tartó együttműködése. Seprődi Mátyás lelkészt eretnek nézetek hirdetéséért, Makfalvi Józsefet pedig káromkodásért az egyház elítélte, elfogatásukhoz a karhatalmat Teleki Mihály szolgáltatta. A végső ítélet kimondására a református tanácsurak és főrendűek grémiuma volt hivatott, előtte azonban kikérték a püspök véleményét. Horti István nem kívánta felülbírálni a generális zsinat elmarasztaló ítéletét, de lehetségesnek vélte Seprődi szabadlábra helyezését tanait visszavonó reverzális ellenében, a Makfalvi esetében pedig további vizsgálati fogságot javasolt. A deputatio a püspök véleményét emelete határozattá; mivel Seprődi nem vonta vissza tévtanait, “tovább való fogságra méltónak itiltetett.”
Hasonló együttműködés tapasztalható az egyházkormányzat legfelsőbb szintjén 1689. május 17-én a deputationak a fejedelem jelenlétében tartott ülésén, amikor a napirendre került ügy (Veszprémi István székelyudvarhelyi lelkipásztor és esperes meg Letenyei Pál, a helybéli iskola rektora között “fenn forgó controversiák”) természete indokolta a lelkészi kar elöljáróinak jelenlétét a tanácskozáson. Számbavette a deputatio bővített ülése a felek panaszát, az ügy részleteit ismerő világiak jelentését, és a felek összebékítését nem bírói úton, hanem Letenyei Pál zabolai papságra való áthelyezésével oldotta meg, “és Rozgoni uram [Rozgonyi P. János] onnan az emlitett udvarhellyi schola directiojára hozattassék vissza.” (Veszprémi elmozdításáról nem lehetett szó, mivel ő Apafi fejedelem “némelly eő Nagysága megh hitt becsülletes Tanács úr hivei instantiajokra lett parancsolatára” maradt meg korábban is az udvarhelyi gyülekezetben.) Mivel a lelkészi-tanítói áthelyezés (dislocatio) kizárólag a lelkészi kar elöljáróinak hatáskörébe tartozott, e döntésekhez a püspök és az esperesek jelenléte és jóváhagyása feltétlenül szükséges volt.
A fejedelmi tanács és a deputatio egyházigazgatási működéséhez az az anyagi áldozatvállalás is hozzátartozik, amelyet időről-időre collecta formájában valósítottak meg a református főrendek. 1688. október 4-én a radnóti országgyűlés alkalmával Teleki Mihály kezdeményezésére indítottak gyűjtést a református anyaszentegyház javára, pontosabban az enyedi kollégium elmaradt debreceni jövedelmének pótlására. A pénz felvételével Bethlen Miklós curatort bízták meg, a megajánlott búzamennyiség begyűjtésének módját pedig szintén neki kellett meghatároznia a tanácsurakkal és a püspökkel egyetértésben. Bár a befizetést a következő évben is sürgetni kellett, az akció mégis sikerrel zárult, az 59 ajánlkozóból 31 fizetett, és a 20000 forintra tervezett collectából 10219 forint és 3454 forint értékű búza gyűlt be (összesen 13673 frt.).
Az 1690-es esztendő az erdélyi református egyház kormányzatában is átmeneti időszaknak tekinthető. 1689 decemberében elhunyt Horti István püspök, 1690. április 15-én I. Apafi Mihály fejedelem követte őt a minden testnek útján, augusztus 21-én pedig a zernyesti csatatéren esett el Teleki Mihály, az ország politikai kulcsembere, a református egyházigazgatás meghatározó személyisége. A fejedelmi tanács, annak jogutódjaként ősszel már működő Status Consilium, illetőleg a deputatio azonban zökkenőmentesen látta el az adódó egyházi ügyeket.
A változó világ bizonytalan körülményei azt viszont már nem tették lehetővé, hogy az 1690. június 4-től Marosvásárhelyen ülésező püspökválasztó zsinat elérje célját. Noha a választás a meghívólevélben fő napirendi pontként szerepelt, az egybegyűlt lelkészek pedig szokás szerint világi főrendű képviselőket kértek II. Apafi Mihálytól (aki az idő rövidsége miatt követek helyett írásbeli felhatalmazást küldött: “kegyelmetek Isten akaratjából és vezetésével válasszon Püspeket magoknak ... az kit inkább szeretnek”), Horti István utódlásáról mégsem döntöttek e zsinaton. A halasztás oka nem Thököly beütésének híre (az csak július elején kezdett terjedni Erdélyszerte), inkább arra gondolunk, hogy a lelkészi kar ily bizonytalan időben a református főrendek konszenzusa nélkül nem kívánt döntést hozni e nagy horderejű kérdésben.
Nagyobbrészt gazdasági vonatkozású ügyekben kérte a kolozsvári eklézsia a református főrendek döntését az év elején, hat pontos memoriáléjuk kétszer, január 24-én Ebesfalván és május 5-én Fogarason került tárgyalásra. Az egyházközségi számadások felülvizsgálatában, “míg Püspök nem lesz”, nem kívánt intézkedni az ebesfalvi gyűlés, a kollégium második professzori állásának betöltését viszont mindkét ülés népesebb testület elé utalta: “deputatioban vallasunkon levő uri s fő rendek igazittsák el.” A gazdasági sérelmeket az elkövetkező ország-gyűlés alkalmával kívánták orvosolni.
Wesselényi Pál és Béldi Zsuzsánna hosszan húzódó, az erdélyi közvéleményt egyre inkább megbotránkoztató válópere során a felek külön lakását az országgyűlés rendelte el 1690 áprilisában, egyúttal pedig a következő generalis zsinatra utalta őket, hogy “ott egymas között való dolgokat végképpen igazítsák el.” E határozatot a lelkészi kar nem hajtotta végre, a per nem került tárgyalásra a június 4-i zsinaton. Erre a református főrendeknek kellett közbelépniük, június 22-én Radnóton a deputatio ülése alkalmával vegyes gyűlést tartottak. Mivel az összebékítés nem sikerült, a válóper végleges lezárása végett Szent Mihály-nap tájára egyházi és világi elöljárókból álló törvénykező gyűlés összehívásáról döntöttek, szükséges lévén mind a lelkészi kar házasságjogi illetékességének, mind pedig a református világi főrendek végrehajtást biztosító hatalmának együttes alkalmazása. A kiadmányozást ekkor is Alvinczi Péter ítélőmester végezte, a szokott formában.
Jelképerejűnek érezzük Teleki Mihály és Bethlen Miklós ez évbeli egyházi együttműködését. Bethlen május 16-án az enyedi kollégiumba kérte irányítani Teleki búzadézsma-adományát, egy hét múlva pedig örömmel nyugtázta az öreg tanácsúr gyors küldeményét, meleg szavakkal méltányolva, hogy “a sok igirő, de semmit adó Patronus” között akadt jókedvű adakozó. Ugyancsak Telekitől kért tanácsot Bethlen curator afelől, hogy az enyedi kollégium Apafi fejedelemnek kölcsönbe adott 3200 forintját miként lehetne visszaszerezni.
Ebben az esztendőben bukkant fel először a főrendű világiak egyháztanácsának “Consistorium” elnevezése, amely aztán állandóan használt terminussá vált a következő évtizedekben. A kolozsvári egyházközség januári fölterjesztésének címzésében fordul elő “a Reformata igaz Religión levő Méltóságos Uraknak s Tekintetes Fő Rendeknek ... Méltóságos Consistoriuma” formában. Mivel a kolozsvári eklézsia 1689 júliusában megnyitott jegyzőkönyve szintén “consistorium”-nak nevezi a kebli egyháztanácsot, fölterjesztésük e körükben használatos kifejezést alkalmazta a református tanácsurak mindaddig körülírással meghatározott grémiumára. Ötletük telitalálatnak bizonyult, a június 22-i vegyes gyűlés alkalmával már “vallásunkon lévő Consistorium”-nak nevezte magát a testület. 
A világi egyházkormányzat személyiségei
A református főrendek intézményesített egyházkormányzati szerepvállalásában Apafi Mihály fejedelem tekinthető az egyik fő kezdeményezőnek. Elmélyült biblikus kegyessége, kiváló teológiai képzettsége egyrészről, politikai józansága, az adott lehetőségeket jövőépítésre kihasználó szívós kitartása másrészről mind szeretett anyaszentegyháza megerősítésére serkentette. Alkalmas eszköznek látta erre a református tanácsurak és főrendek egyházigazgatási részvételét, amelynek intézményesülését, az egyház íratlan alkotmányába való beépülését folyamatosan munkálta. Esetében inkább attól lehetett tartani hogy fejedelmi hatalmának súlyát az egyházigazgatásban túlságosan is érvényesíti; ilyen irányú szándékai Bethlen János józan mérsékletet ajánló 1674-es memoranduma után és a curatorok ellenállása dacára is tapasztalhatók.
E sajátos erdélyi egyházkormányzati rendszer kimunkálóinak sorában Bethlen János kancellár és Kovásznai Péter püspök állt – a jelek szerint – a fejedelem mellett. Bethlen több évtizedes curatori tevékenységével, ugyanakkor helyes és megalapozott elméleti tájékozottságával járt elöl, a presbiteriánus meggyőződésű Kovásznai püspöktől pedig mi sem állt távolabb, mint a református főrendek egyházkormányzati szerepvállalásának megakadályozása. Közszereplésük azonban az 1670-es évek közepén megszakadt: Kovásznai földi porsátora 1673-ban talált nyugodalmat a kolozsvári Házsongárdi temetőben, Bethlen kancellár pedig 1676-os konfiniáltatása és elhatalmasodó betegsége miatt kivonult az egyházi közéletből is, és 1678-ban elhunyt.
Kezdeményező és elöljáró szerepét Teleki Mihály, a kor legnagyobb karrierjét befutó erdélyi politikusa vette át. Teleki személyiségének korántsem olyan meghatározó része a keresztyén hit, az egyéni biblikus kegyesség, mint például a (különben korában kivételesnek tekinthető) Bethlen Miklóséé, de reformátussága – véleményünk szerint – nem tekinthető csupán a “gyakorlati politikus”, a “hatalmi játékos” tudatos ideológiai érvének. “Leveleiben nem egyszer szólal meg erős református hang – de ez elsősorban a hitbuzgó kálvinista Apafinak szól” – írja Trócsányi Zsolt, de a hatalmas Teleki-levelezés két igen személyes hangvételű, egyéni és közösségi bűnbánattól hevített, prédikátori ízű missilise Naláczi Istvánnak és Bethlen Miklósnak íródott. A kivételes alkalomként bennük megszólaló református meggyőződés hitelében nincs okunk kételkedni; habár Teleki közéleti-politikusi cselekedeteit nem annyira elméleti koncepciók, mint a közvetlen politikai realitások határozták meg, egyházi szerepvállalása, a korabeli közvélemény által elvárt szinten teljesített patrónusi kötelezettségei hitbéli alapokon nyugodtak. Ne feledjük, az 1671-es gyulafehérvári mixta congregatiora készülve, a tekintélyben és hatalmi súlyban nemrég megnövekedett Teleki a presbiteriánusok tanairól előzetesen alapos tájékoztatást kapott Szántai Pócs István huszti lelkipásztortól, aki talán nem csak puszta udvariasságból nevezte a kővári főkapitányt és friss tanácsurat “Isten ő felsége Ecclesiájának nagy oszlopának”.
Kovásznai Péter püspök 1671 nyarától kezdve többször is Telekihez fordult olyan egyházi ügyekben, amelyek a világi főrendek egyházi tevékenységét érintették (fejedelmi küldött részvétele a zsinaton, vegyes gondnokság létesítése a Gyulafehérvárra menekült sárospataki kollégium számára) Teleki Mihály méltó lelkészi partnere az egyházigazgatásban azonban úgy tűnik, Tofeus Mihály volt, aki a fejedelem udvari prédikátoraként jelentős befolyást gyakorolt már a Kovásznai, de még inkább az utódja, Tiszabecsi Nagy Gáspár széki lelkész püspöksége (1673-1679) idején. Együttműködésük mind a Ghillányi-hagyaték átvételekor, mind a Barcsay Ákosnak a kolozsvári kollégium számára hagyott 500 aranyas adománya megszerzésében gyümölcsözőnek bizonyult.
Egy századdal később Bod Péter Teleki Mihály mecénási tevékenységét, amelynek köszönhetően másfél tucatnyi ifjú járhatta meg a nyugat-európai egyetemeket, a Bethlen Gáboréhoz hasonlította. Egyházi kapcsolatainak jellemzéséül említette, hogy a neves politikus korának jeles egyházi személyiségeivel (Dézsi Márton, Pataki István) igen szívesen társalkodott.
Teleki egyházkormányzati súlyát jól illusztrálja az 1682-es enyedi vegyes gyűlés, ahol eleinte kisebbségben maradt álláspontját végül is győzelemre vitte. Hasonló eréllyel mozgatta a messzenyúló külpolitikai háttérrel rendelkező 1684-es bibliakiadási tervet is.
Bethlen és Teleki mellett a fejedelmi tanácsnak 1670-1690 között még 16 református tagja volt, aki testületileg mindnyájan részt vettek az egyházkormányzatban, egyéni tevékenységük azonban változó mértékű. Az idősebb nemzedékből BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. János mellett Bánffi Zsigmond, Rhédei Ferenc és Bethlen Farkas viselte a kollégiumi főkurátorságot 1682 előtt, ez utóbbi inkább csak névleg. Rhédei ahogyan a politikai életben igyekezett háttérben maradni, úgy egyházában sem igyekezett – mély egyéni hite ellenére – vezető szerepet játszani. Bánffi Dénes és Kapy György közéleti súlyának egyházi érvényesítését az 1673-as radnóti zsinat alkalmával tapasztalhattuk; Bánffi pályája tragikusan szakadt meg 1674-ben, Kapyt négy év múlva letartóztatták a Béldi-ügy kapcsán, börtönben halt meg 1679-ben. 
Ugyanez évben hunyt el Bethlen Farkas, három esztendő múlva Bánffi Zsigmond; az 1680-as évek legelején tehát jelentős személyi változásokra került sor a fejedelmi tanácsban. Az ekkoriban bekerült református tanácsurak: Naláczi István (1677), Bethlen Gergely (1678), Nemes János (1678), Bethlen Elek (1680) és Székely László (1680) egy kivételével mind e funkcióban érték meg a nagy erdélyi metamorphosis évét, 1690-et, ők biztosították tehát a személyi folytonosságot az egyházigazgatás terén is. Közülük Székely Lászlóról tudjuk, hogy Kolozsvár főkapitányaként és Kolozs megye főispánjaként a kincses város református eklézsiájának és kollégiumának érdekvédelmét vállalta fel a tanácsi testületben.
Az 1680-as évek második felében bekerült református tanácsurak: Macskási Boldizsár (1686), Bánffi György (1687) és Bethlen Miklós (1689) közéleti pályája szintén átnyúlt az 1691-el kezdődő új korszakba. Bethlen és Macskási aktivitása ismert, mindketten a decemvirale Curatorium tagjai 1685-től, sőt Macskási e tagságot, tanácsúri rangja ellenére, az 1688-as átszervezéskor is megtartotta. Közülük Bánffi rangban és népszerűségben megelőzte a nála idősebb Bethlen Miklóst.
Bánffi György, Székely László, Bethlen Miklós, Naláczi István, Bethlen Gergely, Bethlen Elek – ezek a református tanácsurak álltak készen arra 1690 végén, hogy a Status Consilium tagjaiként nemcsak Erdélyország kormányzati rendszerét mentsék át lehetőleg sértetlenül az új világba, hanem az elhunyt fejedelem legfőbb egyházvédői jogkörét testületileg megörökölve, a fenyegetett helyzetbe került erdélyi református anyaszentegyház kormányzati terheit is viseljék, immár az új nevet használva: az erdélyi reformátusok Főkonzisztóriuma.

II. 1691 – 1703
Új erdélyi kormányzat
I. Lipót diplomájának elfogadása az 1691 januári országgyűlésen lezár és megnyit egy-egy korszakot. Erdély új európai integrációjának hosszú, 1685-től tartó előkészítő szakasza, amelynek során a kis ország politikai elitje tárgyalások és szerződések sorozatával igyekezett megőrizni hagyományos közjogi státusát a bevett vallások rendszerével együtt, ezzel végetért. A szerencsés történelmi pillanatban Bethlen Miklós bécsi tárgyalásai eredményeképpen megszületett Diploma Leopoldinum első változatában kompromisszumos megoldás, “lehetőséget biztosít Erdély korábbi jogrendjének fenntartására”. Korszakot nyit egyúttal, hiszen megkezdődik a lehetőségek gyakorlatba ültetésének nehéz politikai küzdelmekkel járó, kitartást követelő hosszú folyamata.
Református szempontból az a politikai elit célja, hogy az új integrációban elkerüljék azt a keserű sorsot, amely a királyi Magyarország protestáns egyházainak jutott osztályrészül 1670 után, s igen közelről volt ismeretes a menedékkőül szolgáló Erdély számára. Evégett Bethlen Miklós már az 1690 őszi bécsi tárgyalások során a négy bevett felekezet jogaira vonatkozó cikkely mellé – elébe menve a várható katolikus követeléseknek – egyúttal a kolozsvári és gyulafehérvári katolikus templomok újjáépítését is javasolta a diploma első változatának szövegébe.
A Diploma Leopoldinum második, ünnepélyes formájú változata 1691 decemberében, a Bethlen Gergely vezette követség bécsi tárgyalásai után került kiadásra. Szövege előnytelenebb a korábbi erdélyi jogrendszer fenntartása szempontjából, amennyiben például a 3. cikk kiegészítése kimondja, hogy a rendek vallásügyi viszálya esetén, ha a békés megegyezés nem jön létre, a felek meghallgatása után az uralkodó dönt. Hosszú tárgyalássorozatokon kell helytállniuk a továbbiakban a református rendeknek, hogy az előretörő katolicizmussal szemben egyházuk érdekeit megvédhessék. Mindezzel együtt a Diploma “évszázados jelentőségű közjogi okmány, Erdély alkotmánylevele 1848-ig” és a politikai erőviszonyok függvényében való értelmezése meg változó mértékű alkalmazása ellenére “a benne rögzített jogoknak mégis van állandósága” – még a legtöbbet vitatott és számunkra most legfontosabb vallásügyi kérdésekben is.
1691 januárjától a Diploma szerint a fejedelmi tanács örökébe Erdély legfelsőbb helyi kormányszerve, a Gubernium lépett. Ekkor történtek meg a jelölések a sarkalatos tisztségekre és a tanácsosi helyekre, az új tisztségviselők megerősítésére a következő év tavaszán került sor. Bánffi György gubernátor, Bethlen Gergely főgenerális, Bethlen Miklós kancellár lett, a negyedik főtisztségbe, a kincstartóiba a katolikus Haller János került. Református többségű lett a guberniumi tanácsosok köre is, a régiek (Székely László, Bethlen Elek, Naláczi István) mellé választott négy új ember közül Keresztesi Sámuel református, Gyulaffi László és Gyerőffi György katolikus, Tholdalagi János pedig unitárius.
Biztosította a Diploma az országgyűlések folyamatosságát is, évente kétszer-háromszor gyűltek egybe az ország rendei. Ekkor nyílt alkalom a felmerült vallásügyi követelések és sérelmek megtárgyalására, amikor is felekezetenként külön üléseztek a guberniális tisztségviselők meg az országgyűlési követek, majd kidolgozott postulatumaikat együttes üléseken tárgyalták meg.
A református világi elöljárók egyházkormányzati működése ebben az időszakban két, egymással szorosan kapcsolódó pászmán haladt: egyik az egyház jogainak és pozícióinak védelme a guberniumi tanácskozások, az országgyűlések és a felekezetközi tárgyalások rendjén, a másik a szorosan vett egyházi belügyek igazgatási ellátása. Mindkettőnek külön fejezetet szentelünk a továbbiakban, utalva természetesen a kapcsolópontokra.
Felekezetközi tárgyalások, bécsi követjárások
1692 folyamán az országgyűlések alkalmával többször is folytak felekezetközi tárgyalások a katolikusok protestáns részről túlzónak tartott követelései felől (az erdélyi római katolikus püspökség teljes jogú visszaállítása, a több templomos helységekben egyet adjanak vissza nekik, a korábban Erdélyben működött szerzetesrendek térhessenek vissza). Ezek során a református rendeket Bethlen Elek és Keresztesi Sámuel guberniumi tanácsosok meg Alvinczi Péter ítélőmester képviselte, a márciusban megszületett szerződést már Bethlen Miklós és Kemény János fogalmazta. Eszerint a katolikusok is elfogadták a püspökség vikáriussal való betöltését, a szerzetesrendek (elsősorban a jezsuiták) bejövetele ügyében mindkét fél fenntartotta a maga álláspontját, a Kolozsvárott kiéleződött templom-kérdés kapcsán pedig a protestáns rendek felajánlották az óvári egykori domonkos templomot és a kolozsmonostori uradalom átadását. Mivel e szerződés után a katolikusok megváltoztatták álláspontjukat (“egész hivatallyában” kívánták beállítani a püspököt, az óvári helyett a főtéri templomot követelték), a májusi tárgyalások során pedig megállapodás nem született, a vitás egyházi ügyeket az uralkodó elé kellett terjeszteni.
Erre Alvinczi Péter bécsi követsége nyújtott alkalmat, aki a Gubernium természetesen protestáns álláspontú emlékiratával fölvértezve folytatta tárgyalásait. Követjárása nyomán született a vallásügyi pótdiploma (1693. április 9.) és az Alvincziana Resolutio vallásügyi rendelkezése (1693. május 14.). A pótdiploma “annak a ténynek józan mérlegelésével, hogy Erdély rendjeinek és vezető elitjének nagy többsége protestáns, lényegében a protestánsok javára dönt, vagy legalábbis nem ellenük” – állapítja meg Trócsányi. Jóváhagyja az óvári templom és a mellette levő unitárius kollégium meg a gyulafehérvári Báthori-templom átadását a katolikusoknak, elfogadja a kolozsmonostori uradalom visszaváltását a katolikusok számára, az erdélyi püspöki széknek pedig apostoli vikáriussal való betöltését irányozza elő. Győzött tehát az érdemi pozíciók megtartásáért kisebb engedményekre hajlandó protestáns álláspont, de a győzelem időtállóságában nem reménykedhetett senki. 1697-tel kezdődően az ellenreformációs politika újabb hulláma érte el Erdélyt. Egyik célja a katolikus püspökség teljes jogú helyreállítása, amely a protestáns többségű rendek erős ellenállásába ütközött, nem is annyira vallási okokból, inkább a püspöknek a hagyományos hatalmi struktúrát megbontással fenyegető világi befolyásától való ódzkodás miatt. Határozott és egységes állásfoglalásuk meg a Habsburg-kormányzat egyelőre létező kompromisszumkészsége következtében az 1696-ban püspökké szentelt Illyés András a Rákóczi-szabadságharcig nem telepedhetett meg Erdélyben.
Az ellenreformációs politikának másik iránya, a román vallási unió a többi protestáns rendek mellett külön is érintette a reformátusokat. Mindnyájan tarthattak a hatalmi helyzet jelentős változásától az ortodox románoknak a katolikus egyházzal való egyesülése esetén, a református egyház azonban külön is felelősséget hordozott a református püspök fennhatóságát elismert román papok iránt. A katolikus kivételezettség csökkentésének szándéka mellett ennek is tulajdonítható, hogy 1698 áprilisában Bécsben tárgyaló Bánffi György és Bethlen Miklós elfogadtatta a Ministerialkonferenz in rebus Transilvanicis-szel azt az alapelvet, hogy az ortodox papok bármely bevett felekezettel egyesülhetnek, elnyervén az illető egyház lelkészi karának jogállását. E királyi rescriptumban szentesített elv alapján 1699 május-júniusában a Gubernium vette védelmébe az egyesülési célú kényszergetéseket sérelmező Hátszeg vidéki román református papokat, majd 1700. november 28-án a Bánffi György elnökletével ülésező református Főkonzisztórium állított ki oltalomlevelet a számukra.
A protestáns többségű Gubernium és országgyűlés 1699 szeptemberében törvénycikkben próbálta rendezni az unió ügyét, de a zavaros állapotokat nem sikerült megszüntetni. Nem állította le az unió körüli küzdelmeket az 1701. március 19-én kiadott második vallási uniós diploma sem, amely szigorította a szabályokat: csak a katolikus egyházzal egyesülhettek az ortodoxok, a protestáns felekezetektől csupán védelmet kérhettek. Ezt a református egyház szívesen nyújtotta a rászorulóknak, például az unióellenes akciói miatt börtönbe vetett, de onnan megszökött Czirka János ortodox papot 1700 őszén egy hátszegvidéki román eklézsiába menekítette a Főkonzisztórium.
A katolikus rendek erősödő követelései folytán, amelyek Csáky László, Mikes Mihály és Wass György bécsi tárgyalásai során kerültek napirendre, a Diploma Leopoldinumot sértő változtatások szentesítődtek az ún. katolikus pótdiplomában (1699. szeptember 5.) a tisztségek betöltése tárgyában. Eszerint a továbbiakban a főtisztségekre történő hármas jelölésnél egy személynek mindig katolikusnak kell lennie, a városi tanácsokban pedig a katolikusok egyenlő számban legyenek képviselve. Wass Györgynek, bármennyire is igyekezett, nem sikerült katolikus követtársainak befolyását ellensúlyoznia, ámde a katolikus pótdiploma a protestáns többségű Gubernium csöndes szabotázsa miatt 1703-ig csupán írott malaszt maradt.
Ami a vezető tisztségek (Gubernium, törvényhatóságok) felekezetenkénti megoszlását illet, tárgyalt időszakunkban a katolikusok lassú előretörése tapasztalható. Apor István futotta be a legjelentősebb karriert, 1693-tól guberniumi tanácsos, három év múlva kincstartó, 1703-ban felfelé bukott, az ország generálisa lett. Jól érzékelteti a folyamatot a rendek és a királyi tábla elnöke tisztségének személyi változásai: Székely László még a fejedelmi korban kapta e megbízatást, 1692 februárjában bekövetkezett halála után a szintén református Bethlen Elek vette át e tisztséget. Halála (1696. november 3.) után az országgyűlés a helvéthitű Keresztesi Sámuelt jelölte, uralkodói megerősítést azonban nem kapott, és az utódlás kérdése hosszas viták után 1699-ben jutott dűlőre a katolikus Haller István személyével. Ugyancsak erre utal a két határév összehasonlítása: 1691-ben a négy főtisztből három református és csupán a legalacsonyabb rangú kincstartó katolikus; 1703-ban a gubernátor és a kancellár református, az ország generálisa és a rendek elnöke katolikus. Tény viszont, hogy Bánffi György és Bethlen Miklós együttes közéleti tekintélye, befolyása lényegesen nagyobb, mint Apor Istváné és Haller Istváné együtt. A Gubernium és az országgyűlés protestáns többségén belül a reformátusok számbeli fölénye folyamatosan megmaradt.
Összegezve az elmondottakat megállapíthatjuk, hogy az erdélyi Habsburg-berendezkedés első időszakában a református anyaszentegyház világi irányadó személyiségei – a katolikusok térnyerése ellenére – meg tudták őrizni azokat a politikai-közigazgatási pozícióikat, amelyeket betöltve hatékonyan elláthatták az egyház jog- és érdekvédelmének immár hagyományosan reájuk háruló és fel is vállalt feladatát.
A Főkonzisztórium egyházigazgatási tevékenysége 1691-1696
A korai Gubernium első éveiben a református főrendek közvetlen egyházigazgatási tevékenységének kevés nyoma maradt. Úgy tűnik, erőfeszítéseik főként – az egyház szempontjából igen fontos – felekezetközi tanácskozásokra, a kálvinisták által elfoglalt pozíciók biztosítására irányultak.
A fejedelmi korból ismert hármas szintű egyházkormányzati rendszer továbbélésének alig van nyoma, kezdetlegesebb struktúra működött. Bethlen Miklós esete jó példa, aki kancellárként az erdélyi reformátusok második emberének számított, ennek ellenére 1691 szeptembere és 1697 márciusa között az enyedi kollégium vicecuratori tisztségét is betöltötte, értetlen tiszttartókkal meg késedelmes adósokkal bajoskodva. Jellemző a rangok és hatáskörök rendezetlenségére, hogy az enyedi kollégium diákjainak magatartását szabályozó tíz pontos edictumot Bethlen Miklós világi, Veszprémi István püspök egyházi curatorkánt írta alá 1692. július 20-án, ünnepélyes kihirdetését azonban “a Méltóságos Consistorium fő curator Keresztesi Samuel uramra” bízta. Noha arisztokrata családból származott, Keresztesi ekkor rangban jóval alatta állt Bethlennek, 1690 előtt nem volt tanácsúr, 1691-től lett guberniumi tanácsos.
Főkormányszéki vagy törvényhatósági tisztség viselése az egyházkormányzati részvétel elsőrendű feltételének számított, így tehát II. Apafi Mihálya Diploma óta csupán privatus patrónusként szerepelt egyházában. Veszprémi István székelyudvarhelyi lelkész püspökké választását 1691 júniusában a hagyományos módon még együtt hagyta jóvá a “Radnóton gyűlést tartó református főrendekkel,” későbbi részvételének azonban nincs nyoma.
1697 tavaszán zárult le ez az átmeneti korszak, amikor a védekezés hatékonysága már erősen sürgette a Főkonzisztórium alaposabb megszervezését.
1691-től a változó időkben eshető károk eltávoztatása végett a református világi elöljárók elsősorban a generális eklézsia anyagi javainak felügyeletét szervezték meg. Wass Györgyöt bízták meg 1691 áprilisában azzal, hogy még a püspöki szék betöltése előtt egy bizottsággal leltározza a Horti István kezelésében állott egyházi vagyont. Veszprémi István székelyudvarhelyi lelkész püspökké választása (1691. június 24.) után is a curatorok, Bethlen Miklós, Keresztesi Sámuel és Bethlen Sámuel vették számba “az Ecclesiák és Collegiumok dolgait” Szebenben szeptember 16-18 között. Leltárba kerültek ekkor az egyház és a három kollégium ingóságai, készpénze, kötelezvényei és régebbi levéltári anyaga (privilégiumok, urbariumok, számadások az 1660-70-es évekből), amelyeket addig részben a püspöki ládában, részben a nemrégiben elhunyt Szathmári Gáspár algondnoknál őriztek. Szintén gondnoki bizottság számolt el véglegesen az elhunyt Horti püspök fiával 1692. február 15-én.
Mivel a közegyház pénzvagyona jórészt kamatra kiadott összegekből állt, időről-időre gondoskodni kellett a bizonytalanná váló jelentősebb kölcsönök felszedéséről. Teleki Mihály 1689. december 16-án vett fel 6000 magyar forint kölcsönt 10 %-os kamatra hat hónapos felmondással. Egy év múlva Bethlen Miklós “a több vallásunkon való urak, főrendek tettszéséből” visszakérte Árva Vér Judittól a kölcsönt, majd 1691. július 8-án újból sürgette a megfizetést, hangsúlyozva, hogy “nincsen nékünk Curatoroknak módunk benne, hogy az úr [Teleki] obligatoriája mellől el álljunk.” Az összeg végül visszakerült az egyház pénztárába.
Ugyanígy gondoskodtak a curatorok a boldogult Apafi fejedelemnél lévő 3200 forintos kölcsön biztosításáról. 1696-ban II. Apafi Mihály törlesztett belőle 2310 forintot a Bethlen Miklós kezébe, a maradék megfizetését azonban három év múlva is sürgetni kellett a Főkonzisztórium megbízottainak.
Az egyház vagyonkezelése az összegek eredete szerint megoszlott a püspök és a világi gondnokok között. Bethlen Miklós kezelte például az 1688-as radnóti collecta pénzeit, a Ghillányi-hagyaték itthon maradt részére azonban hagyományosan a püspök felügyelt a generalis zsinat előtti számadás kötelezettsége alatt.
Ez a kettős kezelés okozta az ún. amszterdami pénz körüli vitákat. A Ghillányi-hagyaték jelentős részét, 2500 aranyat a hollandiai bibliakiadásra kívánván fordítani, Kolosvári István professzor nyugateurópai követjárása alkalmával átutalták Németalföldre. Mivel Misztótfalusi Kis Miklós páratlan egyéni áldozata révén a Szentírás kinyomtatása megvalósult, az egyház pénzét Willem Anslaert lelkész közvetítésével az “amstelodami respublicának” adták kölcsön 3 %-os kamatra. 1691-ben Bethlen Miklós tájékozódni kívánt e tőkepénz helyzetéről, április 11-én Johannes van den Waeyen franekeri professzortól, május 31-én pedig Kolosvári István enyedi tanártól kapott felvilágosítást. Az aránylag kicsi kamat és a nagy távolság miatti nehézkes kezelés láttán Bánffi gubernátor és Bethlen kancellár felkérte Veszprémi püspököt a pénz hazahozatalára. 1695 tavaszán már Erdélyben volt a tőke a korábbi kezelésére vonatkozó iratokkal és nyugtákkal együtt. Mint Ghillanyianumnak elvileg a püspök kezelésébe kellett volna kerülnie, de Bethlen Miklós jobbnak látta, ha maga felügyel biztos kihelyezésére. Sérelmezte is az eljárást a júniusi közzsinat, de a curatorok akarata előtt meghajolva végül is jóváhagyta, azzal a kéréssel, hogy a jövedelemből részesüljenek “a szűkölködő eklézsiák, praedicatorok és mesterek” is. Nemcsak a lelkészi kar, de időjártával világi gondnoktársai is nehézményezték Bethlen egyszemélyes pénzgazdálkodását, ez vezetett a Főkonzisztórium 1697 tavaszán sorra kerülő nagy hatáskörmegállapító, rendező gyűléseihez, amelyekre még visszatérünk.
Simábban ment az egyházi és világi elöljárók együttműködése a református egyház érdekvédelmi akciói során. Bod Péter följegyzése szerint az 1694 decemberében tartott marosvásárhelyi országgyűlésen a friss guberniumi tanácsos Apor István a református papok megadóztatását javasolta. Szándéka megvalósítását azonban Bethlen Miklós, a püspök és Fogarasi V. Mihály marosi esperes összefogása meggátolta, a kancellár javaslatára és Veszprémi utasítására ugyanis Fogarasi jó irányba terelte az országgyűlés hangadó személyiségeinek véleményét.
Szintén Bethlen curator és Veszprémi püspök együttműködése révén került újra folyósításra 1691-ben a kolozsvári kollégium számára még Apafi Mihály fejedelemtől “Isten sava” néven adományozott évi 100 forint a máramarosi sóaknákról, amikor is a restanciák pótlásául ezer forint kiadását rendelte el “a méltóságos tanácsi rend” II. Apafi Mihállyal egyetértésben.
A református Egyházfőtanács kormányzati tevékenysége 1693 őszén, a katolikusoknak átadandó ingatlanok ügyében megélénkült. Elsősorban a kolozsvári óvári templom ügye ígérkezett bonyolultnak, a kincses város református hívei már ez év tavaszán a tervezett átadás hírére tüntetést rendeztek az istenháza körül. Kézdivásárhelyi Matkó István lelkész is csatlakozott a tiltakozókhoz, és Bethlen Miklós erőteljes föllépésére volt szükség a hangulat lecsendesítéséhez. A templom átadásának részletkérdéseivel a helyi egyházi vezetők a Főkonzisztóriumhoz fordultak. Hét pontba foglalt előterjesztésükre a tordai országgyűlés alkalmával egybegyűlt református főurak a kolozsvári eklézsia érdekeit lehetőség szerint védő döntéseket hoztak: református tulajdonban marad az unitárius iskola mellett lévő szász kálvinista templom, az óvárbeli két parókiális ház és a kolozsmonostori kis református templom. A resolutiókat Alvinczi Péter írta alá szeptember 27-én. Október elején a további függőben maradt részletkérdésekben (át kell-é adni a templomi bútorzatot, miként oldódik meg az egyházközség kárpótlása?) szintén főkonzisztóriumi határozatok születtek, ezeket az átadó bizottság református tagja, id. Wass György közvetítette, aki naplója tanúsága szerint nagy lelki fájdalommal vett részt e politikailag szükségesnek tartott, de sérelmesnek érzett aktusban. 
Akárcsak korábban a fejedelmi tanács egybegyűlése, ekkoriban a Gubernium teljes létszámú együttléte nyújtott jó alkalmat főkonzisztóriumi ülések tartására. 1696 augusztusának második és negyedik hetében plenum gubernium tartatott Tordán, 19-én a lelkészi elöljárók terjesztették a világi urak elé a “Reformata Ecclesiának postulatumit” nyolc pontba foglalva. Anyagi kérdésekkel foglalkozik két pont, a tordai prédikátorok sójárandóságának elmaradását sérelmezve és a fiscalis jószágokból járó búzaquarta kiadását sürgetve. Ez utóbbit jóváhagyta a Főkonzisztórium. A tordai és gyulafehérvári scholák autonómiáját sértették meg helyi polgárok, az utóbbi esetében Bánffi gubernator ígért elégtételt a fehérvári udvarbíró útján.
Érdekes módon a lelkészek áthelyezése feletti püspöki jogkör sérelmének orvoslását szintén a Főkonzisztóriumtól várta az egyház: “Rendetlenségnek itéllyük, hogy noha Vallásunkat követő boldog emlékezetű Fejedelmi ez hazának és Vallásunknak nagy oszlopi, bizonyos Canonok szerint a Directiot bocsátották T. Püspökink kezekben, hogy az Ecclesiákban illendőképpen az ő kegyelmével való megegyezésből collocaltassanak alkalmatos Praedicatorok, melyre hittel is köteleztetik T. Püspök urunk. Mindazonáltal annyira ment már sok Ecclesiakban a dologh, hogy még csak híre sincs ő kegyelmének, midőn Praedicatorok collocaltatnak, melyből nem kicsiny inconvenientiak kezdettek ki jőni mind az Ecclesiakra s mind az Praedicatorokra nézve. Ennek is jó rendbe való hozását Nagyságtok s Kegyelmetek keze által alázatosan kívánnók.” A Főkonzisztórium a régi egyházi kánonok szoros megtartását határozta, felhatalmazva a püspököt a kihágást elkövető lelkészek megbüntetésére.
Ugyancsak világi karhatalmat kért a lelkészi kar a Főkonzisztóriumtól a Wesselényi Páltól elvált Béldi Zsuzsánna és egy káromkodásért törvénybe idézett tordai polgár ügyében, határozat azonban nem született. Hasonlóképpen az egyházi törvényszék ítéletének végrehajtását igényelte Szőnyi Nagy István kolozsvári lelkész esetében, akit a kolozsvári kebli egyháztanács paráznaság vádjával állásából elmozdított. A Főkonzisztórium kérésére mind a kolos-kalotai egyházmegye részleges zsinata, mind pedig a generalis synodus megtárgyalta Szőnyi fegyelmi ügyét, és felmentő ítéletet hoztak. Ennek végrehajtásáról a Főkonzisztórium határozott: “Püspök uram az Colosi és Kalotaszeghi Esperest által publicaltassa az ő kegyelme [ti. Szőnyi Nagy István] justificatoria sententiáját, és kinállya meg az Ecclesiát az ő kegyelme receptiójával és osztán de successu informáltassék a Consistorium is, id est vallásunkon valo Uri és Fő rend.”
A Főkonzisztórium egyházigazgatási tevékenysége 1697-1703
1696-97 fordulóján a református elit pozíciói meggyengültek: a kincstartói méltóságot a római katolikus Apor István nyerte el, Bethlen Eleknek, a rendek elhunyt elnökének helyébe választott református Keresztesi Sámuel pedig alig reménykedhetett az uralkodói megerősítésben. Apor kincstartósága az egyház fenntartásában korántsem elhanyagolható szerepet játszó kamarai jövedelmek megnyirbálásával fenyegetett, a hatékony védekezéshez pedig célravezető rendbe kellett állítani az erre elsősorban hivatott Supremum Consistorium szervezetét. E szükséglet felismerése egybekapcsolódott az egyház belső vagyonkezelési problémáinak sürgetésével, és az 1697. március 11-én megnyílt kolozsvári országgyűlés alkalmával a református főrendek és a lelkészi elöljárók átfogó rendezést hajtottak végre.
Ekkor találkozunk először azzal a később általános gyakorlattá vált szokással, hogy az országgyűlés tartama alatti vasárnapokon az istentisztelet után tárgyalták meg az egyházi ügyeket a református rendek. Március 17-én, a gyűlés első vasárnapján “mi reformatusok gubernator uram ő nagysága házában praedicatio után ecclesiai dolgok aránt gyűltünk be” – jegyezte föl id. Wass György, megbeszéléseik részleteire nem térve ki.
Valószínűleg a vagyonkezelés ügyei kerülhettek először napirendre, ekkor küldhették ki azt a világi-egyházi vegyes bizottságot, amelyik március 20-31 között folyamatosan dolgozott. Macskási Boldizsár belsőszolnoki főispán és Laki Péter kolozsmonostori levélkereső világi részről, Bajcsi András enyedi lelkész, generalis notarius, Eszéki István dési és Rozgonyi P. János széki esperes vállalkozott a “sedes revisionalis”-ban való részvételre. Másfél heti munkával számbavették, rendezték és leltározták a közegyház és az enyedi kollégium privilégiumait, számadásait és adósleveleit, továbbfejlesztve az 1691-es rendezést. Korábban a püspök és az enyedi kollégium gondnokai kezelték ezeket az iratokat, rendben tartásukból azonban egyre nagyobb részt vállalt a Főkonzisztórium, tekintve közvetlen jogbiztosító jelentőségüket. Felülvizsgálta a bizottság az enyedi kollégium kolozsvári polgároknál lévő tőkepénzeinek 1675-ös registrumát, jelezve a már megfizetett vagy még függőben lévő adósságokat. Ebben a munkában Bethlen Miklós is részt vett. Ugyancsak számbavette Csulai püspök 1679-ben összeírt adósságait is. Sorra került aztán Bethlen vicekurátori számadása az 1691. november 1 – 1697. március 31 közötti időszakról, amely a radnóti collecta elszámolásait is tartalmazta. “Mind perceptumi és erogatiói pro rerum et temporum exigentia probabiliter et fideliter mentenek véghez, úgy hogy mi azokban semmi notabilis difficultast nem tapasztaltunk” – jegyezték meg a vizsgálóbiztosok. Számot adott ez alkalommal Bethlen az amszterdami pénz kezeléséről is, ratiojából kiderül, hogy a Hollandiából visszakerült 11533 forinthoz hozzátéve a radnóti gyűjtés maradékát (7529 frt), a 19137 forintnyi összeget Besztercére, Brassóba és Nagysink székre helyezte ki kamatra. Eljárását a vizsgálóbiztosok helyeselték, fenntartva természetesen a Főkonzisztórium véghatározati jogát.
A bizottság munkájával párhuzamosan többször is ülésezett a Supremum Consistorium (március 24 vasárnap, április 9 húsvét harmadnapja), a részletek azonban nem ismeretesek. Néhány nappal később kelt aktákból sejthető, hogy elsősorban Bethlen curatori működése, az amszterdami pénz kezelése szerepelhetett a tárgysorozatban, mivel a kancellár és a rendek közötti, már jó éve kipattant ellentétek egyre élesebbé váltak. 
Április 14-én vasárnap, az országgyűlés utolsó napján a “méltóságos és tiszteletes Consistorium” megtárgyalta a revisionalis bizottság munkáját, Bethlen azonban nem jelent meg. Úgy döntött ekkor az Egyházfőtanács, hogy az amszterdami pénz kötleveleit nem fogadja el, hanem készpénzt kíván a kancellár-főgondnoktól, s ezt írásban közölte vele. Eljárása helyességének tudatában Bethlen másnap protestatiót tett le a kolozsmonostori konventnél a Főkonzisztórium akciója ellen. Erre a református világi és egyházi elöljárók harmadnap reprotestatióval éltek, kifejtve hogy fenntartják korábbi határozatukat az amszterdami pénz egyszemélyes kezelésének megszüntetéséről, s ha a kancellár nem hajlandó készpénzben átadni az összeget a május 16-án tartandó consistoriumi gyűlésig, őt terheli az anyagi felelősség az eshető károkért. Bethlen Miklós igen zokon vette a számadásra vonást, felfogása szerint ugyanis ő nem számadó szolgaként, hanem mint felelős curator kezelte az egyház vagyonát. Sudores et cruces Nicolai comitis Bethlen című emlékiratában Bánffi György gubernátornak és Bethlen Gergely főgenerálisnak tulajdonítja az akciót, megjegyezve, hogy szándékuk nem érte el célját. Tény az, hogy a május 16-án megtartott egyházfőtanácsi ülésen sem választódott külön az amszterdami pénz, hanem más eredetű összegekkel együtt szász városoknak adatott kölcsön.
Az április 14-i főkonzisztóriumi gyűlés a pénzügyek rendezése mellett fontos szervezési újításokat is hozott. Főcuratoroknak jelölte ki az ekkor fungens öt református guberniumi tanácsost (Bánffi György, Bethlen Miklós, Bethlen Gergely, Naláczi István, Keresztesi Sámuel) a “Püspökkel edgyütt”, szentesítve az eddigi gyakorlatot. Meghatározta az iskolák felügyelő gondnokainak személyét a következőképpen:
Az enyedi kollégiumhoz Macskási Boldizsár és Kemény Boldizsár világi részről, Bajcsi András helybéli lelkész, generalis notarius és a három professzor egyházi részről.
A gyulafehérvár-sárospataki kollégiumhoz Barcsai Ábrahám és Inczédi Pál, Veszprémi István püspök és odavaló elsőpap meg a két professzor.
A kolozsvári kollégiumhoz id. Wass György és Rhédei Pál, a helybéli három lelkipásztor és a domesticum consistorium tagjai.
A marosvásárhelyi scholához Bethlen Sámuel és Bagothai Ferenc, a két odavaló prédikátorral együtt.
A székelyudvarhelyi scholához Bethlen János és Borbély János, a helybéli pap és professzor.
A kézdivásárhelyi scholához Kálnoky Farkas és Bernáth János, a helybéli lelkipásztor és a kézdi traktus esperese. 
Visszaállították tehát a korábbról ismert tagolt egyházkormányzati rendszert, mégpedig két szinten. A legfelső döntéshozó szinten, akárcsak a fejedelmi korszakban, nem valósult meg a paritás elve, a gubernátorral együtt öt református tanácsúr mellett egyedül a püspök képviselte a lelkészi kart. A középszintű kormányzati és végrehajtó testületek (a kollégiumok inspector curatori kara) összetételében már jelentkezett a paritás, a két-két református főrend mellett ugyanannyi (vagy több) lelkész és professzor lévén a grémium tagja. Némely esetben (Enyed, Gyulafehérvár) a lelkésziek számbeli fölénye tapasztalható, ezt azonban a világi curatorok (főispánok, táblafiai, országgyűlési regalisták) közéleti tekintélye egyensúlyba hozta. 
Előírta ugyanakkor a főkonzisztóriumi határozat a felügyelő gondnokok hatáskörét és együttműködési kötelezettségüket: közösen hozott döntéseiket a gubernátor vezette Supremum Consistorium elé kellett terjeszteniük.
Pótolhatatlanul fontosak lévén a jogvédő küzdelemben az egyház adománylevelei, megőrzésük nem maradt csupán a püspök feladata, az április 14-i ülés elhatározta a lemásoltatásukat, a transsumptumok őrzését pedig a püspök és az illető kollégiumok professzorainak feladatává tette. Maguk az eredetiek már a Főkonzisztórium felügyelete alá kerültek, “külső belső [ti. világi és lelkészi] curatorok pecséti alatt jó záros ládában” kapnak majd helyet. Az oklevélátírási akció, mely egyúttal a közvetlen anyagi érdekeket érintő iratok felkutatását, rendezését is feltételezte, a fiscalis productio előrevetülő árnya alatt indult, és majd a következő másfél évtizedben teljesedett ki. Annyi már most megállapítható, hogy a Főkonzisztórium az erdélyi református egyház levéltárvédelmi felelősségéből egyre nagyobb részt hordozott.
A Kolozsvárott szervezetileg jó karba állított Egyházfőtanács egy hónap múlva, május 16-18-án újból gyűlést tartott Enyeden. Mivel az egyház belső, vagyonkezelési és igazgatási ügyei voltak napirenden, sem országgyűléshez, sem guberniumi üléshez nem kötődött. Nem is lehetett túl népes, például id. Wass György, a kolozsvári kollégium egyik gondnoka nem volt jelen. A “Nagy-Enyeden öszve gyűlt Politico-Ecclesiasticum Consistorium” elsősorban a főiskolák költségvetését vette számba, már a határozat címében is jelezve a nem túl rózsás helyzetet: “In particulari most erre az esztendőre a collegiumok ebből tenghetnek, csak procuraltassék a dolog jól.” Bizottságot küldött ki az enyedi kollégium adósleveleinek összeírására; az elkészült lajstrom hátlapján pár szavas följegyzés utal a tanácskozás más tárgyaira. Eszerint a Kolozsvárott kijelölt gondnoki kar működésének részletkérdései kerültek szőnyegre, de az adománylevelek átiratásának terve is szóba jött.
Bár a kolozsváriHiba! A könyvjelző nem létezik. határozat erre kötelezte, Bethlen főgondnok nem adta át Enyeden az amszterdami pénzt, az ügy végül is az ő protestatiója szellemében csöndesen elaludt. Főcuratori tekintélye azonban csorbítatlan maradt, az inspector curatorok hozzá fordultak a jelentősebb ügyekben. 
1701. január 6-án vette újból elő a Főkonzisztórium az amszterdami pénz ügyét, számbavéve az Anslaerttől 1695 előtt felvett pénzösszegeket. Ugyanekkor újból összeírták az enyedi és kolozsvári kollégium meg a generális eklézsia kinnlevőségeit azok beszedése végett, két hónappal később pedig a világi főrendek “a Meltosagos Reformatum Consistorium végezéséböl executiora” átvették a püspöki ládában őrzött kötleveleket. Különben a Veszprémi püspök kezelésére bízott egyházi javakat (készpénz, klenódiumok, iratok) még január 30-án leltározta egy főkonzisztóriumi bizottság.
Az aktív jogvédelemre felkészült Főkonzisztórium pár nappal az 1697. június 22-én kezdődött tordai országgyűlés előtt felkérte a kincstartót a lelkészek elmaradt kamarai jövedelmeinek kiszolgáltatására és az “ecclésiai rendek” fiscalis productio alóli fölmentésére. Apor István válasza nehéz időket jósolt: jelezte a “méltóságos, tekintetes és tiszteletes Politico-Ecclesiasticum Reformatum Consistorium”-nak, hogy amíg a kincstár üres, a különben jogos beneficiumokat nem tudja kiadni, a fiscalis productio alóli fölmentésröl pedig szó sem lehet. Aratás után, szeptember 6-án Bethlen főgondnok újból sürgette Apornál a búzaquarta kiadását: “nincsen ollyan kevés, hogy az Istené ki ne tellyék.” Felülvizsgálatra kerültek a kamarai jövedelmek oklevelei is az 1698. november 14-15-én tartott forum productionalén, és a református tanácsurak befolyása csak a 64 adománylevél kétharmadának érvényességét védhette meg. Természetesen a kétségbevont adományok kiszolgáltatását Apor felfüggesztette, a Gubernium pedig az ügyet Bécsbe terjesztette föl.
Valóban nem maradt el a fiscalis productio sem, 1699 tavaszán adta ki a kincstartó a felszólítást. Ekkor már sikeresebbnek bizonyult a Főkonzisztórium ellenállása, Macskási Boldizsár enyedi inspector curator és Veszprémi István püspök papok és professzorok kíséretében ünnepélyesen protestált a Gubernium előtt. Március 30-án tárgyalta az ügyet a Főkormányszék, és a reformátusok hathatós jogi érvelésének meg a protestáns tanácsosok pártfogó véleményének hatására Apor akciója egy felségelőterjesztéssel elaludt.
A kétségbe vont vagy eltartóztatott kamarai jövedelmek visszaszerzésén id. Wass György kolozsvári inspector curator fáradozott hosszú bécsi követsége (1698 december–1700 június, 1700 szeptember-december) idején, nem sok sikerrel. 1699 nyarán hatalmasat változott az erdélyi kamarai igazgatás, Apor István kincstartói tiszte névlegessé vált a Ludwig Albert Thavonath vezette Cameratica Commissio kiküldése nyomán. Az egyháziak beneficiumai ügyében persze sem Thavonathtól, sem utódaitól, a két Seeau-testvértől nem lehetett több jóindulatot várni, mint Aportól, semlegességet esetleg igen. Bethlen Miklósnak a Commissio vezetőivel kialakított jó kapcsolatai biztattak némi reménnyel. Bethlen különben 1702-es, magánemberként folytatott bécsi tárgyalásai során is képviselte az ügyet, szeptember 19-én írott levelében sürgette Veszprémi püspököt a restanciában maradt kamarai jövedelmek pontos jegyzékének felküldésére, “interim én ugyan azon leszek, hogy ... valamit ha csak egy esztendőre valót is sajtolhatnék ki belőle.” Kaposi Juhász Sámuel gyulafehérvári professzor, a püspök állandó munkatársa fel is küldte mihamarabb Bécsbe a kért kimutatásokat. Végleges döntés azonban időszakunk végéig nem született a beneficiumokról.
Ugyancsak bécsi követjárások és perindítás útján próbálta visszaszerezni a Főkonzisztórium az enyedi Bethlen Kollégium még Bethlen Gábor adományából származó 2000 forintos debreceni taxáját, amelyet a kötöttségeitől szabadulni kívánó alföldi város 1690 előtt is csak ímmel-ámmal fizetett, azóta pedig folyósítását teljesen beszüntette 1693-ban kapott szabad királyi városi jogállására való hivatkozással. 1695-ben indította meg a pert a Gubernium a visszaszerzés érdekében; két évvel később Dési Diószegi István, majd 1699-ben Wass György képviselte az ügyet Bécsben a Magyar Udvari Kancellária előtt. Bethlen Miklós 1702 szeptemberében ezen per folytatását is felvállalta, Bajcsi András, Kaposi J. Sámuel és Enyedi István professzorok szeptember 24-én küldték fel hozzá Bécsbe a szükséges anteactákat, pontokba szedve egyúttal a Debrecen érveivel szemben felhozható kifogásokat. Döntést azonban neki sem sikerült elérnie, a per még 1735-ben sem zárult le.
A katolikus ellenreformáció Bécsből egyre erőteljesebben támogatott hulláma a 17. század legvégén újabb igényeket támasztott: az 1693-ban átadott gyulafehérvári Báthori-templom melletti “reformata ó scholát” és kertjét is kérte a római katolikus státus. 1700. július 9-én a Főkonzisztórium jelezte, hogy jószántából nem adja át az iskolaépületet; üzenetváltások során abban állapodott meg a két státus, hogy az udvarhoz fordulnak. Függőben lévén az ügy, július 31-én a fegyverek döntöttek, muskétások foglalták el az ókollégiumot a katolikusok számára. Két évig húzódó tárgyalássorozat, bécsi követjárások útján próbálta visszaszerezni a Főkonzisztórium a jogtalanul eltulajdonított épületet; itthon a katolikus státussal és Johann Friedrich Seeauval, a kamarai bizottság elnökével folytattak tárgyalásokat, Bécsben pedig id. Wass György (1700 ősze) és Bethlen Miklós (1702), illetőleg Szentkereszti András, az erdélyi udvari kancellária református titkára képviselte az ügyet, eredményként csupán ígéreteket kaptak. 1702 júniusában végül is a református rendek bizonyos feltételekkel beleegyeztek a gyulafehérvári ókollégium épületének és kertjének átadásába, Seeau cserébe másik kertet és a kétségtelen hitelű okleveleken alapuló beneficiumok kiszolgáltatását ígérte. Sem ígéretét, sem a feltételeket nem teljesítette Seeau, és a protestánsok számára kedvezőtlen vallásügyi pótdiploma végrehajtását sürgető uralkodói rescriptumok légkörében a református Supremum Consistorium nem is kérhette számon. 
Ugyancsak eredménytelennek bizonyult a Főkonzisztórium közbenjárása az 1702 tavaszán erővel elfoglalt borbándi református templom ügyében, noha Bethlen szeptemberi bécsi tárgyalásai alkalmával az erőszakot elítélő választ kapott Kollonich érsektől. A nagyobbrészt Lugosról betelepült, korábban református és ortodox vallású borbándi románság az unió mellett döntött, és a templom katolikus maradt. Annyit tehetett a Főkonzisztórium, hogy az őrhelyén kitartó református prédikátort védelmezte, fizetéséről az enyedi kollégium jövedelméből gondoskodott.
A sorra eredménytelennek bizonyuló bécsi közbenjárások mellett a református rendek igyekeztek kihasználni az angol diplomácia Erdély iránti érdeklődését, hogy legalább sérelmeikről tájékoztassák a nyugat-európai protestáns közvéleményt és esetleg támogatást is kaphassanak. Amikor 1702 tavaszán lord William Paget konstantinápolyi angol követ Erdélyen keresztül utazott haza, Szebentől Kolozsvárig Bethlen Miklós főgondnok kísérte, Bánffi gubernátor pedig ebéden látta vendégül a kincses városban. Bőven nyílt tehát alkalma a nagykövetnek az első kézből való tájékozódásra. Paget kíséretében utazott Edmund Chishull lelkipásztor, az ő útleírásából tudjuk, hogy a lord az enyedi kollégiumot is fölkereste. Itt vette kézhez Chishull a református státus 1702. április 8-án kelt, a sérelmeket összefoglaló emlékiratát, amely el is jutott Londonba.
Az egyre szorongatóbb körülmények között a megmaradás útját kereső erdélyi református egyház felé rokonszenvvel fordult Nyugat-európa protestáns közvéleménye. Ennek kézzelfogható eredményeként tekinthető a Daniel Ernest Jablonski berlini udvari prédikátor, Pápai Páriz Ferenc enyedi professzor és az ifjú Teleki Pál együttműködése révén az enyedi diákok számára 1696-ban szerzett oderafrankfurti ösztöndíj. Bethlen Miklós főkurátor írt köszönőlevelet Frigyes Vilmos választófejedelemhez, és ő gondoskodott 1702-es bécsi tartózkodása során az ösztöndíj-rendszer kiteljesítéséről. A porosz király bécsi követével tárgyalva elérte, hogy mindegyik brandenburgi főiskolára három vagy négy alumnust küldhessenek Erdélyből. Hazaérkezése után, 1703. április 20-án küldte el a Főkonzisztórium Bánffi György, Bethlen Miklós, Keresztesi Sámuel, Veszprémi István és Kaposi Juhász Sámuel aláírásával a Berlinbe intézett köszönőlevelet, Szentkereszti András meleg ajánló szavak kíséretében adta át a bécsi porosz követnek.
A Supremum Consistorium 1697 után rendszeresebben foglalkozott a belső egyházigazgatási ügyekkel, hol részleges, hol teljes ülésekben. Több ízben kerültek elébe a kolozsvári református egyházközség szervezeti és vagyonkezelési kérdései, a belvárosi egyik templomától és kamarai jövedelmeitől megfosztott gyülekezet fenntartása ugyanis csak pontos vagyonfelméréssel, a kamatok rendszeres beszedésével, időben való számadással volt lehetséges. Rhédei Pál és id. Wass György inspector curatorok nyújtottak részletesebb felvilágosításokat az ügyek konzisztóriumi tárgyalásakor. Adósságfelvételi, határjárási kérdésekben a világi tagok döntöttek, viszont a harmadik prédikátor meghívásakor már a püspök véleményét is kikérték.
Hasonlóképpen a vagyonkezelés rendbetételét kezdeményezte a Főkonzisztórium Marosvásárhelyen is, Bethlen Sámuel inspector curator vezetésével bizottságot küldött ki 1702 őszén a vásárhelyi református “ecclesiai, scholai és ispotályi legatumoknak felcircalasára” és összeírására. Hét évtizedre visszamenőleg vették számba az adományokat, megállapítva, “hogy nagyobb része nem Ecclesiát, hanem Politicumot vagy külsö dolgokat concernáló ususra fordittatott külömb külömb időkben”, mégpedig pontos számadás nélkül. Hosszabb idő kívántatván a rendbeszedésre, meghagyták a városi tanácsnak, hogy a számadásokat “a következendő Ország Gyülésekor” adják át a bizottságnak, és így “mi is az Méltóságos Consistoriumnak repraesentálhassuk pro habendo superinde judicio, hogj az legatumoknak elkölt részének honnét kellessék restauraltatni.” Teljesítve a meghagyást a következő év januárjában tett jelentést a bonorum ecclesiasticorum commissionak Viski Ferenc szentegyházfia az elmaradt számadásokról.
Mivel az egyházközségek szervezeti megújítása általános szükségletként jelentkezett, 1702 májusában a Supremum Consistorium körrendeletben utasította a gyülekezeteket gondnok (“megyebíró”) és hattagú presbitérium (“hütessek”) választására, 18 pontban írva elő a beállítandó egyházi tisztségviselők vagyonkezelési meg rendtartási jogait és kötelességeit. Négy főcurator (Bánffi György, Bethlen Miklós, Naláczi István, Keresztesi Sámuel), Veszprémi István püspök és Naláczi Lajos, “pro tunc a Reformatum Consistorium Notariussa” kézjegyével ment ki a rendelet. Gondnok és presbitérium természetesen már eddig is működött az egyházközségek egy részében, főleg a székelyföldi tractusokban, e rendelet nyomán azonban mindenütt megvalósult e szervezeti forma. Félszázad múltán lépett tehát életbe a szatmárnémeti nemzeti zsinatnak a presbitériumok beállítását a jövőben feltételesen megengedő határozata, ha nem is egészen Medgyesi Pál vagy Szentiványi János küküllői esperes felfogása szerint, mivel a most létesített testületek egyházfegyelmi hatáskört még nem kaptak.
Ugyancsak felső szintű egyházkormányzati beavatkozást igényelt az évenkénti papmarasztás (a szolgálat évenkénti meghosszabbítása) rendszere, tekintve a gyakori lelkészváltozással járó, a századfordulón megszaporodó túlkapásokat. Noha a Geleji-kánonok a papválasztást (meghívás, megmarasztás) az egyházmegyék és a gyülekezetek hatáskörébe utalták, a lelkészi kar is belátta, hogy a szükséges rend és állandósítás csak a világi curatorok befolyására valósulhat meg. Bethlen Miklós főgondnok és Veszprémi István püspök aláírásával ment ki a tractusokhoz az 1700. november 29-én kelt főkonzisztóriumi rendelet, amely a meg nem marasztott lelkészek helyzetének egyházmegyei és egyházfőtanácsi felülvizsgálatát írta elő, hogy “így ad aedificationem Ecclesiae et conservationem existimationis Sancti Ministerii kegyelmetekkel edgyüt unitis viribus munkálkodhassunk,” a végső döntésig pedig a lelkészek maradjanak helyükön. Általános gyakorlatba ültetése igen lassan valósult meg, az egyházi közvélemény azonban később is pozitív lépésként értékelte, Bethlennek tulajdonítva a kezdeményezést. Főként az első években szigorú fellépésre volt szükség az új törvény alkalmazásában, érthető tehát, ha Bánffi György gubernátor mint a Főkonzisztórium elnöke 1703. március 20-án kemény hangú levélben idézte a gyulafehérvári egyházmegye partialis synodusa elé a papjukat meg nem marasztott borosbenedeki híveket.
Nem minden területen volt ilyen összhang a református egyházkormányzat lelkészi és világi tagjai között; a Kolozsvárott működő páratlan nyomdaművész, Misztótfalusi Kis Miklós ügyében jól látható a tettekben megnyilvánuló véleménykülönbség. Jakó Zsigmond összefoglaló műve nyomán közismert, hogy a kolozsvári papok és professzorok meg a tudós tipográfus közötti ellentétek kavargásában született Misztótfalusi védekező irata, a Mentség, ellenfelei azonban az 1698. június 11-13-án tartott nagyenyedi zsinaton ennek visszavonására kötelezték. A végletekig elkeseredett Kis Miklós a Főkonzisztóriumhoz fordult sérelmei orvoslása végett, és november 25-én megértő döntéseket kapott mind a nyomda jövője, mind személyes becsülete és anyagi helyzete tekintetében. Láthatólag a Misztótfalusi életpályáját korábban is megértő figyelemmel kísérő és segítő BethlenMiklós befolyásolta az Egyházfőtanácsot, a kiadmányt is ő szignálta mint alkalmi jegyző.
Nem annyira az egyházkormányzat, inkább az egyházfenntartás körébe tartoznak a Főkonzisztórium által meghirdetett, a fejedelmi kor hagyományát követő, meghatározott célú gyűjtések. Bethlen Miklós önéletírásán kívül alig van idevonatkozó adatunk, az idős kancellár pedig nem túl rózsás képet fest kortársai adakozó kedvéről. Először a Kolozsvár belvárosában, a Belmagyar és Híd utca szögletére (a mai luteránus templom helyére) tervezett második református templom építésére hirdettek gyűjtést. Mindjárt az óvári templom kényszerű átadása után megfogamzott a templomépítés terve a kincses város egyházi elöljáróinak körében, de a collecta – mint Bethlen Miklós sejtette – igen vékony eredményt hozhatott, mert az egyházközség iratai között semmi további nyoma sincs az ügynek.
Keresztesi Sámuel tanácsúr a maga költségén üvegeztette be a gyulafehérvári nagytemplom ablakait, a fedélszék megújításának nagy munkájához azonban már gyűjtés kellett. 1701 elején szólította adakozásra tagjait a Főkonzisztórium, de Bethlen Miklós, Keresztesi, Teleki József és Hallerné Bulcsesti Sára pénzbeli és természetbeni adományain kívül másoktól alig szedett be valamit Karancsi Zsigmond “pénzpreceptor és az építés kurátora.” Így történhetett, hogy a Supremum Consistorium világi tagjai március 13-án Veszprémi püspöktől vettek fel 880 forint kölcsönt “a fejérvári templom éppitésére.” Mégis haladtak a munkálatok az említett jókedvű adakozóknak köszönhetően, az 1703 őszén Erdélyben futótűzként terjedő kuruc mozgalmak akadályozták meg a teljes befejezést.
Nem járt sikerrel az 1702 áprilisában tragikusan korán elhunyt Misztótfalusi Kis Miklós betűszerszám-készletének megvásárlását célzó gyűjtés sem. Bethlen, jól ismerve a hagyaték értékét, főkonzisztóriumi bizottságot küldetett ki a műhely leltározására. Rhédei Pál és id. Wass György inspector curatorok, Enyedi István enyedi és Kaposi Juhász Sámuel gyulafehérvári professzorok (ez utóbbi nyomdaszakértőként) április 25-28 között felleltározták Misztótfalusi betűszerszámait, amelyeket még 1692 körüli végrendeletében az erdélyi református anyaszentegyházra testált a kiváló tipográfus 3000 forint ellenében. Kaposi jelentését és az inventáriumot Bethlen mutatta be a Főkonzisztóriumnak, önéletírásában szinte megelevenedik ennek a gyűlésnek a képe: “A gubernátor beteges lévén, ... én praesideáltam és proponáltam, hogy ha kinek Isten szívét alamizsnálkodásra indítja, ihol a helye és üdeje; Jaj Isten! Isten! micsoda rettenetes hallgatás ... az egész főrend vagy Consistorium ígíreti sem hiszem tött volna három vagy négyszáz forintot.” Simonfi Mihály lett a gyűjtés perceptora, de a szükséges összeg nem gyűlt össze, és a kuruc szabadságharc miatt a vásárlás ügye egyelőre lekerült a napirendről. 
A Főkonzisztórium egyházvédő és kormányzó tevékenységének első évtizedében fokozatosan az erdélyi reformátusok legfelsőbb ügyintéző fórumává vált, elannyira, hogy a 18. század legelején már a különböző kormányzati testületek hatáskörének szabályozása és társadalmi tudatosítása is szükségesnek mutatkozott. 1702. május 15-én a Gyulafehérvárott tartott püspöki generalis visitatio (zsinati végzéssel egyenrangú) határozata kötelezte a református egyházközönséget a szolgálati út betartására: “senki, sen causans, se querulans, se ecclesiasticus, se secularis ennekutánna a felsőbb Instantiákhoz [ti. a püspökhöz és a Főkonzisztóriumhoz] ne confugiállyon secus, hanemha a Fraternitásnak [egyházmegyének] authentice emanált informatiojával, másként resolutioja nem lészen.” Egy évvel később a Supremum Consistorium világi tagjai kérték a lelkészek általános zsinatától a hatáskörök világos megszabását és betartását, hogy az egyházi rend fórumai (partialis és generalis synodus, püspök) elé tartozó és ott “az Canonok ereje szerént” elintézhető ügyek ne kerüljenek az Egyházfőtanács elé. Így próbálták elkerülni a fölösleges hatásköri vitákat és megvalósítani a hatékony ügyintézést.
1703 ősze nagy változást hozott az erdélyi Gubernium s ezzel párhuzamosan a református Főkonzisztórium tevékenységében. Nyár óta Észak-Magyarország egyre nagyobb része Rákóczi Ferencet uralta, és Erdélyben is mind jobban erőre kapott a kuruc mozgalom. Rabutin de Bussy császári generális későre szervezte meg az ellentámadást, annyit azonban megtett, hogy november 15-re Szebenbe rendelte a Főkormányszék tagjait és a politikai-közigazgatási testületek képviselőit, katonai erővel tartva a császár hűségén az erdélyi rendi államszervezet megtestesítőit. Szebenben rekedt tehát a református egyház teljes gondnoki kara a kuruc szabadságharc erdélyi végkifejletéig, Veszprémi püspök a hamarosan kuruc kézre kerülő Gyulafehérvárott maradt.
A Főkonzisztórium hivatali működése 1691-1703
A 17. század utolsó évtizedében a református Egyházfőtanács működése kétféle formában zajlott, részben a fejedelmi kor hagyományainak továbbéléseként. Teljes főtanácsi üléseket (plenum consistorium) tartottak az országgyűlések alkalmával, amikor a guberniumi tanácsosok mellett “a hitsorsos országrendek” (törvényhatósági főtisztek, táblafiai, regalisták) is részt vettek a tanácskozásokban. Állandó egyházfőtanácsnak (permanens consistorium) tekintették az országgyűléseknél jóval gyakrabban, szinte havonta ülésező Gubernium református tagjait, e testület alkalmilag kiegészült a kollégiumi gondnokokkal. E két forma nem törvényi szabályozáson alapult, a gyakorlat alakította ki, pontos szervezetük meghatározására csupán a következő időszakban került sor. Elnevezésük is későbbi korból való, a korabeli források mindkét formát egyaránt a Supremum Consistorium különféle szinonímáival említik.
1697 tavaszán a kolozsváriHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. országgyűlés nyújtott alkalmat – mint láttuk – az első szervezeti rendezésre. A Gubernium református tagjai mint főcuratorok és a kollégiumok ekkor beállított inspector curatorai alkották ezentúl az állandó Egyházfőtanácsot, két döntéshozó szintre tagolva. Ettől kezdve tapasztalhatók a rendszeresebbé váló hivatali működés első jelei. A korábbi időszakból csupán az országgyűlések alkalmával tartott főkonzisztóriumi ülések néhány kiadmánya maradt fenn, állami tisztségviselők (pl. Alvinczi Péter ítélőmester) aláírásával hitelesítve. 1697 után viszont lassan rendszeressé vált az országgyűlések idején a teljes, guberniumi tanácskozásokkor a szűkebb körű állandó Főkonzisztórium vasárnapi vagy ünnepnapi ülésének gyakorlata. Ülésjegyzőkönyvek ekkoriban még nem készültek, de a tanácskozások eredményeit már nem csupán a beadványok (postulatumok) tételeihez fűzött resolutiók őrizték meg, hanem a döntéseket pontokba foglaló önálló iratok is. Az írásbeli munkát már nem államigazgatási szakemberek, hanem a testület tagjai felváltva végezték. E patriarkális hivatalvitel jellemzője, hogy az alkalmi notarius tisztét nemcsak fiatal regalista főrend (pl. Naláczi Lajos), hanem Bethlen Miklós kancellár is vállalta. Mellettük Enyedi István kollégiumi professzor is szerepelt jegyzőként.
Bánffi György gubernátor mint az Egyházfőtanács elnöke a vasárnapi üléseknek mindenkor saját szállásán adott helyet. Kivételes esetként említi Bethlen és Wass az 1702. május 14-i ülést, amikor a kormányzó betegsége miatt Naláczi István házához gyűlt a Consistorium és a kancellár elnökölt. Ahogy a Gubernium 1698-tól kezdve Gyulafehérvárott stabilizálódott, úgy kapott állandó székhelyet az Egyházfőtanács (legalábbis a permanens) az egykori fejedelmi székvárosban, aminek egyházigazgatási szempontból megvolt az az előnye, hogy Veszprémi István egyúttal fehérvári elsőpap lévén, az üléseken könnyen képviseltethette magát a lelkészi kar a püspök és Kaposi Juhász Sámuel helybéli professzor által.
A még alakulóban lévő főkonzisztóriumi hivatalviselésnek megfelelően az Egyházfőtanács, noha egyre nagyobb eréllyel felügyelt a református anyaszentegyház jogbiztosító iratanyagának rendjére, saját működésének írásos emlékeit ebben az időszakban még nem őrizte külön levéltárban. Láttuk az eddigiekben, hogy a legkorábbi konzisztóriumi iratok a főgondnokok családi levéltáraiban vagy egyházközségek levelesládáiban maradtak fenn. Amiket főkonzisztóriumi levéltári jelzettel idéztünk, azok a későbbi tudatos iratgyűjtés – amelyről még szólunk – eredményeként kerültek be az Egyházfőtanács levelesládájába.
A Supremum Consistorium világi és egyházi személyiségei
A református vallású guberniumi főtisztviselőkből és tanácsosokból álló főkurátori testület tagjai kivétel nélkül még a fejedelmi korban kezdték közéleti és egyházi pályájukat. Bánffi György, Bethlen Miklós, BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. Gergely, Bethlen Elek, Naláczi István és Székely László az Apafi-kori fejedelmi tanács tagjaként került a Guberniumba, melléjük 1692 januárjában az uralkodó nevezte ki tanácsosnak Keresztesi Sámuelt. E pillanatban volt a legmagasabb a reformátusok száma a Főkormányszékben, a hetes létszám azonban februárban hatra csökkent Székely László halálával. 1697 tavaszán, a Főkonzisztórium átszervezésekor öt református guberniumi tanácsos lett főcurator, Bethlen Elek ugyanis 1696. november 3-án elhunyt. Tovább is tapasztalható a folyamatos csökkenés, Bethlen Gergely 1697 végén, illetőleg Naláczi István 1702-ben bekövetkezett halála után csupán három református tagja maradt a Főkormányszéknek. Igaz, Bánffi György és Bethlen Miklós a két legfontosabb főtisztséget viselte. Személyi állandóság, a biológiai törvények szerinti létszámcsökkenés, lassú elöregedés jellemzi tehát tárgyalt időszakunkban a főgondnoki kart, mindvégig fungáló három tagja már 1692-ben sem számított fiatal embernek, Bánffi György 32, Bethlen Miklós 50 éves volt, Keresztesi Sámuel 36-40 év körül járhatott. E tény esetleges negatív értékítéletét azzal kell eloszlatnunk, hogy a nagyarányú védekezésben épp az érett kor felhalmozott politikai tapasztalataira és vitathatatlan közéleti tekintélyére volt szüksége a református anyaszentegyháznak.
A legfelső döntéshozói szint lelkészi oldalán hasonló jelenség tapasztalható. Veszprémi István 53 éves korában, agyvérzésből felgyógyultan foglalta el 1691 nyarán Erdély református püspöki székét, és tisztségét jóval időszakunk határán túl, 1713-ig viselte. 
Új személyiségek 1697-ben kapcsolódtak be második szinten a református egyházkormányzatba a kollégiumi inspector curatorok beállításával. Legismertebb közülük Macskási Boldizsár belsőszolnoki főispán, aki valójában nem homo novus e munkakörben, már az 1682-es decemvirale curatorium tagja is volt, tanácsúrként érte meg Apafi halálát, és csupán thökölyánus volta miatt maradt ki a Guberniumból. 1697-től a tőle korábban megszokott buzgósággal viselte az enyedi gondnokságot 1701-1702 fordulóján bekövetkezett haláláig. Inczédi Pál szintén a fejedelmi korban kezdte pályáját, az 1688-as átszervezéskor a főgondnoki karba került mint kincstárnok és a deputatio tagja, 1697-ben az ítélőtábla egyik ülnöke volt, 1704-ben hunyt el. 
Akárcsak Macskási, a felügyelőgondnoki kar tagjainak jó része szintén a főrendűek közül verbuválódott. Bethlen Sámuel küküllői főispán és marosszéki főkapitány a marosvásárhelyi schola particula, a Dobokában birtokos Wass György és Rhédei Pál a kolozsváriHiba! A könyvjelző nem létezik., az Alsófehér megyei Barcsai Ábraháma gyulafehérvári, a Bükkösön élő Kemény Boldizsár az enyedi, buni birtokosként Bethlen János pedig a székelyudvarhelyi kollégium felvigyázását vállalta. Ez utóbbi öt főrend 1697-ben regalistaként vett részt az országgyűlés munkájában. Kálnoky Farkas ugyanekkor mint táblai assessor kapta a kézdivásárhelyi schola curatorságát. Bagothai Ferenc Küküllő vármegyei főbíró marosvásárhelyi, Borbély János udvarhelyi és Bernáth János kézdivásárhelyi inspector curator személye közelebbről nem ismeretes, birtokos nemesek lehettek. 
Bár e 12-es világi grémium tagjai általában valamivel fiatalabbak, mint a főgondnokok, mégsem ők biztosították az egyházkormányzat folytonosságát a szebeni tisztes fogság utáni újraszervezéskor. Macskási és Inczédi után id. Wass György 1705-ben, Bethlen Sámuel 1708-ban ment el a minden testnek útján, Barcsai Ábrahám, Kálnoky Farkas, BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. János és Rhédei Pál pedig Rákóczi pártjára állva bujdostak még, amikor 1708 végén Erdélyben megkezdődött a második Habsburg-berendezkedés és ezzel párhuzamosan 1709-ben a Főkonzisztórium újjászervezése.
Egyházi részről Bajcsi András enyedi lelkész, generalis notarius (mh. 1710), Kaposi Juhász Sámuel gyulafehérvári professzor (1660-1713), Szatmárnémeti Mihály (1667 k.–1709) és Szatmárnémeti Sámuel (1658-1717) kolozsvári tanárok, Enyedi István enyedi professzor (1659-1714) vett részt aktívan a Főkonzisztórium tevékenységében ezen a szinten. Kiemelkedik közülük Bajcsi András, aki Horti püspökségétől fogva viselte a zsinat főjegyzőjének tisztségét, és főként Kaposi professzor, akinek több szálon futó, igen jelentős egyházkormányzati szerepét nemcsak a Hermányi lejegyezte kollektív emlékezet őrizte meg, de a levéltári források is bőségesen igazolják.
A Supremum Consistorium fő és inspector curatorainak egyházpolitikai és igazgatási tevékenységét mérlegre téve azonnal látható néhány főrend meghatározó és irányadó szerepe. Vitathatatlanul Bethlen Miklós áll az első helyen, politikai pályájának csúcsára e szinte másfél évtizedben ért el, korábban is jelentős egyházigazgatási részvételét immár a kellő közéleti tekintély is erősítette. Ritka az az egyházvédő vagy kormányzati akció, ahol ne ő lett volna az ötletadó és a megvalósítás kitartó mozgatója. Környezetéből kirívó, szokatlanul mély egyéni hitélete, az ebből következő erkölcsi maximalizmus egyházi téren is erősítette közismert népszerűtlenségét, így igen sokszor kellett ellenállással, viszahúzással, lanyhasággal megküzdenie. Kurátortársaival, a lelkészi kar elöljáróival való ellentétei néha meghiúsították terveit (például a Misztótfalusi-collecta esetében), máskor azonban az ő akarata győzött, mint az amszterdami pénz kezelésének ügyében.
Bánffi György gubernátor, a Consistorium elnöke egyházkormányzati tevékenységét, annak lelki rugóit korántsem ismerjük olyan részletesen, mint a fő rivális Bethlenét. Ami a szórványos forrásokból kihámozható, nem mindenben erősíti meg azt a negatív képet, amelyet az öreg kancellár önéletírásában rajzolt róla. Egyházi adományai (pl. 8000 forintos véghagyománya) a fukarság vádját enyhítik, némelyik kormányzati akciójától pedig nem vitatható el a gyorsaság és a célratörés.
Id. Wass György, akárcsak Bethlen, fennmaradt naplójának köszönhetően válik közelebbről megismerhető személyiséggé. Évkezdő imái, amelyek párját majd Wesselényi Istvánnál láthatjuk, aktív keresztyén hitéről tanúskodnak. Templomépítésben is megnyilvánuló egyházi ügybuzgalma (Mezőméhes, Cege), a kolozsvári eklézsia és kollégium körüli fáradozásai hitéletének, egyéni kegyességének kézzelfogható jelei, bizonyítva egyúttal azt, hogy az egyházkormányzatba 1691-től bekapcsolódó új nemzedék elődei útján járt az anyaszentegyház védelmében és szolgálatában. 

III. 1704 – 1708
Kettészakadt egyházkormányzat
1703. október 20-án vonultak be Szebenbe Rabutin generális parancsára az erdélyi főrendek, egy részük Kolozsvárra és Brassóba húzódott a kuruc seregek elől. Öt évig a hadiszerencse változása szerint hol kuruc, hol labanc kézen volt Erdély, a polgári kormányzat azonban mindkét oldalon a hadvezetésnek alérendelve, annak kiszolgálójaként működött csupán. De Bussy tábornok folyamatosan császári fennhatóság alatt tartotta Szebent, Brassót és a déli szász székeket, Kolozsvár viszont megadta magát a kurucoknak 1704 októberében. 1705 őszéig, a zsibói csatavesztésig a Gyulafehérvárott fejedelemmé választott II. Rákóczi Ferencet uralta Erdély túlnyomó része, ekkortól azonban a Herbeville vezette császári hadak vették át az uralmat a sokat szenvedett ország fölött. 1706 nyarán szilárdult meg újból Rákóczi uralma, l707-ben a marosvásárhelyi országgyűlés beiktatta a fejedelmi székbe, ősszel viszont az Erdélybe vonuló Rabutin győzedelmeskedett a kurucok felett. Lassan meginduló s végül alig eredményes ellentámadások után Rákóczi tábornokai 1708 őszén feladták az országot, a kuruc adminisztráció csupán az Érchegységben maradt meg 1709 tavaszáig.
A Szebenbe menekült Gubernium és “részországgyűlés” hatáskörét földrajzilag a császári csapatok kardhegye rajzolta meg, a kormányzati döntésekre ténylegesen alig lehetett befolyással, a tábornokok parancsainak egyszerű továbbító szervévé degradálódott. Annyit tehettek és meg is tettek a Bécs hűségén maradt urak, hogy az ország helyzetét, a császári csapatok pusztításait kegyetlen őszinteséggel tárták a központi hatalom elé.
Ebben a helyzetben a református Főkonzisztórium gyakorlatilag beszüntette működését, egyszerűen nem nyílt tér és lehetőség a Szebenbe rekesztett főrendek egyházkormányzati ténykedésére. Amit mégis tett az Egyházfőtanács, nem több az enyedi kollégium védelmének kétségbeesett, sajnos eredménytelennek bizonyult kísérleténél. 1703. november 22-én Szebenből válaszoltak a főkurátorok az enyedi professzorok segélykérő levelére, ígérve a Gubernium közbenjárását Rabutin generálisnál. A következő év tavaszán a kuruc seregek jöttekor egy diák ment követségbe Bethlen Miklós főgondnokhoz, akinek sikerült is oltalomlevelet kieszközölnie a tábornoktól, de míg a követjárás tartott, Tige báró labanc csapatai március 13-án felégették Enyedet s a kollégiumot. A féltve ápolt kedves iskola romlása Bethlen főgondnok számára az utolsó cseppet jelentette a pohárban, ezután fogott neki a Columba Noe című röpirata megírásának, amely aztán felségárulási pört és életfogytiglani fogságot hozott a fejére. 
1707 októberében a kurucoktól föladott Enyedről a kollégiumi ifjúság egy része Kolosvári professzorral együtt Torockóra menekült Rabutin elől, Enyedi István és Pápai Páriz Ferenc pedig néhány diákkal a visszavonuló Károlyi Sándor generálist követték a Partiumba. Kolosvári diákjaival csakhamar visszatért a kollégiumba, és a két enyedi lelkészt meg Jástfalvi János seniort követségbe küldte Szebenbe az iskola újraindításához szükséges grationalisért. Beszámolójuk ismeretében a főkurátorok, elsősorban Bánffi György nagy nehezen lecsillapították Rabutin haragját, megkapták az oltalomlevelet, sőt a gubernátor az ifjúság élelmezéséhez szükséges búzát is megszerezte. Karácsony előtt így megindulhatott a tanítás, Jástfalvi azonban Szebenben maradt és a Főkonzisztórium tagjaival a menekült professzorok hazahozatalán fáradozott. Kolosvári professzor december 22-én a szokott módon két diákot küldött karácsonyi legátusként a gubernátorhoz Szebenbe, az ünnepi konceptus hagyományos stílusfordulatain túl a végső pusztulás szélére jutott kollégium gyámolítását újból figyelmébe ajánlotta.
1708. június 4-én újból Bánffi gubernátor és Wesselényi István járt közben a szebeni generálisnál a kollégium védelme érdekében, ígéretet is kaptak, hogy a “scholasticusokat nem bántják”, azzal a feltétellel, hogy “valamiben magokat ne immisceálják.” Kísérletük sajnos elkésettnek bizonyult, két nappal később azt jegyezte be Wesselényi naplójába, hogy a labanc hadak egy héttel korábban újból felégették Enyedet.
Nem született főkonzisztóriumi felségfolyamodvány az 1704 júniusában letartóztatott Bethlen Miklós kancellár kiszabadítása érdekében; politikai pere folyamán ezt nemigen tehették volna meg a Rabutin ellenőrzése alá rekesztett konzisztoriális kollégái, később azonban lehetőség nyílott volna erre, elsősorban az egyházi rend számára. Keserű szavakkal rótta fel 1709-ben a “vén rab úr” Veszprémi püspöknek a szolidaritás teljes hiányát.
Csupán 1708 augusztusától – amikor Rákóczi csapatai már kiszorultak Erdélyből – láthatjuk a főkonzisztóriumi szokott tevékenység újrafelvételének első jeleit. Augusztus 26-án vasárnap a délelőtti istentisztelet után a hagyományos módon konzisztóriumi ülésre került sor Bánffi gubernátor szállásán, ahol a gyulafehérvári kollégium búzával való megsegítéséről hoztak határozatot. Bánffi György halála (1708. november 15.) után a jelek szerint veje, Wesselényi István vette át a Supremum Consistorium elnöki szerepkörét, karácsony harmadnapján az ő szállásán gyűltek össze a református főrendek, “sok dolgai lévén az eklézsiáknak, ... kivált a dézmák iránt.” Közvetlen intézkedési lehetőségük még nem volt az egyházaknak járó eltartóztatott tizedjövedelmek ügyében, hanem a császári generális közbenjárását kérték.
1704-1708 között, amíg a Bécs hűségén maradt főrendek jobbára Szebenben blokád alatt éltek, a Főkonzisztórium jogkörét részben a Gyulafehérvárott székelő Veszprémi István püspök vette át, kénytelen-kelletlen olyan anyagi természetű ügyekben hozva intézkedéseket, amelyek a világi főkurátorokat illették volna. 1705. július 8-án például figyelmeztette a marosvásárhelyi városi tanácsot, hogy a református iskolától kölcsönzött pénz kamatát adják meg, mert különben eltiltja a diákokat a templomi szolgálattól. Egy évvel későbbi levelében igazolta a tanács mentegetőző iratának kézhezvételét, de az interes megfizetésétől nem tekinthet el, “a prohibitiót” viszont elhalasztja a következő generalis synodusig.” Hivatali működésében, akárcsak korábban, Kaposi Juhász Sámuel gyulafehérvári professzor volt segítségére. 1708 májusában például az öreg püspök nevében Kaposi írt Bánffi gubernátornak, a román papok uniója ügyében nyújtva információt, 1707 november 17-én pedig személyesen tett jelentést Szebenben a református főrendeknek a kuruc uralom alatti egyházi eseményekről.
A hadak járása, az Erdély feletti uralom gyors váltakozása akadályozta a református egyház életének rendszeres menetét. 1704-1708 között az általános zsinat összehívásának, határozatainak semmi írásos nyoma sem maradt, valószínűleg nem tarthatták meg az évente megszokott üléseket. A hunyad-zarándi egyházmegyében 1705-1710 között, a marosi tractusban pedig 1703-1710 között szünetelt az esperesek szokott évi egyházlátogatása; hasonló hiátus tapasztalható a küküllői egyházmegye életében is, ahol az 1703-1711 közötti időszakban sem vizitációt, sem partialis zsinatot nem tartottak. Csupán gyülekezeti szinten sikerült fenntartani az egyházi élet megszokott rendjét és folyamatos menetét, már ahol a hadi események ezt is meg nem akadályozták. Megmaradt az egyházi felsőbb szervezet, de szolgálattévői, a püspök és az esperesek magukra hagyatva, a hagyományos és törvényes testületi támogatás nélkül kerestek védelmet egyházuk számára mindkét hadban álló fél képviselőinél.
Az Erdélyben 1704-1705, illetőleg 1707-1709 között kiépült Rákóczi-adminisztráció nem alakította ki a konzisztoriális egyházigazgatási rendszer kuruc megfelelőjét. Mind az 1704. december 20-án kinevezett Erdélyi Consiliumnak, mind az 1707-es marosvásárhelyi országggyűlésen létrehozott fejedelmi tanácsnak voltak református tagjai (Teleki Mihály és Barcsai Mihály, illetőleg Barcsai Ábrahám, Barcsai Mihály, Kemény László és Teleki Mihály), ámde semmi nyoma annak, hogy a kuruc közigazgatás e magasrangú személyiségei testületileg részt vettek volna a református egyház felső vezetésében. Mivel Rákóczi erdélyi uralma nem szilárdulhatott meg tartósan, e közigazgatási szervek – amúgy is a katonai főparancsnoké lévén a döntő szó – nem képviseltek olyan hatalmi súlyt, ami az egyébként is zaklatott egyházi közéletben befolyással bírhatott volna. 
Ha az egyházkormányzati testületté formálódás el is maradt, annál több nyoma van annak, hogy a kuruc adminisztráció református tisztségviselői a maguk hatáskörében ugyanúgy intézkedtek, mint korábban a Főkonzisztórium. 1705. október 26-án például a marosvásárhelyi eklézsia papja, Felfalusi József elmaradt tizedjárandósága iránti panaszával Teleki Mihályhoz, a fiscalis jószágok administratorához és egyben tizedfőarendatorhoz fordult, és orvoslást is nyert. 
Hasonlóképpen jóindulatúan viszonyult a református egyház problémáihoz a kuruc közigazgatásnak mintegy a fejedelmi hatalom pótlására létrehozott csúcsszerve, az Erdélyi Consilium. 1705. augusztus 20-án rendeletet adott a sófalvi kamaraispánnak meg Segesvár és Kőhalom szék vicedézsmásainak, hogy “aminemű só, pénz, vagy gabonabeli collatiok voltak, a reformáta ecclesián levő praedicatoroknak donatiojuk tenora szerént kegyelmetek adja meg,” ezzel kilenc gyülekezet (Székelyudvarhely, Sófalva, Parajd, Kőröspatak, Bözöd, Újszékely, Fejéregyháza, Székelykeresztúr és Székelymuzsna) református papja élvezhette újból azt a jövedelmet, amelyet a fejedelmi korból származó adománylevelek biztosítottak, de a császári adminisztráció megvont tőlük. Rákóczi fejedelem korábbi határozatának végrehajtását jelentette ez az intézkedés, s amint két héttel később Földvári György hunyadi fiscalis inspectornak címzett consiliumi rendelkezés hangsúlyozta, “Kegyelmes Urunk resolutiója” valláskülönbség nélkül érvényesült: “mindenik részen való papoknak az eddig kijárt fizetéseket ezután is kiadják.” Október folyamán az Erdélyi Consilium előtt sorra jelentkeztek az Apafi adományleveleinek újraérvényesítését kérő református lelkészek, meg is kapták a fejedelmi resolutióra hivatkozó kifizetési commissiókat.
II Rákóczi Ferenc református vonatkozású rendelkezései nem lépték túl a fejedelmi “legfőbb egyházvédő” jogkört, akár az enyedi felégetett templom újjáépítésére kéregetőknek 1704. május 18-án kiállított passsust, akár a Szentiványi János óbesterhez Erdélybe írott levelet (1707. június 3.) tekintjük. Ez utóbbiban az immár beiktatott fejedelem határozottan leszögezte: hamis az a hír, hogy ő a református prédikátorok régi privilégiumait nem erősítené meg, hiszen nemrég történt meg a szilágysági lelkészek kiváltságleveleinek confirmálása. Állítását az Erdélyi Consilium említett tevékenysége fényesen igazolja. Hogy az 1707 őszétől a Partiumban és Szatmárban tartózkodó erdélyi menekültek, Pápai Páriz és Enyedi diákjaikkal együtt többször is fejedelmi segítségben részesültek, az a bujdosók köteles támogatásán túl “a közönséges haszonra munkálkodó ember” megbecsülését jelentette, amire Pápai később hálával emlékezett.
E néhány év erdélyi református egyházkormányzati történéseit összegezve megállapítható, hogy az intézményi és személyi folytonosság a Főkonzisztórium Szebenbe internált főrendjei, illetve a Gyulafehérvárott élő egyházi elöljárók (Veszprémi püspök, Kaposi professzor) révén biztosítódott, esetenként igen korlátozott hatáskörrel. Ugyanakkor ennek az időszaknak a vége a személyi folytonosság megszakítását is hozta a világi főrendek körében: Bethlen Miklós hajlott kora ellenére jó egészségnek örvendett ugyan, de 1704 óta tartó fogsága kikapcsolta a közéletből; Keresztesi Sámuel tanácsos 1706-ban, Bánffi György gubernátor, a Főkonzisztórium elnöke pedig 1708. november 15-én elhunyt. Halálával nem maradt a Guberniumban senki a fejedelmi kor tanácsurai közül, s a hármas létszámra csökkent Főkormányszéknek nem volt református tagja. 

IV. 1709 – 1713 – (1736)
A Főkonzisztórium újjászervezése 1709-ben
Bánffi György gubernátor halálával nemcsak az amúgy is igen alárendelt szerepre kárhoztatott Főkormányszék vált működésképtelenné, hanem az erdélyi reformátusok Egyházfőtanácsa is, amely a kálvinista főtisztségviselők kihalása és helyük betöltetlenül hagyása miatt gyakorlatilag megszűnt és sürgős újjászervezésre várt. Mivel a Főkonzisztórium világi tagjai hagyományosan a legmagasabb rangú törvényhozási és közigazgatási tisztségviselők közül kerültek ki, az újjászervezéssel szükségszerűen meg kellett várni Erdély új politikai-kormányzati rendszerének kiépülését. Erre 1709 tavaszán nyílott alkalom, amikor a Habsburg központi kormányzat szűkebb körű országgyűlést, concursust hívott össze Szebenbe. Már korábban döntés született arról, hogy amíg a Gubernium teljes létszámában helyreállítható nem lesz, a közigazgatás intézésére l6 tagú Deputatiót hoznak létre a három natio és a négy bevett vallás képviselőiből. Az április közepére összehívott concursus egyik fő feladata a Deputatio jelöltlistájának összeállítása volt. Tizenegy református került a jelöltek névsorába, köztük Wesselényi István, Teleki László, Bethlen László, Naláczi Lajos, Bánffi Dénes, Teleki József, Naláczi András és Pernyeszi Zsigmond.
A concursus idején a hagyományos módon vasárnapon került sor az egyházi ügyek tárgyalására. Április 21-én a vasárnapi istentisztelet után gyűltek egybe a Szebenben jelenlévő református rendek, közülük csak a főbbek nevét őrizte meg az egykorú jegyzőkönyv: Teleki László, Teleki József, Teleki Sándor, Bethlen László, Wesselényi István, Naláczi András és Naláczi György. Egyházi részről a három kollégium (azaz Enyed, Gyulafehérvár és Kolozsvár) professzorai meg a közelebb fekvő jelesebb egyházközségek lelkipásztorai vettek részt a gyűlésen. “A Consistorium Reformatum fel állíttatik – szól a jegyzőkönyv első pontja –, mely is áll a Reformáta Religión lévő Uri és Fő rendekből, és egyéb alább való, mind vármegyéken, mind székeken levő nemességből universaliter és a M. Herczeg [II. Apafi Mihály] tiszteiből.” Főgondnoknak választattak Wesselényi István, Teleki László, Bethlen László és a református püspök, világi részről tehát azok a Deputatióba jelölt főrendek, akiknek uralkodói jóváhagyásában reménykedhetett a gyűlés. (Ők 1709 augusztusában meg is kapták a kinevezést, mellettük Naláczi Lajos került be negyedik református tagként az ideiglenes kormányszervbe).
Az újjáalakuló Főkonzisztórium a fenti, általánosságban maradó tagösszetételt részben nevesítette, Inczédi latin jegyzőkönyve felsorolta annak a 24 főrendnek a nevét, akik egyházvédő és kormányzó tevékenységére világi részről elsősorban számítani lehetett. Korántsem tekinthető ez meghatározott tagnévsornak, a lista alatt olvasható megjegyzés szerint más, ekkor jelen nem lévő főrendek és nemesek is a testület tagjainak sorába kerülhettek későbbi közreműködésük függvényében. Egyházi részről mindhárom kollégium (Enyed, Kolozsvár, Gyulafehérvár) professzorai, az egyházmegyék esperesei és főjegyzői valamint a jelesebb egyházközségek (Kolozsvár, Gyulafehérvár, Szászváros, Fogaras, Enyed, Ó- és Újtorda, Vizakna, Vajdahunyad, Déva, Kolozs, Szék, Dés) lelkipásztorai vettek részt a Főkonzisztórium munkájában.
Ugyancsak ez a jegyzőkönyv őrizte meg a főgondnokok és a tagok jog- és hatáskörének összefoglalását, írásban rögzítődtek tehát azok az előírások, amelyek az előző korok egyházi elöljáróinak tevékenységét hagyományosan szabályozták. Eszerint a főgondnokok feladata: az anyaszentegyház gondozása, óvása és védelme, a tractualis curatorokra való felügyelet, az egyházi sérelmek és panaszok (akár a püspök vagy a gyülekezetek jelentik, akár saját maguk észlelik) rögzítése. Orvoslásukról saját hatáskörükben gondoskodjanak a református egyházon belüli ügyek esetében, ha viszont más egyházak tagjai okozták a sérelmet, barátságos eligazítással oldják meg “juxta dictamen aequitatis”. Amennyiben ez nem sikerülne, bírósági fórumokon keressék egyházuk igazát, beleértve az udvarhoz való felfolyamodást is. Ugyancsak az ő feladatuk a nyilvános konzisztóriumi gyűlések időpontjának kitűzése és a tagok egybehívása. A gyűléseken vagy együtt vagy felváltva elnököljenek, a fontosabb ügyeket személyesen adják elő és alapos megtárgyalásukról gondoskodjanak.
Az Egyházfőtanács világi tagjai kötelesek a gyűléseken magánügyeik elhanyagolása árán is idejében megjelenni, az előadott ügyek tárgyalásában figyelmesen és bölcs véleményekkel részt venni, a hivatali titkot megőrizni, az egyházmegyei vagy kollégiumi gondnokságot megbízatás esetén felvállalni és a főkurátorok meg a Supremum Consistorium iránt illő tiszteletet tanúsítani. A lelkészi tagok kötelességeinek részletezését fölöslegesnek tartotta az alakuló gyűlés, számukra elegendő törvény saját lelkiismeretük és a papszentelési esküben kijelentett hithűség.
Az így egybeálló Főkonzisztórium hatáskörét a következőkben állapította meg az alakuló gyűlés: “minden egyházi és egyházi-világi jellegű ügynek és vitás esetnek – amelyet elébe visznek – megtárgyalására és eldöntésére teljes és kétségbevonhatatlan autoritása legyen, és amit e fórum eldönt, annak végrehajtására is felhatalmazást kap. Ha valaki ellenszegülni merészelne, egyházi személy a kánonok szerint nyerje el büntetését minden elnézés nélkül, világi személy pedig illetékes egyházmegyei curatorának előterjesztése nyomán vétkének minősége szerint kapja meg büntetését; amennyiben nem engedelmeskedne, zárassék ki az egyházból, míg bűnét meg nem bánja s jobb gyümölcsöt nem terem.”
A főkonzisztóriumi teljes gyűlések összehívására a korábbi bevált gyakorlat alapján az országgyűlések időszakát jelölte meg a most írásban rögzített szabályzat. Másik alkalmas időszakként a generalis synodus kínálkozott, arra azonban nehezen gyűltek volna egybe a Főtanács világi tagjai, így ezt a tervet elvetették. Szükség esetén a főkurátorok rendkívüli gyűléseket is összehívhattak. 
Igen lényeges kérdés volt azonban a Főkonzisztórium és az országos zsinat jogviszonya és kapcsolattartási módja, e tekintetben minden aprólékos részletezés nélkül az egymás mellé rendelés mellett döntött az alakuló gyűlés, a kapcsolatot pedig a synodusra küldött és annak munkálatain részt vevő főtanácsi világi képviselők útján kívánták tartani. A két egyházkormányzati fórum viszonyában ez az általánosságoknál maradó meghatározás sok súrlódásnak lett okozója a következő években, amelyek során végül is a két testület tevékenysége, akcióik hatékonysága, tagjaik társadalmi súlya és tekintélye döntötte el az alá- és fölérendelés kérdését.
Ezen a szebeni gyűlésen szervezték újjá az egyházmegyék és kollégiumok felügyelő gondnokainak szervezetét is. Névsoruk két változatban maradt fenn: a gyűlés idején készült magyar nyelvű följegyzés a világi közigazgatás beosztása szerint megyénként-székenként és vidékenként sorolja fel az inspector curatorok nevét, az ennek alapján utólag szerkesztett Inczédi-féle jegyzőkönyv viszont már az egyházi közigazgatás területi egységei, az egyházmegyék szerint adja a neveket. Némiképp eltér egymástól a két névsor, úgy tűnik, végül az utóbbi vált hivatalossá. Megfigyelhető, hogy a Főkonzisztórium ülnökeként nevesített 24 személy mind bekerült a felügyelő gondnoki karba.
Számukra az Egyházfőtanács több pontból álló instructiót is összeállított, végleges szövegét azonban csak 1713-ban hozták az érdekeltek tudomására.
A hivatali munkák végzésére a Főkonzisztórium négy jegyzőt állított be Alvinczi Sámuel, Inczédi József, Cserei Mihály és Pongrácz András személyében. Munkakörüket következőképpen határozták meg: kötelesek a gyűléseken vagy együtt vagy felváltva megjelenni a főgondnokok utasítása szerint, az ott elhangzottakról alapos és hű jegyzeteket készíteni, a beadványokat pontosan felolvasni és a határozatokat hátlapjukra rávezetni, szavazáskor a voksokat pontosan összeszámlálni, a döntéseket a többség véleménye szerint fogalmazványba önteni, végül a hallgatásban legyenek kitartóak, az írásban hűségesek és a becsületességben példamutatók.
Az így megszervezett Főkonzisztóriumra hárult a feladat, hogy a Habsburg-újraberendezkedés feltételei között a református egyház helyzetét legalább a korábbi szinten megtartsa és védelmezze. Nem ígérkezett könnyűnek, hiszen az 1690-es évekkel összehasonlítva a kálvinista vallású politikai elit, amelynek más protestánsokkal együtt vállalnia kellett a várhatóan főlerősödő ellenreformációval szembeni ellenállást, már nem politikai tapasztalatokkal rendelkező államférfiakból, hanem kezdőnek számító emberekből állott. 
A főgondnoki kar tagjai életkor szerint nem voltak már fiatalok (Bethlen László a 34., Wesselényi István a 36., Teleki László pedig kb. a 37. évében járt 1709-ben), de a megelőző időszakban csupán törvényhatósági főtisztségekben szereztek közigazgatási és politikai tapasztalatot (Wesselényi Középszolnok, Teleki László pedig Alsófehér vármegye főispánjaként működött). Igaz viszont, hogy Wesselényi a kényszerű szebeni tartózkodás idején apósa, Bánffi György gubernátor mellett beletanult a guberniális “nagypolitikába”, korábban is kapott fontos közéleti megbízatásokat, például 1702 tavaszán ő kísérte William Paget lordot Kolozsvártól Szilágysomlyóig. Bethlen mint a rendek követe 1704-1708 között hasznos tapasztalatokat nyújtó éveket töltött Bécsben. Arisztokrata voltuk és feltétlen császárhűségük alapozta meg induló politikai karrierjüket, református neveltetésük és családi kapcsolataik pedig az egyházhűséget szavatolták.
Az Egyházfőtanács világi ülnöki kara szintén a főrendű és azokhoz közel álló nagybirtokos nemes családok tagjaiból állott össze, a 24-es listában két Bánffi, három Teleki, három Kemény, két Naláczi és két Rhédei-családtagot találunk, míg a Barcsai, Daniel, Jósika, Korda, Mikó, Nemes, Tholdalagi, Thoroczkai és Wass-családok egy-egy taggal képviseltetik magukat. Közülük többen törvényhatósági főtisztségeket viseltek vagy azok várományosaiként szerepeltek. 
A Főkonzisztórium működése az 1713-as újjászervezésig
Már az alakuló gyűlés első napján, 1709. április 21-én a szervezési kérdések mellett sor került a különböző beadványok megtárgyalására. Veszprémi István püspök hajlott kora miatt nem vehetett részt a gyűlésen, szokás szerint Kaposi J. Sámuel gyulafehérvári tanár terjesztette elő a negyedik főgondnok javaslatait. Kilenc pontos beadványa nyomán határozat született a fiscalitásból származó egyházi jövedelmek folyósításának bécsi sürgetéséről, a papság védelméről a katonaság túlkapásai ellen, a gyulafehérvári kollégium számára való gyűjtésről, a borbándi és borbereki egyházközségek sérelmeinek orvoslásáról valamint a reformátusokkal való unióban megmaradt ortodox (görögkeleti) papok további védelméről. Ugyanekkor tárgyalta meg az új testület az enyedi kollégium öt pontból álló, nagyobbrészt anyagi ügyek rendbetételét sürgető beadványát, a határozatok végrehajtását a főcuratorokra bízva. Az enyedi tractus beadványában szereplő sérelmek (a tordai sóaknáról járó fizetés elmaradása, az egyházközségi tőkepénzek gondatlan kezelése, a parókiális földek jogtalan használata a szaporodó román lakosok által) orvoslását már az egyházmegyei gondnokok feladatává tette a gyűlés.
Április 23-án kedden délután folytatódott a Főkonzisztórium ülése a borbándi és a kolozsvári egyházközség sérlemeinek megtárgyalásával, másnap pedig a háromszéki kommunitás és az udvarhelyi esperes difficultásainak rendezése került szőnyegre. A következő vasárnapon, április 28-án került sor a záróülésre, amikor a marosvásárhelyi és a szászvárosi schola meg a bölöni és a sárpataki egyházközség ügyeit tárgyalta meg a testület, kijelölve a határozatok végrehajtásával megbízott személyeket. Főkurátori intézkedés példáját említhetjük 1709. május 30-áról, amikor Wesselényi István, Teleki László és Bethlen László aláírásával kemény hangú felszólító levél ment Szebenből Szászváros elöljáróságához, hogy a bérbevett dézsmáért járó összeget fizessék meg Várallyai Dániel lelkésznek.
Már az első ülésszakon fölvetődött az erdélyi református egyháznak az a korábbi időszakban is égető kérdése, hogy az elvétellel fenyegetett vagy máris elvett kamarai járandóságok megvédésére mindent meg kell tenni. Ezt sürgette a püspöki átirat első pontja is, a határozat szerint a három főkurátor gondoskodik arról, hogy minél hamarabb Bécsbe jusson a fölterjesztés a most lajstromba szedhető járandóságokról a későbbi kiegészítés lehetőségének fenntartásával. Úgy tűnik, Teleki László főgondnok vállalta magára a cameraticumok igazoló iratainak begyűjtését; elképzelése szerint az eredetiek a Főkonzisztórium őrizetében maradnak, a hiteles másolatok kerülnek fel az udvarhoz a fölterjesztés mellékleteként. Telekit és kurátortársát, Bethlen Lászlót a Bécsben raboskodó Bethlen Miklós már 1709 tavaszán biztatta erre az akcióra, július 29-én pedig Veszprémi püspöknél sürgette a cameraticumok bécsi rendezésének újrafelvételét, felajánlva Szentkereszti András kancelláriai referendarius, Tarczali Zsigmond ágens és a maga segítségét.
Május elsején Kolosvári István enyedi professzor már be is nyújtotta a kolozsvári egyházközség és kollégium valamint az udvarhelyi tractus adományleveleinek hiteles másolatait (7, illetve 19 db.). A jogbiztosító iratok begyűjtése azonban lassan haladt, mivel a lelkészi kar bizalmatlanul fogadta a főgondnoki kezdeményezést.
Nem tűrt azonban halogatást az ügy, 1710 elején ugyanis elterjedt a hír, hogy a kincstár újabb fiscalis productióra kényszeríti a protestáns egyházakat. Májusban az egyik székelyföldi tractus kurátorához ment újabb sürgetés az iratok begyűjtése és felhozatala végett. Utolsó terminusként a következő év végére a Főkonzisztórium a püspök és az esperesek útján bekérette az egyházközségek adományleveleit eredetiben vagy hiteles másolatban. Ekkorra a productiót jelző hírek szaporodtával csökkent a lelkészek bizalmatlansága is, a széki lelkipásztor például nem épp határidőre, de felküldte egyházközsége jogbizonyító iratainak utolsó részletét is, jelezve, hogy az egyik fontos adománylevél “talán a benn levő Instrumentumok között vagyon.” Veszprémi püspök a generalis ecclesia ládájából elég későn, 1712. július 2-án a búzásbocsárdi zsinat alkalmával adott át 30 adománylevelet Teleki László főtanácsi képviselőnek. A begyűlt iratokat Alvinczi Sámuel jegyző rendszerezte és gondoskodott hiteles másolatuk elkészítéséről, majd az egész ügycsomó egy felségfolyamodvány kíséretében 1712-ben feljutott Bécsbe, ahol Tarczali Zsigmond ágens vállalta az adománylevelek jóváhagyatásának intézését. 1713. május 14-én a Medgyesen ülésező Egyházfőtanács újabb felségfolyamodványban valamint az Udvari Kamara elnökéhez intézett fölterjesztésében sürgette a cameraticumok királyi jóváhagyását. Most tárgyalt időszakunk után, 1715-ben került sor a fejedelmi korból származó adománylevelek – részleges sikerrel járó – királyi megerősítésére, annyit azonban már most megállapíthatunk, hogy a főkonzisztóriumi szervezet a lehetőségekhez képest hatékonynak bizonyult az egyház anyagi alapjai ellen indított ellenreformációs jellegű támadás elleni védekezésben. Nincsenek részletes adataink a valószínűleg 1713 végére Medgyesre kitűzött fiscalis productio eredményéről, tény viszont, hogy Teleki és főgondnoktársai kitartó gyűjtő- és másoltató munkájának következtében a reformátusok elegendő hiteles jogbizonyító iratanyagot mutathattak fel.
A református egyház képviseletét, sérelmeinek számbavételét és orvoslásukat az újraalakulástól fogva felvállalta az Egyházfőtanács és a főgondnoki kar mind politikai-közigazgatási téren, mind a felekezetközi kapcsolatok területén. Már 1709 októberében a kutyfalvi unitárius és református gyülekezetnek a templom hovatartozása felett indult vitájában sérelmezte, hogy az unitáriusok a református státust, azaz a Főkonzisztóriumot megkerülve világi főhatósághoz fordultak, az ügy barátságos elintézése végett pedig Pernyeszi Zsigmondot és Alvinczi Gábort küldték követségbe az unitárius státushoz.
Hasonló vita keletkezett a Felsőfehér vármegyei Sárpatakon, ahol a megszaporodott reformátusok száma 1709-ben már meghaladta az unitáriusokét, a templom és a parókia viszont az utóbbiak birtokában volt. A sárpataki kálvinista hívek kérvénye nyomán április 24-én “expediáltatott Cserei Mihály uram az itt benn [azaz Szebenben] való unitarius statushoz, hogy placidis mediis complánállyák, ne kénszerittessünk articulariter procedalni.” Láthatólag ez esetben is barátságos megegyezésre törekedett az Egyházfőtanács, hiszen az “articularis procedura” a maior pars elve alapján a nagyobb létszámú gyülekezetnek juttatta volna a templomot. Nem zárult le a vita a következő évben sem, november 25-én újabb küldöttség ment az unitárius statushoz a sárpataki reformátusok jogbizonyító irataival, kompromisszumos megoldást, osztozást kérve. Ugyanez ismétlődött 1711 januárjában, amelyre végül májusban válasz érkezett. Jelezte ebben az unitárius státus, hogy az aránylag friss sárpataki ügyben majd akkor fog intézkedni, ha az unitáriusoktól még a kuruc világ előtt a maior pars elve alapján elvett istentiszteleti helyekért templomhelyek adattatnak. Ebben a patthelyzetben a református Egyházfőtanács újból a templomhely és a parókiális házhely megadása valamint a harangok megosztása iránti ígéret betartására figyelmeztetett “nagyobb vagy keményebb consequentiák evitálására.” 
Jóval nehezebb s kevesebb sikerrel kecsegtető intézkedéssorozat született a római katolikus státussal kapcsolatban. A katolikusok ugyanis a mindennapi életben tágítani igyekeztek a lipóti Diploma és a vallásügyi pótdiplomák ekkor már számukra szűknek bizonyuló előírásain, a Főkonzisztórium viszont számon tartott minden sérelmet és időről-időre átiratban vagy küldöttség útján kért elégtételt a státustól. 1710 áprilisában Teleki László és Naláczi Lajos kereste fel Haller Istvánt, a Deputatio elnökét és a katolikus státus rangidős elöljáróját, felpanaszolva a Sárdon törvénytelenül fölállított kereszt ügyét, valamint a borbándi parókia jogszerűtlen lebontását. Írásban is rögzített elégtétel-kérésük békés elintézést óhajtott, “különben ez úton frustrálódván ne kénteleníttessünk a Felséges Udvarban is ily nagy megbántódásunk orvoslását sollicitálni.” Elégtétel helyett azonban a sérelmek szaporodtak, 1711-ben már kilenc pontba foglalva sorolta föl a státushoz intézett főkonzisztóriumi átirat a túlkapásokat, barátságos elintézést kérve, annak elmaradása esetén azonban kilátásba helyezte a törvényes eljárást. Újból jelentkezik a panaszok között a református lelkészeknek járó dézsmanegyed ügye, a katolikus birtokosok ugyanis ezt az elvileg állami adóból származó juttatást egyre gyakrabban s egyre több helyen megtagadták az eredeti kedvezményezettektől és saját papjaiknak adták. Sem a jegyzőkönyvekben, sem az iratok között nincs nyoma a katolikus státus válaszainak.
Több sikert remélhetett az Egyházfőtanács a sérelmek orvoslása terén a Deputatiónál, tekintve hogy az ideiglenes kormányzati testület tagjai közül négy volt református, Haller István elhunyta (1710. május 2.) óta pedig Wesselényi István mint rangidős főrend vette át az elnökségét. Főként az eltartott dézsmák ügyében kérte a Deputatio támogatását, mivel mind az elkobzott kuruc birtokok új urai, mind a dézsmákat bérlő szász natio késedelmesen vagy sehogysem fizették a református papoknak járó tizednegyedet. Ugyancsak a Deputatio fellépésére volt szükség ahhoz, hogy az enyedi kollégiumnak a szász városoknál kihelyezett tőkepénzei után a kamat kifizetésre kerüljön. A kolozsvári református nyomda privilégiumainak megerősítése szintén az ideiglenes kormányszervre várt, 1713. március 21-i döntésével azonban az Apafi-féle kiváltságlevél meg az idegen kalendáriumok behozatalát tiltó, Bánffi György gubernátortól származó privilégium megerősítését a nemsokára újjáalakuló Gubernium elé utalta, Telegdi Pap Sámuel tipográfust viszont felmentette a városi közterhek viselése alól.
Már újjáalakulása évében valósággal elöntötték a Főkonzisztóriumot a legkülönbözőbb természetű egyházkormányzati ügyek, amelyek megoldása a világi főgondnokokra hárult. Főként a súlyos anyagi gondokkal küzködő kollégiumok és partikuláris iskolák helyzetének rendbehozása sürgetett, nehogy a tanítás folyamatossága megszakadjon. Szinte programszerűen, külföldi példákra is hivatkozva hangsúlyozta a főgondnoki felügyelet szükségességét Szatmárnémeti Sámuel kolozsvári professzor egyik fölterjesztése bevezetőjében: “hogy a Méltóságos Fő Curator Urak a Collegiumokra kiváltképen való módon vigyázzanak, az igen szükséges, mind azért, hogy a felső országi Academiákra is a Potentatorok szoktak mindenek felett vigyázni, mind azért, mert a Scholák az Ecclesiának és Politiának veteményes kertjei, mellyekben a közönséges haszonra való planták neveltetnek, vagy mint egy kút fők, mellyekből egyéb vizek folynak.”
Enyedet nehéz helyzetbe hozta az 1710 augusztusától terjedő pestis, szeptember elején két professzor és a diákság nagy része Felenyedre menekült karanténba, az ellátásukhoz szükséges javak azonban a városban rekedtek. Teleki Sándor felügyelő gondnok azonnal részletes jelentést tett Wesselényi főgondnoknak, aki az ügy sürgősségére való tekintettel gyorspostával értesítette Teleki Lászlót és Bethlen Lászlót. Hármójuk egybehangolt intézkedései nyomán részben megoldódott a menekült iskola élelmezése, a Deputatiótól kieszközölt parancs nyomán az adós szász városok kifizették a kamatok egy részét, így a tél elején Teleki Sándor a Felenyedre húzódott Kolosvári Istvánnak és Enyedi Istvánnak meg a városban maradt Pápai Páriz Ferencnek gyorssegélyként nyújthatott pár száz forintot régóta késedelmeskedő fizetésük némi pótlására. Ugyanígy az alumnusoknak is kiadhatta járandóságuk egy részét, nem szakadt meg tehát az iskolai munka, sőt “olly szorgalmatosan tanit s tanittat Pápai uram ott benn, ugy az többi is ide ki – írja Teleki az Egyházfőtanácsnak –, hogy csendesebb és békességesebb statusban is nem volt nagyobb diligentia abban az Collegiumban, de félek, hogy ha idején nem succurálhatunk pénzbéli kölcséggel, nyaka fog szakadni rövid időn mind a tanitásnak mind a tanulásnak és az iffjuság egészen el széled”. Vékonyan csordogált a következő két évben is a szász városoktól meg Enyedtől  a kamatjövedelem, s a kollégium gazdasága is viselte még a háború nyomait, nem csoda tehát, ha Pápai és professzortársai levelei állandóan az elmaradt fizetéseket sürgették, Teleki Sándor pedig az évi 1760 forintnyi szükségletnek csupán felét-harmadát adhatta meg a professzoroknak, alumnusoknak és az osztálytanítóknak.
Hasonló gondokkal küzködött a gyulafehérvári kollégium is, fekvő birtokok hiányában még inkább a kamatjövedelmekre és a jószívű adakozókra volt utalva, a pestis miatt azonban a supplicáló deákok nem kereshették fel szokott patrónusaikat. Kaposi Juhász Sámuel professzor elkeseredett hangú kérvényekkel ostromolta a Főkonzisztóriumot, míg végül a Deputatio közbenjárására sikerült a kamatokból felvennie fizetése egy részét s az osztálytanítók is kaphattak valamit járandóságukból.
Kolozsvárott főként a dézsmajövedelmek csökkenése, a birtokkezelő számadó tisztek hanyagsága és az Apáczai idejében épült kollégium romos állapota kívánt gyors intézkedéseket. Szatmárnémeti Sámuel professzor 1710 februárjában Teleki László főgondnokhoz fordult a búzajárandóság kiszolgáltatásának sürgetése végett, ugyanakkor újból felhívta a figyelmét az alsóbb osztályokat tanító publicus praeceptorok szükségére: “ha valahonnan pénzbéli sussursus nem leszsz, lehetetlen praeceptorokat tartanunk.” Ugyanezt hangsúlyozta egy évvel később a frissiben odakerült professzor, Zilahi Sebes András is a főgondnoki karhoz intézett levelében: “az gyermekek tanitásának s tanulásának módjában nagy reformatio kivántatik, mellyre nézve jó praeceptorokat kellene állitani, azoknak fizetéseknek fundusát nagyságtok s kegyelmetek talállya fel az ecclesia közönséges jövedelméből, mert eddig is azért folyt ollyan slejtesen a tanitás, quia nulla aut parva laboris merces erat.” Valószínűleg hasonló meggondolásból adtak össze 1711 tavaszán a Főtanács tagjai 70 forintot és öt köböl búzát Zilahi professzor számára, akit a sajátos kolozsvári szokás szerint mint kezdő tanárt, csupán fél fizetésre hívtak meg. Ugyancsak ők hordozták Kolozsvárra való költözésének költségeit.
Ami a gazdatisztek elszámoltatását illeti, e kényes témában az egyházközség és a kollégium gondnokai a Főkonzisztórium segítségét kérték: “ha nagyságtok authoritate sua itt valamit nem exequaltat, soha mi semmire sem mehetünk.” Evégett Büdöskuti Boldizsárt nevezte ki az Egyházfőtanács a felügyelő gondnoki kar újabb tagjává, hogy a kebli egyháztanács önös érdekektől vezérelt tagjait jó útra térítse és erős kézzel hajtsa végre a számadoltatást. Kétségkívül az egyházközség és a kollégium közös vagyonkezelése okozta a bajok egy részét, Szatmárnémeti Sámuel professzor 1713-ban Wesselényi Istvánhoz mint a tanintézet fő patrónusához fordult az egyházközségtől járó, de mindhiába kért pénzösszegek kifizetése ügyében, részletes kimutatást közölve a régi donatiókon alapuló jövedelmekről és azok kedvezményezettjeiről. Ennek nyomán küldött ki egy bizottságot az Egyházfőtanács Kolozsvárra “az Ecclesia s Collegium beneficiuminak s proventusinak investigatiójára”, de a vagyonügyek végleges rendezésére, a megosztásra csak hét év múlva került sor.
Nagy segítséget jelentett az iskolafenntartásban a régi alumniák felújítása valamint az újak szerzése: 1711-ben az egykori fejedelmi patrónusok példáját követve Wesselényi István, Bethlen László és Naláczi Lajos két-két diák eltartását vállalta. Nehezebben haladt a romos kollégiumépület helyrehozatala; 1711-ben Naláczi Lajost küldte ki helyszíni szemlére az Egyházfőtanács, és a szóbajöhető patrónusoktól építkezési anyagokat szerzett, de a gyűjtés és a munka lassan ment, 1716-ra lett készen a javítás.
Marosvásárhelyen az anyagi gondok (a városi tanács késedelmesen fizette a schola particula deákjainak járó alumniát) mellett személyi ellentétek megoldása végett kellett a Főkonzisztóriumnak közbelépnie. Kiséri György 1707 óta dicséretesen dolgozó rectort a városi tanács még esztendeje lejárta előtt ki akarta tenni az állásából, részben a schola jogainak állhatatos (számukra terhessé váló) védelme, részben a helyi papsággal való ellentétei miatt. Mind a tanuló ifjúság, mind a rector részletes felterjesztésben kérte a Supremum Consistorium védelmét, 1711 januárjában a kedvező határozat nyomán szigorú parancs ment Vásárhelyre, hogy a városi tanács e káros szándékától álljon el. Kiséri valóban 1715-ig maradt a schola élén, amikor Fogarasra hívták meg.
A székelyudvarhelyi kollégium professzori állásának betöltése nem az ifjúság választása, hanem az Egyházfőtanács és a Bethlen-család képviselőjének egybehangzó kinevezése útján történt. Szigethi Gyula Györgyöt 1711-ben a medgyesi gyűlésen Bethlen János “fő patronus” jóváhagyásával hívták meg rektorprofesszornak, beiktatására négytagú bizottságot küldött ki a Főkonzisztórium. Az ünnepélyes aktusra végül egy fél évvel később, 1712. április 4-én került sor, amikor a bizottság tagjai, Bethlen János, Korda Zsigmond, Petki Nagy Zsigmond és Szokolyai A. István esperes 13 pontban írásba foglalták a professzor kötelességeit, különös tekintettel az iskolai fegyelem megtartására és a jövedelmek felvigyázására. Ez alkalommal a tanuló ifjúság is előadta kívánságait, amelyekre a beiktató gondnoki bizottság helyben határozatokat hozott.
Szászvároson a református egyházközség és a schola particula vagyonközösségben élt, igazgatásuk korszerűsítését “Erdély változása” egyre inkább sürgette. Nádudvari Péter elsőpap 1710 októberében terjesztette a Főkonzisztórium elé javaslatát, mely szerint egy hármas felépítésű gondnoki kar kinevezésével lehetne megoldani e sajátos helyzetű gyülekezet és iskola problémáit. Specialis curator lenne Teleki Sándor, aki tekintélyével védelmet nyújthat a szász comes és a lutheránus egyházkormányzat esetleges túlkapásaival szemben; continuus curator lehetne a közelebb lakó Naláczi György, aki “minthogy a mi magyarink itt ollyan kemény nyakúak, pro sua authoritate ab Suppremo Consistorio ac Curatoratu sibi attributa a rendetleneket és a rendetlenségeket in ordinem cogállya”, végül subjuratus curator lenne egy városi vagy közelben lakó személy (pl. Buda Gáspár), “aki az aprólékos dolgokat velünk együtt eligazíthassa” gyakori jelenlétével is. A következő év januárjában tárgyalta az Egyházfőtanács az időközben megismételt reformjavaslatot és változatlan formában határozattá emelte, meghagyva Telekinek, hogy “mindjárt investigálván mindenféle difficultásokat és bajokat, amit lehet, ott orvosollya.” Jó fél évvel később már meg is mutatkozott Teleki főgondnoki megbízatásának szükségessége, ugyanis az iskola javára végrendelkező Karánsebesi Halicsi Mihály Szebenben letétbe helyezett ingóságainak kézhezvétele, illetőleg az igénylő rokonok távol tartása csak a tekintélyes specialis curator közbenjárásával volt remélhető.
Az egyházmegyék és az egyházközségek olyan gazdasági és fegyelmi jellegű ügyekben fordultak a Supremum Consistoriumhoz, amelyek megoldása világi segítséget kívánt, vagy a hagyományos egyházi fórumokon nem sikerült. Leggyakrabban a papi és tanítói fizetések, járandóságok csökkentése vagy elvétele tárgyában kérték a főgondnoki kar közbelépését. A görgényi egyházmegye a dézsmanegyedek ki nem szolgáltatását jelentette, a gyulafehérvári lelkész elmaradt természetbeni jövedelmét panaszolta, az udvarhelyi tractus több lelkész elmaradt fizetésének pótlását kérte, a dévai “meg romlott reformata ecclesia” pedig a fiscalitásból járó jövedelmek kieszközléséért és a templom bár részleges megjavításáért esedezett. A legszükségesebb esetekben az Egyházfőtanács nemcsak közbenjárt, hanem azonnali pénzbeli támogatást is nyújtott, vagy a kamatjövedelmekből vagy a jelenlévő tagok önkéntes adományából. Némelykor a kamatok terhére történt utalványozás csak többszöri főtanácsi sürgetés nyomán realizálódott. Az egyházmegyék lelkészi elöljárói többször is fordultak az Egyházfőtanácshoz, világi segítséget kértve a vizitációk mellé az egyházfegyelem megszilárdítása végett. A döntések általában a tractuális kurátorokra bízták az ügyek megoldását, a lelkészi kar illő viselkedésére azonban szigorúan figyelmeztettek.
A papválasztás, a “marasztás”, a lelkészek helyváltoztatása a Geleji-kánonok szerint a gyülekezetek és a patrónusok, valamint az egyházmegyék részleges zsinatai hatáskörébe tartozott, felső fokon az általános zsinat és a püspök intézkedhetett. A Főkonzisztórium, akárcsak korábban, újjáalakulása óta is csupán akkor avatkozott az ilyen természetű ügyekbe, ha a törvényesség fenntartása ezt szükségessé tette, és a lelkészi fórumok illetékességét ekkor is tiszteletben tartotta. Példaként kínálkozik Kovászna 1709 őszén kezdődött lelkészválasztási ügye. A gyülekezet egy része, nem lévén megelégedve Kovásznai István prédikátor működésével, marasztása ellen szavazott, helyébe pedig Pécsi Simon angyalosi papot hívta meg. Az orbai tractus ellenezte a helyváltoztatást, ámde a felsőbb fórum, a háromszéki Kommunitás nem hallgatta meg Kovásznait és Pécsi meghívását jogosnak ismerte el. Kovásznai István azonban a gyülekezet mellette szavazó másik részére meg az orbai tractus számára kedvező döntésére támaszkodva helyben maradt, és ügyét a püspök elé terjesztette. Veszprémi püspök Kovásznainak adott igazat, helyben maradását jóváhagyta. Pécsi párthívei erre, mit sem adva a püspöki tiltásra, 1710-ben Szent György napja után erőszakkal kihányták a kovásznai parókiáról István papot, anélkül hogy az egyházmegyei kurátorokat értesítették volna.
Mindkét párt panaszai meg Teleki József és Bernáld János tractuális gondnokok jelentései a Főkonzisztórium elé kerültek, különösen az utóbbiak igényeltek erőteljes fellépést az egyházfegyelem és a gondnoki tekintély további fenntartása érdekében. A testület az ügyet újból “communicalvan tiszteletes püspök urammal”, az ő egyetértésével hozott határozatot május 31-én, amelyben a vétkesnek ítélt angyalosi papot, Pécsi Simont egy évi felfüggesztéssel büntette. Mivel Kovásznai István ellen is komoly vádak merültek fel, ezek azonban “tiszteletes püspök uramat és a szent generalist concernallyák, és hogy az ő kegyelme és a generalis [zsinat] authoritassaban involvalni ne láttassék”, Kovásznait a zsinati ülésig függesztette föl hivatalából az Egyházfőtanács. A parókiára erőszakkal támadó hívek ellen viszont tekintélye teljes súlyával felléphetett, Apor Péter főkirálybíróhoz intézett átiratában kérte a világi karhatalom szigorú fellépését a vétkesek ellen.
Az 1710. évi búzásbocsárdi zsinat a főkonzisztóriumi követek előterjesztése alapján megtárgyalta a kovásznai ügyet, és Pécsi Simon egy éves felfüggesztését jóváhagyta, az így törvényerőre emelkedett büntetés végrehajtásáról viszont az Egyházfőtanács gondoskodott. Annyit sejtetnek a hiányosan fennmaradt iratok, hogy a Kovásznai István elleni panaszok is napirendre kerültek, a zsinat erős figyelmeztetés után visszahelyezte állásába, egy félév múlva pedig az orbai tractus örömmel állapította meg a fegyelmezés jó eredményét.
Az egyházközségek exponált helyzete indokolta a Főkonzisztórium kezdeményezését a gyulafehérvári és a kézdivásárhelyi lelkészi állások betöltésére vonatkozóan. A fehérvári eklézsiának a búzásbocsárdi zsinathoz intézett átirata (június 1.) pontosan értékeli a helyzetet: a római katolikusok és az uniált románok megerősödése miatt jobb lelkészre van szükség, mint a jelenlegi (Bikfalvi nevű), akit a gyülekezet sem marasztott meg. Egyetértve az értékeléssel a synodus Berzétei Jánost nevezte ki Fehérvárra, “ítélvén ő kegyelmét alkalmatos subjectumnak lenni oda”. Bikfalvi azonban nem akart távozni a parókiáról, ezért augusztus 26-án a fehérvári presbitérium az Egyházfőtanácshoz fordult a zsinati és főkurátori egybehangzó döntés végrehajtását sürgetve.
Kézdivásárhelyre a bocsárdi zsinat a jelenlegi fungens pap helyett Jenei Sámuelt ajánlotta. Az Egyházfőtanács egyetértett a határozattal, megjegyezve, hogy “az mostani kézdi vásárhelyi pap penig, püspök uram dispositiojából, más alkalmatos helyre transponáltassék.” Ez az áthelyezés meg is történt, a székely város lelkészi állása azonban a következő évben is üres volt még, betöltését a gyülekezet kérése nyomán 1711. április 19-én Hunyadi Abacs Márton ótordai prédikátor áthelyezésével kívánta megoldani a Főtanács, a püspök jóváhagyásától függően. Úgy tűnik, sem Hunyadi nem kívánta az állásváltoztatást, sem a püspöknek nem tetszett a közvetlen főkurátori beavatkozás, így júniusban a Küküllővárott egybegyűlt zsinat újból tárgyalta a függőben maradt dislocatiót, most már új főtanácsi javaslat alapján, amely a példás életű szentkirályi lelkipásztorral, Szilágyi Péterrel vagy hozzá hasonlóval kívánta az állást betölteni. Azonban a zsinati atyák ragaszkodtak tavalyi ajánlatukhoz és Jeneit nevezték ki Kézdivásárhelyre. Ebben az esetben tehát, amikor a személyt illetően nem volt konszenzus, a püspök és a zsinat sikeresen védte meg jogkörét, a Supremum Consistorium pedig nem akarta törésre vinni a dolgot.
A Főkonzisztórium a kollégiumok és az eklézsiák növekvő anyagi szükségleteinek kielégítésére meg saját működési költségeinek előteremtésére egyrészt a hagyományos collectához folyamodott, másrészt igyekezett rendet teremteni az egyházi pénzgazdálkodásban. Ami az előbbit illeti, már az alakuló gyűlésen a főgondnokok adóslevelére kölcsönvettek özv. Cserményi Zsigmondnétól 951 mfrt 64 dénárnyi összeget, amelyet gyűjtésből szándékoztak visszafizetni. Az akció azonban nem bizonyult eléggé sikeresnek, az adakozók 92 nevet tartalmazó lajstromában csak hét név után van följegyezve adakozási összeg (a főkurátorok 100 forintot ígértek, egyikük megadott 50-et, Teleki József és Sándor is 50-50 forintot adott). Cserményiné 1710 végén már végrehajtással fenyegetőzött a kölcsön késedelmes visszafizetése miatt, erre 1711 januárjában az Egyházfőtanács Balázsfi Zsigmondot bízta meg, hogy “vegye extractusba, kik mit igirtenek, és felszedvén, administrállya.” Figyelembe véve a kuruc háború utáni helyzetet, ilymódon nemigen lehetett remélni jelentősebb pénzalap összegyűjtését, de úgy tűnik, Cserményiné végül is hozzájutott a pénzéhez, újabb követelésének legalábbis semmi nyoma sincs az iratokban.
Célravezetőbbnek ígérkezett a református anyaszentegyháznak még az előző korszakból örökölt és kamatra kiadott pénzvagyonának rendbetétele, az immár feledésbe merülő eredet és a rendeltetések tisztázása. 1709. június 9-13-a között a gyulafehérvári zsinat alkalmával Veszprémi István püspök a Főkonzisztórium kérésére számot adott a kiküldött bizottságnak (Kolosvári István enyedi, Kaposi J. Sámuel fehérvári és Enyedi István enyedi professzorok) a Ghillányi-hagyaték kezeléséről, kijelentve, hogy az Amszterdamban kamatozott, majd hazakerült pénz iratait még 1695-ben kénytelen volt átadni az akkori főkurátoroknak. Jelentésük azonban nem juthatott el az Egyházfőtanácshoz, a következő évi búzásbocsárdi zsinathoz ugyanis újabb felszólítás ment a számadás-számvétel tárgyában, ahol is újabb bizottságot (Kaposi J. Sámuel, Vásárhelyi István főjegyző, Enyedi István, Szilágyi Péter szentkirályi lelkész) bíztak meg a számvétellel. 
Korántsem ment azonban oly simán a számadás, ahogyan a levéltári források alapján sejtenénk. Ugyanis a lelkészi kar a számadoltatásban annak veszélyét látta, hogy a hagyományosan püspöki kezelésben lévő, jövedelmeiből a szegény eklézsiák papjainak fizetéskiegészítést nyújtó Ghillányi-hagyaték kikerül közvetlen ellenőrzésük alól és kurátori gondozásba jut. Márpedig a gondnoki pénzkezelés iránt, amint BethlenMiklós esetében már jeleztük, a papi közgondolkozásnak nemigen volt bizalma. A gyulafehérvári és a bocsárdi zsinaton megismétlődhetett az a jelenet, amit Hermányi Dienes József az 1707-es generalis synodushoz köthetően örökített meg: “Veszprémit igen keményen szembe fogák a papok”, azaz felelősségre vonták a Ghillanyianumból származó amszterdami pénz tucatnyi esztendővel azelőtti átadásáért.
Az egyházi pénzkezelés megreformálása, a jövedelmek hovafordításának meghatározása terén tehát a Supremum Consistoriumnak számolnia kellett a papság ellenvéleményével, miszerint a szász városoknak kölcsönzött pénz kamataiból nagyobb rész járna a cameraticumoktól megfosztott lelkészeknek, míg a főgondnokok elsősorban a kollégiumok fenntartására kívánták fordítani. A vita eldöntésére a Bécsben raboskodó Bethlen Miklóstól kértek felvilágosítást. “Kegyelmetek vén rab atyjafia”, Bethlen először a veje, Teleki Sándor enyedi gondnok számára tisztázta a helyzetet 1711. május 2-án írott levelében, majd az “Erdélyi Szent Keresztyén Reformatum Consistorium”-nak küldött részletes jelentést 1712. február 24-én. Mindkettőben rosszallja a fenti vitát, jelentésében pedig forintnyi pontossággal beszámol az egyházi tőkék eredetéről és céljairól (a szász városoknál kamatozó 33240 magyar forintból 22240 az enyedi kollégiumé a debreceni taxából és az 1688-as radnóti collectából, 10000 mfrt az amszterdami pénz, ennek fele jövedelme illeti a lelkészeket, akik számára külön kamatozik 2000 mfrt Szászsebesen Horti püspök hagyatékából). Rendszeres és az adományozó meghatározta cél szerinti utalványozást végül is nem valósíthatott meg a Főkonzisztórium a következő években (márcsak a kamatfizetés rendszertelensége miatt sem), hanem a legégetőbb szükségek szerint folyósított fizetésrészleteket vagy segélyeket a kollégiumi professzoroknak, alumnusoknak, a lelkészeknek, amíg 1717-ben sor került a tőkepénzek felosztására.
A generális zsinat és a Supremum Consistorium közötti hatásköri súrlódások, viták, amelyekből ízelítőt nyújtottunk a fentiekben, meg a Főtanács elnagyolt szervezeti állapota egyre inkább sürgette az intézményépítés véglegesítését. Ugyanezen irányba hatott az erdélyi kormányzat új rendjének kiépítése, amelyre a szatmári béke után, 1712-1713 fordulóján került sor. 
A Főkonzisztórium átszervezése 1713-ban
Bár az Egyházfőtanács szervezeti megújításának legfőbb indoka nem a Gubernium újraszervezésében keresendő, attól nem teljesen független, ezért – a történelmi háttér fölvázolása végett is – először ezt tekintjük át, elsősorban egyházkormányzati vonatkozásaira figyelve.
A kuruc szabadságharcot lezáró szatmári béke megkötése (1711. április 30.) és III. Károly megkoronázása (1712. május 22.) után került sor a Gubernium újjászervezésére, a reformátusok számára nem túl biztató előjelek közepette. Említettük már Trócsányi nyomán, hogy az 1709 után pozíciókba jutott új erdélyi vezető elit érdemi nagypolitikai tapasztalatok nélkül, az 1690-es évekhez viszonyítva kedvezőtlenebb helyzetben szállt síkra az erdélyi érdekek védelmében az új birodalmi vezető garnitúrával szemben. Egyre bizton számítani lehetett a viszonylagos belpolitikai önállóság fennmaradása mellett: az ellenreformáció felerősödésére. Már az 1712 májusában Bécsben járt felekezeti küldöttségek közül a katolikusok külön utakon járva a Diploma Leopoldinum számukra sérelmes pontjainak eltörlését kérelmezték.
Novemberben az országgyűlés javaslatokat tett a gubernátori tisztségre és a tanácsosi helyekre; az előbbire Wesselényi István több szavazatot kapott, mint a katolikus listavezető Haller György, az utóbbiak körébe pedig Wesselényi István, Bethlen László, Kemény László, Teleki Mihály, Teleki László, Naláczi Lajos, Naláczi András és Barcsai Ábrahám került be a reformátusok közül. Az Erdélyi Udvari Kancellária, mintegy az erdélyi vezetőréteg említett súlyvesztését illusztrálva, alaposan belenyúlt a jelölésekbe, a tanácsosi helyekre Wesselényit, Teleki Lászlót és Szentkereszti András kancelláriai referendariust terjesztette fel. Végül az uralkodó 1713. március 31-én e három református tanácsost nevezte ki, a gubernátori tisztségbe azonban a katolikus vallású alkancellárt, Kornis Zsigmondot helyezte. A kardinális tisztségek közül csak a rendek elnöke került betöltésre, erre Wesselényi István kapott kinevezést. A Gubernium összetételében az 1730-as évek közepéig református szempontból annyi változás történt, hogy az 1713 decemberében elhunyt Teleki László helyébe az országgyűlési jelöltlista második embere, Bethlen László került, az ő 1717. március 30-án bekövetkezett halála után pedig Kemény László kapott kinevezést 1718 decemberében.
Ami a református anyaszentegyház főgondnoki karának összetételét illeti, az 1713 áprilisában működni kezdő új kormányszerv számszerű változást nem hozott, Szentkereszti ugyanis, az egyik főcuratori stallum hivatalból való várományosa, csak 1714 júliusában települt haza Bécsből, amikor a Teleki helye már üres volt.
Elsősorban a Supremum Consistorium és az országos zsinat meghatározatlan jogviszonya és az ebből 1709 óta eredő véleménykülönbségek és viták jelezték az előbbi átszervezésének szükségességét. A határozatlan mellérendelésből ugyanis rövid időn belül fölérendelés alakult ki az előbbi javára. A zsinatokon jelen levő főtanácsi küldöttek például nem csupán részt vettek a tanácskozásokon, hanem előzetesen írásban átnyújtották a Főkonzisztóriumtól megtárgyalásra ajánlott ügyeket a határozati javaslatokkal együtt, sőt némely esetben a zsinat helyét és a résztvevők számát is a főgondnokok határozták meg. Mivel a synodusi jegyzőkönyvek az erdélyi püspöki levéltárral együtt 1849 januárjában Enyeden elpusztultak és ma csupán a kivonatos határozatok ismeretesek, nem tudjuk, miként viszonyult a lelkészi kar ezekhez az újításokhoz; annyit már láthattunk az előbbiekben, hogy a Geleji kánonokban rögzített jogait igyekezett védeni. (Így alakult ki például a lelkipásztorok helyváltoztatásának az a rendszere, hogy a jelesebb egyházközségekbe a gyülekezet, a tractus és az esperes, a püspök meg a Főkonzisztórium előzetes megegyezésével került prédikátor, vitás esetekben az utóbbi elfogadta a zsinat személyre vonatkozó döntését.)
E jogvédelmet célozta az 1711-es zsinatnak az 1703-as döntést megújító és megerősítő határozata, amely a Főkonzisztóriumhoz forduló lelkészeknek kötelezővé tette a szolgálati út betartását, azaz az esperes előzetes értesítését. Mivel ezt a Főtanács a világiak elleni támadásként értékelte, a következő évi synodus bocsánatkérések mellett a korábbi, egyébként főgondnoki kezdeményezésen alapuló határozatra hivatkozott, a sértődésre okot adó terminusokat pedig a concipista számlájára írta. “Nem tagadhattya a Méltóságos Consistorium – jegyezték fel az ügy lezárásaképpen –, hogy nagy szomoritására ne esett légyen, szives és idvességes fáradozások után, némely terminusoknak keménysége, mindazáltal pro bono pacis fraterne el halgattya, kivánván ennek-utánna a két Status, ugymint Politicus és Ecclesiasticus Status között nagyobb és állandóbb harmoniát s szeretetet és respectust observáltatni.”
Ami az Egyházfőtanácstól megtárgyalásra ajánlott ügyeket és határozati javaslatokat illeti (országos böjt megtartása, botránkoztató életű lelkészek fegyelmezése, a papságra felszentelendők szigorúbb megválogatása, az ifjúság katekizációjának újraindítása stb.), a generalis synodus általában a javaslatok értelmében határozott, a végrehajtáshoz adott esetekben szükséges világi karhatalmat azonban a főcuratoroktól kérte. Levélváltásaik hangneme részben e kialakuló alá-fölé rendelést tükrözi, de nem hiányzik belőle – noha némelykor csupán óhajként – a közös szent célért együttműködő testületek kölcsönös tisztelete és megbecsülése sem.
Joggal kifogásolta viszont a zsinat a Supremum Consistorium működésében azt, hogy az 1709-es szabályzattól eltérően a lelkészek csupán alkalomszerűen vesznek részt az ülésein. Már 1711-ben szóvá tette ezt az anomáliát, mire az Egyházfőtanács megígérte, hogy ezután “a közelebb való Esperest” meghívót fog kapni a gyűlésekre. Országgyűlések idején tartott népes főtanácsi üléseken (generale vagy plenum consistorium) megjelent ugyan a Szebenhez vagy Medgyeshez közelebb lakó egy-két esperes, az agg és beteges Veszprémi István püspök képviseletében pedig Kaposi Juhász Sámuel professzor, de az évente többször összeülő szűkebb grémium (állandó főtanács – permanens consistorium) tanácskozásain már csak akkor vett részt papi személy, ha valamely ügyének személyes előadása végett megjelent; így az utóbbi sokszor a három főgondnok és egy-két református főrend gyűlésévé vált. Ennek reformálásáról hozott határozatot az 1713. június 25-én kezdődött nagyenyedi zsinat, amelyet szokás szerint követei (Vásárhelyi István enyedi senior, generalis notarius, Borosnyai János, Hunyadi A. Márton és Jenei Sámuel lelkészek) útján, írásban terjesztett az országgyűlés alkalmával, július 2-án Szebenben ülésező Egyházfőtanács elé. A népes gyűlés elfogadta a synodus határozatát, és a permanens consistorium “jó formába öltöztetése” végett öt főgondnokot rendelt Wesselényi István (rangelső guberniumi tanácsos, majd 1715-től a rendek és az ítélőtábla elnöke), Teleki Mihály (kővári főkapitány), Teleki László (guberniumi tanácsos), Bethlen László (1715-től guberniumi tanácsos) és a mindenkori püspök személyében, melléjük pedig névszerint felsorolt 21 világi és 21 egyházi tagot választott assessornak. A jegyzői tisztségre Alvinczi Sámuel, Cserei Mihály, Inczédi József és Pongrácz György kapott megbízást.
Láthatólag az 1709-ben megállapított szervezet kötöttebb formában való újraélesztéséről van szó, részben avégett, hogy az állandó főtanács népesebb testületté váljék, részben pedig a Gubernium megalakulása utáni helyzetben a református státus kormányzati szervének véglegesítése céljából. Erre utal a Főkonzisztórium jog- és hatáskörének újbóli megállapítása, amely szó szerint idézi az 1709-es szöveget. Nem került azonban sor most sem a 47 tagú testület létszámfenntartásának szabályozására; az elhalt világiak helyébe a következő években továbbra is a hagyományos módon kerültek be a magasabb köztisztségekbe jutott fiatalabb főrendek, a papi rend képviselőinek pótlására pedig még hagyomány sem alakult ki. Ezenkívül a mindennapi élet, a közlekedés nehézségei sem tették lehetővé ilyen népes testület gyakori összehívását és hatékony működését, így az újjászervezés után gyakorlatilag ugyanúgy működött az Egyházfőtanács, mint az előző években: országgyűlések alkalmával a jelenlevő református guberniumi tanácsosokból, törvényhatósági főtisztségek viselőiből, a követekből és a regalistákból (egy részük kollégiumi vagy tractualis curator lévén) meg néhány lelkipásztorból kitelt a népes gyűlés, állandó főtanácsi üléseket pedig a Gubernium gyűléseinek idején tartottak a tanácsos-főkurátorok és az alkalomszerűen jelen lévő főrendek meg a közelebb lakó tekintélyes lelkészek.
Időtállóbbnak bizonyult az inspector curatori kar újraszervezése, amelyet ugyanezen főkonzisztóriumi ülés végzett el. A kollégiumok és az egyházmegyék számára új gondnokokat állítottak vagy megerősítették a régieket, és írásba foglalták számukra a régóta hiányolt, munka- és hatáskörüket rögzítő instructiókat. Csak részben ismerjük a gondnokok névsorát: az enyedi kollégium felügyelőivé újraválasztották Teleki Sándort, Nemes Jánost, Szilágyi Andrást és a rektorprofesszort, a sepsi, kézdi és orbai tractus (tehát a háromszéki kommunitás) gondnoki tisztségére Mikó Ferenc, Bernáld János és Barta András, a széki tractuséra Wass Dániel, Ujhellyi Ferenc és Palotkai Ferenc, a görgényi egyházmegyéére pedig Kemény Simon, Teleki Sándor és Bánffi László kapott megbízást, a “vizaknai ecclesiára vigyáz Székely Ádám uram, Szászvárosra [egyházközség és schola particula] G. Teleki Sándor és Jósika István.”
Tíz pontba foglalt gondnoki utasításuk hangsúlyozza az esperesekkel és a professzorokkal való harmonikus együttműködést, előírja az egyházi épületek jó karban tartását, a beneficiumok és végrendeleti hagyományok pontos nyilvántartását és felszedését, alkalmas egyházfiak és tiszttartók munkába állítását, a prédikátorok, iskolamesterek és a hívek magaviseletének szigorú ellenőrzését az esperesekkel együtt, számadás készíttetését a bevételekről-kiadásokról. Emellé mindegyik régi-új kurátornak felkérő levél ment: “tudván, hogy nem fáradság, se nem terehviselés, hanem dicsősség Istennek s vallásának szolgálni, ezen szent munkát subeallya, s minden tehettség szerint nagy szorgalmatossággal azon Ecclesianak/Collegiumnak ügyit baját forgatni, orvosolni igyekezzék s el ne mulassa kegyelmed.” Csatolták egyúttal mindegyik iratcsomóhoz a Supremum Consistorium hatáskörét és összehívásának módját rögzítő jegyzőkönyvi kivonatot.
Az egyházkormányzati szervezet 1713 nyarán zajló véglegesítése jelentős személyi változásokkal is egybefonódott. Nem sokkal a zsinat után, július 23-án elhunyt az egyházi adminisztráció szürke eminenciása, a püspök segítőtársa, Kaposi Juhász Sámuel gyulafehérvári professzor, ősszel pedig, szeptember 22-én követte őt a minden testnek útján az agg superintendens, Veszprémi István. Huszonhárom évig viselte a püspöki hivatalt, személye 1691 óta annyi változás közepette biztosította a folyamatosságot az erdélyi anyaszentegyház első lelkészi őrállójának posztján. Népes lelkipásztori és világi gyülekezet tette meg végtisztességét november 12-én vasárnap Gyulafehérvárott, harmadnap mindkét rend Magyarigenbe gyűlt össze rendkívüli zsinatra új püspök választása végett. 
Itt újból ütköztek a világi és a lelkészi elöljárók szempontjai. A prédikátori rend ugyanis a kánon és a bevett szokás szerint a körében legtöbb szavazatot nyert jelöltet, az 1710 óta generalis notariusi tisztet viselő enyedi esperest, Vásárhelyi Istvánt kívánta a püspöki székbe emelni. Viszont a jelenlevő világi főrendek (Bethlen László, Teleki László, Teleki Mihály főgondnokok, Teleki József, Teleki Pál, Bethlen Elek, Naláczi Lajos, Rhédei Ádám, Kemény László, Bánffi Zsigmond és mások), “a nemesi rendből is sokan”, “irtózván ez embernek darabos kemény természetétől” nem ismerték el őt püspöknek, hanem a szebeni tisztes fogságbéli osztályos társaik, Bonyhai Simon György vagy Zilahi Sebes András megválasztását óhajtották, rájuk azonban egyetlen lelkészi szavazat sem esett. E patthelyzetben a világiak, mindenképpen érvényesíteni akarván befolyásukat, azt javasolták, hogy a kevesebb lelkészi szavazatot kapott jelöltek közül adhassák ők egyikre a maguk voksát. Bár hasonló esetre az előző században is akadt példa (emlékezzünk Tofeus Mihály és Szentgyörgyi Dávid esetére), a lelkészi kar szívósan ragaszkodott püspökválasztó jogához, és e javaslatot kánonellenesnek nyilvánította. Erre a főrendek és a nemesek azzal fenyegetőztek, “hogy ha a papok meg nem engednek, az urak magokat a ministeriumtól külön szakasztják, semmi bajokban segítséggel nem lesznek, a püspöki jószágba is a papoktól megválasztatott püspököt bé nem bocsátják s azután lássák mit csinálnak.” Végül a gyengébb fél engedett a vitában: a prédikátori rend, hangsúlyozva, hogy “rendtartások ellen vagyon”, elfogadta a javaslatot. Nem akarván túlfeszíteni a húrt, a világiak lemondtak előbbi jelöltjeikről, és a lelkészi szavazatot nyert candidatusok közül Kolosvári István enyedi professzor mellett nyilatkoztak. “Minthogy az öregrendűek közzül volt a személy, mindeneknek tetszett – írja Bod Péter –, de a választásnak módját nem szerették.” 
Nem csupán személyi ellentétekre (amint Bod sejteti) vagy a világi főrendek mindenben diktálni kívánó hatalmi vágyára (ahogy Pokoly értékeli) vezethető vissza e sajátos, ámbár nem példa nélküli püspökválasztási eljárás. A református egyházkormányzat ekkoriban megszilárduló rendjében a világiak megvalósítani kívánták azt az előző században is jelentkezett, méltányosnak tekinthető szándékot, hogy az első lelkészi őrálló megválasztásában maguk is közreműködjenek. Mivel a hatályos kánonok erre nem biztosítottak lehetőséget, bekövetkeztek a magyarigeni superintendes-választás tumultuózus jelenetei. A következő másfél évtizedben valósult meg – mint látni fogjuk – a választás módjának mindkét rend számára elfogadható és az egyház jogrendjébe illeszkedő szabályozása.
*****
Időrendben haladva itt le is zárhatnók vizsgálódásainkat, hiszen 1713 végén az erdélyi reformátusok Főkonzisztóriuma elnyerte az a végleges szervezési formát, amelynek kereteiben működött a következő másfél évszázadban. Mégis szükségesnek véljük az 1736-ig terjedő további két évtized vázlatos áttekintését, ugyanis az 1709-1713 között hivatalba állított főgondnoki kar 1734-36-ig tevékenykedett (Wesselényi István 1734. április 27-én, Bethlen László utóda, Kemény László 1734. augusztus 1-én, Szentkereszti András pedig 1736. január 22-én hunyt el), és az említett két évben lezajlott első őrségváltásnak, az utódlás ekkor kimunkált módszereinek bemutatása még témánkhoz tartozik.
A “successio”
A püspökválasztás módjának kimunkálására az 1710-es évek közepén újabb alkalom nyílott, az idős korában superintendessé lett Kolosvári István ugyanis 1717. augusztus 29-én Kolozsvárott elhunyt. Mivel a tatár beütés miatt a református főrendek nagyobb része Szebenben, kisebb része a kincses városban tartózkodott ekkor, az utóbbiak nevében Teleki Sándor, Teleki Pál és Kemény Simon haladéktalanul értesítette a Főkonzisztórium Szebenbe húzódott tagjait, gyors intézkedést kérve.
Wesselényi főgondnok elnöklete alatt szeptember 5-én a Főtanács szavazás útján jelölt ki három személyt (Vásárhelyi István generalis notariust, Soós Ferenc kolozsvári és Nádudvari Péter szászvárosi elsőpapot) a jövendő püspökválasztásra, és mivel az országos bódulás miatt rendkívüli zsinatot nem lehetett összehívni, írásban kérték a szavazatokat mind a Kolozsvárott tartózkodó “ecclesiasticusi és politicusi renden valóktól”, mind pedig a tractusok espereseitől és főjegyzőitől. Tervük szerint a Szebenbe küldendő voksokat a Supremum Consistorium gyűlésén fogják felbontani, és hozzátéve a világi főrendek szavazatát a szótöbbség dönt majd az új püspök személyéről.
Mivel a szász székvárosban pestisveszély fenyegetett, az ottani főtanácsi tagok is Kolozsvárra utaztak, és a terv megváltoztatásával az írásos voksokat is oda kérték október 1-i határidőre. (A candidatusok közül a kolozsváriak javaslatára már korábban kimaradt Nádudvari Péter.) Jó néhány lelkész is a kincses városba húzódott a járvány elől, így a kitűzött napon népes papi gyűlés bontotta ki a szavazatokat Wesselényi István főgondnok, Teleki Pál és Jósika Imre jelenlétében, “a suffragiumokat két felé hányván, magok értelmeket is hozzá tévén”. A voksok megszámolása és az eredményhirdetés azonban a világi főrendek kívánságára másnapra maradt, ekkor a jelenlevő prédikátorok levélben fordultak a népes Főtanács világi tagjaihoz, jelezve, hogy “a tiszteletes fennforgó personák közzül az egyiknek mind eddig való functioja, mind ez előtt való, ő kegyelmére ment voxok ő kegyelmét méltóvá tették a superintendentiára [itt nyilván Vásárhelyi István generalis notariusra, a papság fő jelöltjére céloztak], most pedig az ő kegyelmekre lett votumok között igen kevés discrepantia lehet, amint gondoljuk”, és ebben a helyzetben a világi rendre bízzák a döntést, “mellyiket denominálják e kettő közül” új püspöknek.
A világiak válaszát Korda Zsigmond és Wass Dániel vitte el a lelkészek gyűlésébe, kijelentve “a több méltóságoknak tetszéseket, hogy püspöknek választják Sós Ferenczet, a kolosvári papot és esperestet. Mellyet a papok értvén s magok is abban megnyugodván, a püspökségbe bé-esketék és azon hivatalban megerősiték.”
E különleges körülmények között zajlott superintendens-választás során megvalósult ugyan a világiak szavazatának figyelembe vétele, de nem oly módon, hogy az egyházi jogrend továbbfejlesztésébe akár hagyományként beilleszkedhetett volna. Tudomásunk szerint nem történt meg a szavazatok összeszámolása, s az egész eljárást a lelkészi kar – bár belenyugodott – sérelmesnek érezte.
Csakhamar újabb választásra kellett egybegyűlniük az anyaszentegyház elöljáróinak, Soós Ferenc ugyanis az általa Gyaluba összehívott zsinat idején (melyen betegsége miatt maga már nem elnökölt, hanem Vásárhelyi István vezette a gyűlést), 1720. június 19-én elhunyt. “Ennek temetésére és a püspök választásra ujjabb sinodus rendeltetik Kolosvárra julius X-dik napjára”, ezen tudomásunk szerint a világi rend nem képviseltette magát. “Az holott Vásárhelyi István az esperestektől a püspöki hivatalba béállittaték a szokás szerint hitének le-tételével; mellyet az urak megértvén, helyben hagyának és azon megnyugovának.” Ezzel újból érvényesült a lelkészi kar kánon szerinti kizárólagos püspökválasztási joga, bár e kánonszakasz valamiféle megújításának gondolata úgy tűnik, némely lelkipásztor fejében is megfordult. Vásárhelyi még főjegyzőként 1717 utáni munkásságával eloszlathatta az iránta érzett bizalmatlanságot, valószínűleg ennek tulajdonítható, hogy minden főkonzisztóriumi ellenvetés nélkül került az első lelkészi őrálló posztjára. Superintendensi tevékenységével pedig hamar helyreállította a világi és egyházi rend közötti megromlott viszonyt. Megválasztása után másfél hónappal a zökkenőmentes együttműködés jeleként a Kolozsvárott szeptember 5-én tartott főtanácsi ülés keretében Wesselényi István főgondnokkal együtt erősítette meg a kincses város református egyházközsége és kollégiuma közötti megegyezést a közös vagyonkezelésről és együtt nevezték ki Rhédei Ádámot felügyelő gondnokká.
A püspökválasztás módja körüli véleménykülönbségek, zajos viták a megüresedő tisztség gyors betöltését akadályozták, s az ebből származható bonyodalmakat a védekezésbe szorult református egyház világi és lelkészi elöljárói egyaránt el akarták kerülni. Emellett az 1713 óta tartott három választó zsinaton nem sikerült megnyugtató módon rendezni a világi rend véleménynyilvánítását. Mindkét kérdés alkalmas megoldását szolgáló eljárásra nyújtott példát a tiszántúli egyházkerület, amikor 1724-ben “cum iure successionis” választotta generalis notariussá Zoványi Györgyöt, azaz a fungens püspök halála után minden külön választás nélkül elfoglalja majd a superintendensi tisztséget. Jónak tarthatták e példát az erdélyiek, mivel a főjegyző választásánál a Geleji-kánonok nem írták elő a jelölés módját, ilymódon a Főkonzisztórium candidatiójával a világiak véleményének figyelembe vétele beilleszkedhetett az egyházi jogrendbe, a successió pedig automatikussá tette az egyház legfőbb lelkészi őrhelyének betöltését.
Az 1726. június 30-án Nagyenyeden tartott zsinaton Kemény László, Daniel István és Inczédi József követek adták elő az Egyházfőtanács javaslatát a főjegyző successiójának törvénybe iktatásáról, amit a synodus egyhangúlag jóváhagyott, “ea tamen conditione, hogy ha Isten jobb időket ad érnünk, a régi usus observáltassék, juxta canones receptos.” (E jogfenntartó kitétel ellenére az ekkor elfogadott eljárás szinte másfél évszázadig érvényben maradt.) Kimondta ugyanakkor a zsinat, hogy a successió már a jelenlegi főjegyzőre, Bonyhai Simon Györgyre is vonatkozik; könnyebb szívvel tette, mivel Bonyhait annakidején még egyházfőtanácsi jelölés nélkül választotta generalis notariussá.
Két év múlva sor került az új jogszokás alkalmazására, Vásárhelyi István temetésére 1728. április 5-re Nagyenyedre “öt tractusokból conflualt tiszteletes atyafiak” Kemény László főgondnok jelenlétében kimondták, hogy Bonyhai “tamquam jam denominatus episcopus actu fungáljon s minden dolgait a szent ministeriumnak folytassa”, esküjének bevételét és tisztségében való megerősítését pedig a júniusi rendes zsinatra halasztották. 
Május 24-i népes gyűlésében a Főkonzisztórium kijelölte a beiktató synodusra küldendő követeit, Teleki Pált és Wass Dánielt, instructiójuk első pontja tartalmazza Bonyhai superintendességének főtanácsi elismerését, a második pedig az immár megüresedett főjegyzői tisztségre jelöli Szigeti Gyula István enyedi, Szathmári Mihály marosvásárhelyi professzort és Deáki Filep József kolozsvári lelkipásztort, előírva egyúttal a szavazás módját is. Első ízben lévén jelölés, közli a candidatio szempontjait: “generalis notariusnak olly érdemes személly választassék, ki a t. Bonyhai György uram decessusán a superintendesi hivatalban pro moderna rerum facie mind az egyházi dolgokat prudenter moderalni, mind az Consistoriummal magát comportálni tudgya, hogy a naponkint réánk készülő terhes időkben unitis viribus et consiliis állhasson a törésen.” A zsinat beiktatta hivatalába Bonyhait, a javaslat nyomán pedig főjegyzővé választotta Szigeti Gyula Istvánt.
1737 őszén, Bonyhai Simon György halálakor már olajozottan működött a rendszer, Szigeti vette át a püspöki hivatalt, a szeptember 29-re kitűzött temetés alkalmával pedig a megjelent esperesek és egyházmegyei főjegyzők semigeneralis zsinatot alkotva megválasztották az új generalis notariust “qua suffraganeum superattendentem” a Főkonzisztórium három jelöltje közül, noha már jelentkezett a papság jelöltállítási igénye.
A successio jogszokásának a seniorokra és a tractusok főjegyzőire való kiterjesztését az 1728-as marosvásárhelyi zsinatnak javasolta az Egyházfőtanács, ott a propositio törvényerőre emelkedett azzal a kitétellel, hogy alkalmazásánál tekintettel kell lenni a körülményekre.
Őrségváltás 1734-1736-ban
Ha a Főkonzisztórium 1713 után nem is fordított gondot a paritásos alapon szervezett 47 tagú állandó főtanács folyamatos kiegészítésére, arra mindenképpen figyelt, hogy a tractualis és kollégiumi gondnoki kar megüresedő helyei betöltessenek. Ez gyakorlatilag a kiegészítést szolgálta, hiszen a főgondnokok elsősorban az inspector curatorok aktív egyházvédő és -kormányzó tevékenységére számíthattak. 1714-ben például a vizaknai prédikátor kérésére Naláczi András és Székely Ádám mellé egy harmadik, közelebb lakó kurátor választatott Bogáti János személyében, Kézdivásárhelyen 1716-ban viszont a régi gondnok leváltása nyomán került e tisztségbe Szőts István. A következő évben az erdővidéki tractus felvigyázására rendelték Daniel Istvánt és Cserei Mihályt Daniel József mellé. 1718 márciusában a szászvárosi schola particula gondnoki tisztségére kapott kinevezést Inczédi József és Buda Gáspár, az enyedi kollégium curatori testületében pedig változás történt, Thoroczkai Péter és Szilágyi András lemondott, helyükbe került Teleki József és Inczédi József. Teleki ugyanekkor a Marosvásárhelyre költöztetett gyulafehérvár-sárospataki kollégiumnak is ideiglenesen gondnoka maradt, Tholdalagi Jánost rendelték melléje segítségül. E tisztségben Telekit 1721-ben váltotta fel Bethlen Ádám, a marosszéki tractus curatori tisztségére ugyanekkor Toldalagi János, a Doboka vármegyei eklézsiákéra pedig Balogh György kapott kinevezést. 1728 áprilisában a fehérvári egyházmegyébe Jósika Dániel mellé ifj. Bánffi Zsigmond és Szalánczi György került gondnoknak, Háromszékre pedig az elhunyt Barta András helyébe ifj. Szentkereszti András. Székelyudvarhelyen a következő évben a kollégium felügyeletét Nagy Zsigmond elhunytával Nemes Mátyás vette át. 1731. május 1-én tárgyalta az Egyházfőtanács a kolos-kalotai tractus gondnokának, Keczeli Istvánnak a lemondását, helyébe újat nevezett ki, nevét azonban nem jegyezték fel. Bánffi György, a kolozsvári kollégium curatora mellé 1733-ban nevezték ki Bánffi Farkast és Teleki Ádámot.
Amikor 1713-ban a zsinat javaslata alapján újból meghatározták a főgondnoki kar személyi összetételét (négy főrendű világi és a mindenkori püspök), nem született szabályozás a folyamatos kiegészítésről. Teleki László halála (1713 december) jelentette az első üresedést (ő még 1709 áprilisában került be a főgondnoki karba mint a Deputatio tagja, tevékenységéből kiemelendő az egyházi jogvédő iratok begyűjtésének megszervezése és folyamatos szorgalmazása). Helyét nem töltötték be azonnal, hanem a tavasszal guberniumi tanácsossá és a királyi tábla ítélőmesterévé kinevezett Szentkereszti András erdélyi udvari kancelláriai referendarius 1714 júliusi hazatérte után foglalta el.
Szentkereszti, a hivatali pályán arisztokrata rangra emelkedő kiváló jogász a Bécsben töltött két évtized során folyamatosan támogatta az erdélyi reformátusok ügyeinek kedvező elintézését, természetes tehát, hogy hazatértével magas közigazgatási tisztségét elfoglalva azonnal bekapcsolódott a főgondnoki kar tevékenységébe. Hivatalnoki, jogászi tapasztalatait az ügyvitelben is kamatoztatta, 1715-től kezdve 1735 decemberéig nagyobbrészt ő fogalmazta a Főkonzisztórium felségfolyamodványait, az Erdélyi Udvari Kancelláriához vagy a Ministerialkonferenzhez intézett felterjesztéseit. 
Teleki Mihály kővári főkapitány, a főcuratori négyesfogat 1713-ban kooptált másik tagja néhányszor szerepel a főtanácsi kiadmányok aláírói között, két ízben (1714. február 8, 1716. február 4.) szebeni szállásán tartották a consistoriumi gyűléseket, az ülések résztvevőinek (különben igen ritkán följegyzett) névsora egyszer tartalmazza a nevét, egyszer pedig hiányzását jelzi. Nem túl intenzív főgondnoki működés után 1720-ban hunyt el, helye betöltetlen maradt.
Bethlen László szintén 1709 áprilisa óta viselte a főgondnoki hivatalt mint a Deputatio egyik tagja, az újjászervezett Gubernium tanácsosai közé pedig Teleki László halála után, 1715 októberében került be. Egyházi tisztségvállalását egy emberöltővel idősebb ötödfokú unokatestvére, Bethlen Miklós magától értődő kötelességként értelmezte, bécsi rabságából több levélben is jótanácsokkal látta el. Bethlen László 1712. évi bécsi követjárását a cameraticumok ügyében említettük már, két évvel később a főkurátorok (Wesselényi István, Teleki Mihály, Bethlen László) felségfolyamodványban sürgették e jövedelmek kiadását, míg végül 1715-ben megtörtént a kétségtelen hitelű adománylevelek királyi elismerése. Rendszeresen részt vett a Főkonzisztórium ülésein, gyümölcsöző főgondnoki tevékenység után 1717. március 30-án hunyt el.
Kemény László már korábban is szerepelt a guberniumi tanácsosi jelölésekben, Bethlen László megüresedett helyének betöltésekor szintén ő kapta a legtöbb szavazatot, és 1718. december 27-én a Ministerialkonferenz javaslatára bekerült a Guberniumba. Valószínűleg már tanácsosi kinevezése előtt elfoglalta a megüresedett főgondnoki tisztséget, választás vagy kinevezés nélkül, korábbi egyházi működésére alapozva (1709-től a Főkonzisztórium ülnökei között szerepelt és az enyedi tractus inspector curatorságát viselte, 1713-ban részt vett a Kolosvári Istvánt püspökké választó magyarigeni zsinaton). Kemény valamikor 1664-1668 között született, ez évben töltötte 50-54. életévét, nagyjából kortársa volt tehát az ekkor 44 éves Wesselényinek és az 52-54 esztendő körül járó Szentkeresztinek. Ez a meglett és tapasztalt férfiakból álló főgondnoki testület viselte az erdélyi reformátusok gondjait-bajait a következő másfél évtizedben.
Wesselényi István volt a legtekintélyesebb közülük, legmagasabb közéleti rangja alapján őt tekintették a Főkonzisztórium elnökének. Tevékeny részt vett a közegyház és az enyedi kollégium kamatra kiadott pénzeinek 1715-ben zajlott revíziójában és felszedésében ugyanúgy, mint az 1717-től folyósítani kezdett kamarai jövedelmek elosztásában vagy a közös egyházi tőkéknek a kollégiumok és a lelkészi kar közötti megosztásában. Az iskolai és egyházi tevékenység anyagi alapjainak biztosítása mellett curatortársaival együtt gondoskodott a szaporodó sérelmek nyilvántartásáról, Bécsbe való többszöri felterjesztéséről; egyik személyes hangú levele arról tanúskodik, hogy az oly sokszor megismételt gravaminák ügyében a Főkonzisztórium az illem határát súroló éles hangtól sem riadt vissza. Mint az országgyűlés és a királyi tábla elnöke ő vezette a református főrendek hivatali pozícióinak megtartása, az erdélyi vallási-politikai rendszerben a kálvinisták minél kisebb térvesztése érdekében szívósan folytatott rendi küzdelmeket, amelynek iratai is jórészt az Egyházfőtanács levéltárában maradtak fenn. Kornis gubernátor halála (1731 december 14.) után ő vette át a Gubernium elnökségét, és az évtized elején a Wesselényi irányította református rendi összefogás hozzájárult ahhoz, hogy a teljes katonai uralom létrehozására tett kísérletet Bornemissza János alkancellár ügyes politikai húzásai eredményeképpen sikerült elhárítani, s így újból polgári kormányzó került Erdély élére Haller János személyében.
E főgondnoki hármasfogat mellett nőtt fel és szerzett hasznos tapasztalatokat az a valamivel fiatalabb nemzedék, amelyikre az őrségváltás feladata várt az 1730-as évek közepén. Bánffi György, a gubernátor fia, Wesselényi István sógora 1710-től Doboka megye főispánja volt, egyházi tisztséget az előző évtől viselt, a kolozsvári eklézsia és kollégium egyik gondnokává nevezte ki a Főkonzisztórium, 1733-tól pedig e háromtagú kurátori testület rangidőse lett. Politikai tekintélyét jelzi, hogy az 1720-as évek végétől a guberniumi tisztújítások idején a sok szavazatot kapott jelöltek sorában találjuk. Közéleti rangja és évtizedes egyházi működése, patrónusi nagylelkűsége egyaránt indokolta, hogy Wesselényi István halála (1734. április 22.) után a megürült főgondnoki tisztséget 46 esztendős korában elfoglalja.
Két hónap múlva Kemény László halálával (1734. augusztus 1.) újabb üresedés támadt a főcuratori testületben. Augusztus 22-én Zsibón a Wesselényi István temetése “alkalmatosságára nagyobb reszint conflualt méltóságos uri, fő és tiszteletes rend consistoriumot tartván” az 55 éves Teleki Sándort és a 44 éves Bethlen Ádámot választotta főgondnokká. Teleki Torda vármegye főispáni tisztét viselte, 1709-től fogva jó két évtizedig az enyedi kollégium igen gondos inspector curatora volt. Bethlen Ádám 1727-től a királyi tábla assessoraként működött, egyházi tisztséget pedig 1721 júliusától viselt, amikor a marosvásárhelyi kollégium egyik gondnokává nevezték ki. Egy év múlva Bethlen a guberniumi tanácsosok sorába emelkedett és Fehér vármegye főispánja lett, 1742-től az országos elnök tisztségét viselte, a főgondnoki karba való kooptálásával megelőlegezett bizalmat tehát kiérdemelte. Teleki viszont, bár rangja, kora és tapasztalatai egyaránt igen alkalmassá tették e tisztségre, alig vett részt a főcuratori testület munkájában.
1735 júliusában a református főurak közül Bethlen mellett ifj. Bánffi Zsigmond és Naláczi József kapott uralkodói kinevezést guberniumi tanácsosi tisztségre, bár a rendek jelölésében az előbbi kevés szavazatot nyert, az utóbbi pedig fel sem került a jelöltlistára. Rangemelkedésüket tudomásul véve a református anyaszentegyház az év őszétől főgondnoknak tekintette őket, betöltve a szeptember 22-én elhunyt Bánffi György helyét. 1736 január elején “báró zágoni Szentkereszti András, gróf Bethlen Ádám, báró ifjabb losonci Bánffi Sigmond és báró naláczi Naláczi Jósef urak ő nagyságok mind négyen az erdélyi Reformata Ecclesiák Fő Curatori” írtak alá egy levelet, névsoruk egyúttal rangsorukat is jelzi. Bánffi 30-35 éves lehetett a főcuratori karba való bekerülésekor, egyházkormányzati tapasztalatot 1728 áprilisától gyűjtött a fehérvári tractus gondnokaként. Naláczi már korosabb volt, kb. az 55. életévében járhatott, egyházi tisztséget korábban tudomásunk szerint nem viselt.
Mivel az országgyűlések alkalmával tartott népes egyházfőtanácsi üléseken az új tisztségviselők korábban is részt vettek, megszerezték a szükséges tájékozódást az anyaszentegyház ügyeiben. Adott esetben azonban nem szégyellték tapasztalatlanságukat bevallani, és alapos informálódás után nyúltak egy-egy bonyolultabb ügy rendezéséhez. Rangidősek és újak együttmunkálkodása, a tapasztalatok, a bevált eljárásmódok közvetlen átadása révén valósult meg e két év alatt az őrségváltás a református egyház felső világi vezetésében. Amikor Szentkereszti András 1736. január 22-én 74 éves korában elhunyt, a Bethlen-Bánffi-Naláczi hármas immár teljes fegyverzetben vállalhatta és vihette tovább a főcuratorságot. Mellettük Teleki Sándor ( aki 1736. július 1-től guberniumi tanácsosi rangra emelkedett) szerepelt időnként mint főcurator 1738-ig és 1741-42 között. Testületük természetesen számíthatott Tarczali Zsigmond bécsi ágens immár negyedfél évtizedes ügyviteli tapasztalataira, 1736. február 1-én jelezték neki a váltást és kérték fel a további munkára. Közülük majd Bánffi Zsigmond éri meg az újabb őrségváltást, Bethlen Ádám és Naláczi József halála (1748) után ő lesz a rangidős Lázár János, Bánffi Farkas és Alvinczi Gábor mellett.
A Főkonzisztórium hivatali működése 1709 után
A korábban megszokott és ebben az időszakban újból megállapított szervezeti forma szerint az országgyűlés református tagjaiból álló népes ülésekre általában évente egyszer, az országgyűlés alkalmával került sor, időszakunk elején Medgyes, majd 1714-től Szeben és Kolozsvár felváltva adott helyet a tárgyalásoknak. E plenum consistorium, a református rendek a szavazótábort alkották a jelölések és a választások alkalmával, létszámuk kb. másfélszázra tehető. A folyamatosabb ügyintézést, a problémákra való gyors reagálást a kisebb létszámú, a főgondnokok mellett az inspector curatori tisztséget viselő református táblai ülnökökből, törvényhatósági tisztségviselőkből álló (először 24, majd 47 tagú) permanens consistorium biztosította, bár a teljes tagság ritkán gyűlt egybe. Amikor a források consistoriumi üléseket említenek, mindig erre az utóbbi egyházkormányzati fórumra utalnak, s mi is ilyen értelemben használjuk a kifejezést. Ez az Egyházfőtanács jóval gyakrabban ülésezett; 1710-ben például áprilistől december elejéig szinte minden hónapban egyszer-kétszer, a következő évben januártól szeptemberig kilencszer, 1715 májusában hatszor, szeptemberében pedig egyszer. Ezekre az együttlétekre is az országgyűlés vagy a Gubernium tanácskozása nyújtott legtöbbször alkalmat, sürgős esetekben azonban rendkívüli ülést is összehívtak, esetleg kisebb létszámmal. Ilyen rendkívüli ülésnek tekinthető a Wesselényi István temetése alkalmával tartott nevezetes zsibói konzisztórium, ahol, mint láttuk, a sürgető választások indokolták a gyűlést, a világi és egyházi végtisztesség-tévők nagy száma pedig népes ülést is lehetővé tett.
Épp a gyors elintézést váró sürgős ügyek miatt szükségesnek mutatkozott a gyakoribb összehívás, erre azonban az állandó Egyházfőtanács is túl nagy létszámúnak bizonyult a gyakorlatban. Megoldásként a Gubernium példája kínálkozott, ahol a tanácsosok felváltva tartottak ügyeletet, sürgős esetben a gubernátor egybehívta a közelebb lakó tanácsosokat, vagy pedig az ügyeletes consiliariusok levélben tájékoztatták a távollevőket. 1715 szeptemberében a Főkonzisztórium felhatalmazta a három főgondnokot, hogy a halasztást nem tűrő ügyekben “plenaria facultással” dönthetnek, ha szükséges és lehetséges, “az közelebb lévő Consistorialis urakat is öszve híván avagy csak communicalván.” Mind a bécsi kormányzatot, mind az ottani ágenst tájékoztatták arról, hogy az ily módon született felterjesztések is a teljes református státus nevében kelteknek tekintendők. A gyakorlatban e meghatározatlan létszámú ülések valósultak meg, az 1710-es években az ülésjegyzőkönyvet helyettesítő följegyzések 5-11 résztvevőt említenek, néha csak általánosságban szólnak a “jelesebb tagok” jelenlétéről. Némelykor csupán a szavazatok száma jelzi a jelenlevőket, 1715. május 23-án 13, 1714. január 21-én 18, 1715. május 19-én pedig 20 konzisztóriumi tag adta le vótumát. Néha az is előfordult, hogy Wesselényi főgondnok egyedül tartott ülést a notariusokkal. A világi urak létszáma mindig felülmúlta az egyháziakét, az utóbbiak közül általában a püspök, helyettese, a generalis notarius és egy-két professzor vagy esperes vett részt a gyűléseken, sőt az is megtörtént, hogy “az consistorialis ecclesiai személyek nem comparealtak”, s a püspök egyedül képviselte a lelkészi kart. Adatok hiányában nem határozható meg, hogy a följegyzésekben előforduló “népesebb együttlét” vagy “minnyájan” meghatározás hány jelenlévőt jelentett, annyi bizonyos, hogy e nagyobb létszámú ülésekre mindig az országgyűlés nyújtott alkalmat.
Szokás szerint vasárnap vagy ünnepnap a délelőtti istentisztelet után került sor a Supremum Consistorium üléseire, ha a napirendet nem sikerült végigtárgyalni, a munka délután is folytatódott, a notarius följegyzései néha jelzik is az időpontot. Nem kivételes azonban a szombaton vagy kedden tartott összejövetel sem, ha országgyűlés idején amúgy is együtt voltak a tagok; hétköznapon inkább délután folytak a tárgyalások.  Megint csak a hagyományt folytatta a rangidős főcurator, Wesselényi István azzal, hogy a gyűléseknek saját szállásán adott helyet, ámbár az is előfordult, mint láttuk, hogy Teleki Mihály fogadta szállásán kurátortársait és a konzisztoriális urakat.
Az Egyházfőtanács ügyintézésének vázlatos áttekintésére térve már elöljáróban megállapítható, hogy a megelőző korszakokhoz képest rendszeresebbnek, hivatalszerűbbnek bizonyult. A beadványokat a küldők kezdetben a három főgondnokhoz (általánosan vagy név szerint), esetleg egyikőjükhöz címezték, de már 1710-ben előfordul az “Consistoriumhoz” szóló címzés, amely később általánossá vált. Hátlapjukra Inczédi József jegyző rávezette az előterjesztés dátumát és helyét, sajnos e hasznos gyakorlatot 1714 februárja után nem folytatta. 1734 szeptemberétől az új notarius, Mósa László újból s immár folyamatosan alkalmazta ezt az ügykezelési jelzetet.
A testületek (egyházközségek, kollégiumok) több elintézendő ügyet tartalmazó kérvényeit gyakran egy-két tagú küldöttség mutatta be, élőszóban bővebben referálva a tényállásról. Ha a tanácskozások során több határozati javaslat is körvonalazódott, a szavazás útján megállapított szótöbbség emelkedett véghatározattá, a notarius számolta a vótumokat. Sok esetben a napirendre kerülő ügyek bővebb tájékozódást kívántak, ekkor a Főkonzisztórium néhány tagú bizottságot küldött ki alaposabb vizsgálat és jelentéstétel végett, némelykor pedig a határozatok végrehajtását tették egy-egy bizottság feladatává. A bizottságok tagjai általában felerészben világi főrendűekből, felerészben tekintélyes egyháziakból kerültek ki. Ha a tárgyalt ügy jelentősége megkívánta, a kisebb létszámú ülésről teljes gyűlésre halasztották a határozathozatalt. A gyors elintézést kívánó ügyek esetében levélváltások útján tájékozódtak és intézkedtek a főgondnokok, így a végső döntés az írásban beküldött vótumok alapján született meg, esetleg összehívták az elérhető konzisztóriumi tagokat. 
A határozatok több kiadmány-formában öltöttek testet és aláírásuk módja is változott: a válaszleveleket, a zsinathoz vagy a katolikus és unitárius státushoz címzett átiratokat valamint a Guberniumhoz intézett felterjesztéseket a három főcurator írta alá, esetleg a “református egyház gondnokságától” záróformulát használták (aláírás nélkül), a felségfolyamodványokat viszont minden esetben a református státus nevében fogalmazták meg, általában szintén aláírások nélkül. A három vagy négy főgondnok mellett néha két-három más református főrend is megerősítette kézjegyével az iratokat. A több pontot tartalmazó testületi instantiák esetében mindegyik tárgyhoz hozzáírták a vonatkozó határozatot, majd az iratot a kérelmezőhöz visszajuttatták a notarius aláírásával hitelesített “ex Consistorio Reformatorum in Transilvania Supremo extradatum per ...” záradékkal. Pecsétet ebben az időszakban az Egyházfőtanács nem használt.
Az ülésekről a notariusoknak, esküjük szerint, jegyzőkönyvet kellett volna vezetniük, sajnos azonban e korban Inczédi és jegyzőtársai pár szavas emlékeztető jegyzetekkel is megelégedtek, és ezeket nem egészítették ki szabályos protocollummá. Inczédi József egy előre évekre beosztott 18 lapos ívfüzetet állított be, ahova rövid latin nyelvű kivonatban följegyezte a legfontosabb ügyeket, jelezve a levéltári fasciculust is, ahol az iratok találhatók. Ahol az évnek előre kijelölt fél lapnyi üres hely kevésnek bizonyult, új lapot lőtt be. (Azt írja ugyan e füzetében 1714-ben, hogy “jelen könyvet saját költségén köttette be, és a fontosabb dolgokat beírását megkezdte,” de bejegyzése – a valóságnak megfelelően – ki van húzva.) Szerencsére megőrizték az üléseken fölvett, külön lapokra írott jegyzeteket, ámde ezek sem túl részletesek, a több ügyet tartalmazó kérvények esetében például csak a határozatokat rögzítették, így csak a fönnmaradt instantiákkal együtt rekonstruálhatók a tárgyalt témák. E fontos irategyüttes fönnmaradása Mósa László notariusnak köszönhető, aki hivatali működése végén, 1742-ben a különféle alakú, sokszor csak félívnyi jegyzeteket időrendbe szedve beköttette, címlapja elé helyezve Inczédi füzetét. Néhány eredeti beadványt is bevett a gyűjteménybe a pontokba szedett resolutiókkal együtt. Az összeállítás nem hiánytalan, 1719-1720-ból, 1726-1727-ből, 1730-ból és 1732-ből semmi följegyzést sem talált, Inczédi füzetében is üresen maradtak a helyek, bár egyéb forrásokból tudjuk, hogy tartottak főkonzisztóriumi üléseket. A Mósa által begyűjtött utolsó följegyzés 1733. szeptember 13-án kelt. Az 1733-1741 közötti időszakról nincsenek ülésjegyzőkönyvek, ha születtek is följegyzések, az új notariusok nem biztosították megőrzésüket. A Főkonzisztórium határozatai iránti érdeklődés jele, hogy Inczédi latin nyelvű füzetének pontos másolata egy családi levéltárba is bekerült.
A kiadmányok fogalmazványait hasonlóképpen külön lapokon őrizték, míg 1742 tavaszán Mósa László évrendbe szedve ezeket is beköttette, a testes, 716 oldalas kötet 1710 áprilisától 1742 márciusáig tartalmazza a Supremum Consistorium felségfolyamodványait, leveleit. Mósa történeti érzékét dicséri, hogy a rendezés során a fogalmazványok szerzőit is azonosította. Alvinczi Sámuel 1710-1713 között, Inczédi József pedig 1713-1734 között szerepelt fogalmazóként és jegyzőként, az 1735-től 1740-ig terjedő időszakból is maradt fenn néhány sajátkezű fogalmazványa. Szentkereszti András főgondnok udvari kancelláriai tapasztalait hasznosítva 1715-től haláláig rengeteg conceptussal járult hozzá az Egyházfőtanács hivatali működésének szakszerűbbé tételéhez, jó néhányat sajátkezűleg vetve papírra (főként a Bécsbe írott fölterjesztések összeállítását vállalta magára). Alvinczi Gábor guberniumi levéltáros 1731-től kapcsolódott be e munkába, Mósa László konzisztóriumi jegyző fogalmazványai pedig 1734-től maradtak fenn. Egy-egy időszakból több kéz írása is elkülöníthető, tehát a konzisztóriumi ismeretes notariusokon kívül a főgondnokok másokat is foglalkoztattak.
Az 1709-ben megválasztott és 1713-ban megerősített négy notarius, Alvinczi Sámuel, Inczédi József, Cserei Mihály és Pongrácz András közül az első kettő működéséről vannak konkrét adataink. Alvinczi 1685-ben született Péter ítélőmester fiaként, 1714 júliusáig folytatta e hivatalát, amikor az Erdélyi Udvari Kancellária referendariusává nevezték ki. 1723. június 9-én hunyt el. Inczédi József, a naplóíró Pál fia 1688-ban született, főkonzisztóriumi jegyzői megbízatását, akárcsak kollégái, a királyi táblánál folytatott notariusság mellett mellékállásként gyakorolta. Jogászi és adminisztrációs képzettsége-tapasztalatai révén 1736-ban ítélőmesterré nevezték ki, egyházi hivatalnoki tevékenységét, mint láttuk, ezután is gyakorolta. Bárói ranggal kitüntetve 1750-ben halt meg. Mósa szerint a jegyzőkönyvek lapjain Pongrácz András írása is fölismerhető, az általa említett Daniel nevet azonban nem tudjuk azonosítani.
1734 őszén vette át Inczéditől a notariusi hivatalt Mósa László, szeptember 21-én tette le az esküt, főállásban ő is a királyi tábla jegyzőjeként dolgozott. Egyházi hivataláról lemondva 1742. június 17-én adta át Halmágyi Istvánnak, az új secretariusnak. A Kővár vidéki román eredetű, nemesi rendű Mósa, “igen hatalmas deák, jó törvénytudó, és Erdélyben híres tanult ember” Belső-Szolnok vármegye főbírájaként hunyt el 1775-ben.
Az Egyházfőtanács hivatali személyzetét szemrevételezve végül a bécsi ágensről kell szólnunk. Ezt a hivatalt tárgyalt korszakunkban, sőt azon túl is Tarczali Zsigmond viselte. Pályáját Bethlen Miklós ügyvivőjeként kezdte a császárvárosban 1700-ban, de a kancellár-főgondnok megbízatása folytán már 1702-ben bekapcsolódott az egyházi ügyek intézésébe, s mivel egyre több közösségi ügy terhelte a vállát, 1704-ben fizetése egy részét már a Gubernium állta. Az újjászerveződött Főkonzisztórium 1712-ben bízta meg az erdélyi református egyház bécsi képviseletével, a következő évben 150 rénes forintnyi járandóságot utaltatott át a számára. Fizetése 1716-ban már 300 rajnai forintra emelkedett. Feladatai közé tartozott az erdélyi református egyház Bécsben intézendő mindenféle ügyének ellátása a kamarai jövedelmek jóváhagyatásától kezdve a sérelmek orvosoltatásáig, az állam- és közigazgatási tisztségekbe való kinevezésekkor a református jelöltek érdekében való közbenjárás csakúgy, mint a császárvárosba fölutazó református státus-követek (Bethlen László 1712, Lázár János 1733) támogatása, tárgyalásaik útegyengetése. Evégett folyamatos levélváltásban állt a főgondnokokkal, a hozzá érkezett felségfolyamodványokat és más fölterjesztéseket iktatószámmal látta el, majd gondoskodott beadásukról, ügyintézéseiről naplót vezetett. Az 1720-as–1730-as évek fordulóján a megszaporodott és nehezen intéződő sérelmi ügyek napirenden tartása meg a református tisztségviselő-jelöltek kinevezésének sürgetése egyre nehezítette az ágens feladatát, a javadalmazására szükséges összeg pedig egyre nehezebben került ki, ezért általános gyűjtést indított az Egyházfőtanács mind a patrónusok, mind a gyülekezetek körében, elég szép eredménnyel.
Tarczali 1736 februárjában az új főgondnokok felkérő levelére postafordultával válaszolt: “a mi tsekély szzeméllyemet illeti, semmit ne kételkedgjék Nagyságtok Kegyelmetek, mert én a Reformata Religionknak dolgát 30 esztendőktül fogva fideliter folytattam mind eddig, azon fidelitassal folytatom ez utann is valamig Isten erőt ad.” Jelentést tett egyúttal a Ministerialkonferenz várható időpontjáról és a folyamatban levő ügyek állásáról. Reszkető kezű írása szemmel láthatóan jelezte előrehaladott korát. Hogy az ügymenetben és az érdekképviseletben hiba ne essék, a június 6-án, az új főcuratori testület munkába állása utáni első országgyűlés idején tartott népes egyházfőtanácsi ülés segédet nevezett ki melléje Szilágyi Sámuel személyében. (Szilágyi 1734 őszétől a magyarországi református egyház ügyvivője volt a császárvárosban.) Mindkettőjük instructiójában szabályozta a bécsi őrségváltás lefolyását: Tarczali tanácsaival segítse ifjú helyettesét, ismertesse meg vele az ügyeket, vezesse be a hivatali körökbe, Szilágyinak viszont meghagyta, hogy idős főnöke netaláni halála esetén azonnal vegye át összes iratait, “nehogy azokból csak egy jota is más kézre kerüljön.” Tarczali 1741 őszén lemondott hivataláról és egykori megbízójának fiához, Bethlen Józsefhez költözött Máramarosba, élete végéig 150 rénes forintnyi nyugdíjat folyósított számára a Főkonzisztórium, az agenturára pedig Szilágyi mellé Dömjén Gergelyt alkalmazta.
A Supremum Consistorium hivatali működésének nem a teljesség igényével történt áttekintése nyomán annyi bizton megállapítható, hogy a világi kormányzáshoz szokott, alapos közigazgatási és hivatalvezetési tapasztalatokkal rendelkező főgondnokok és főtanácsi tagok egyházi munkájuk során is a korabeli Erdély legmodernebb hivatalának, a Guberniumnak és a királyi táblának az ügyviteli szokásait, fogásait alkalmazták, a hivatali teendőket ellátó notariusok pedig szintén hasznosították fő munkahelyükön szerzett ügykezelési szakismereteiket. “Működésük nyomán nyert a református egyház elesett és védekezésre képtelen középkori ügyintézése helyére korszerű, rendszeres igazgatást.” Benyomásunk szerint az egyházi hivatalvezetés, ügykezelés néhány éves vagy egy évtizedes késéssel követte az említett élenjáró példákat, tehát amit a főkonzisztóriumi ülésjegyzőkönyv-vezetés hiányosságairól mondottunk, az többé-kevésbé a Főkormányszék esetében is tapasztalható volt a század első két évtizedében. Mindezek ellenére a református anyaszentegyház lelkészi testületeinek ügyviteléhez képest az Egyházfőtanács hivatali tevékenysége sokkal gyorsabb, pontosabb és hatékonyabb ügyintézést biztosított.
A Főkonzisztórium levéltára 1709 után
Az Egyházfőtanács levéltárkezelési és gyarapítási munkájának bemutatásakor nem kell ugart törnünk, Jakó Zsigmond többször idézett művében föltárta a minket most közelebbről érdeklő kezdeti korszak jellemzőit. Tanulmánya alapján tekintjük át a levéltár létrejöttének folyamatát, egy-két ponton kutatásaink eredményei nyomán részletesebb képet rajzolhatunk.
A kuruc szabadságharcot megelőző időszakban megindult már az egyház jogbiztosító okleveleinek begyűjtése, elsősorban az elvétellel fenyegetett kamarai jövedelmek igazoló irataira figyelve. Mivel a Főkonzisztóriumnak még nem volt levéltára, őrzésükre a főgondnokok vállalkoztak.
1709 tavaszán, az Egyházfőtanács újjászervezésekor Veszprémi István püspök javaslatai között szerepelt, hogy “Archivumot csináltassanak a három fő Curátorok, a melyben minden Ecclesiasticumok be irattassanak.” A határozatból kiderül, hogy mind a superintendens, mind a gyűlés tagjai a levéltárszervezés tekintetében egy patriarkális, már akkor is idejét múlta megoldásra gondoltak: “A fő Curator urak viselnek gondot az Universalis könyv felől, melyben a Consistorium szükséges dolgai be irattassanak és szükséges levelei.” Öt év múlva el is készült a nagy protocollum, amelyet az ülésjegyzőkönyv és leveleskönyv sajátos vegyülékének szánhattak, nagy súlya miatt azonban nem vették használatba, s az időközben eredményesen zajló levéltárgyarapítási akció e másolatkönyv-módszeren amúgy is túllépett.
Teleki László főgondnok oklevél-begyűjtési kezdeményezése a konzisztoriális urak tekintélye és állandó sürgetése révén, mint láttuk, 1712 őszén már sikert hozott, és tovább is folytatódott, az egyházi tisztségviselőket és utódaikat kérték fel arra, hogy a levelestárukba került egyházi és iskolaügyi vonatkozású iratokat adják át a Főtanácsnak. 1713-ban Teleki levelesládát csináltatott, és a következő évben Inczédi jegyző tárgy szerinti csoportokba válogatva és jegyzékelve abban helyezte el a begyűlt jogbiztosító iratokat. Így a Főkonzisztórium gyűjteménye vált a református egyház központi levéltárává, amelybe lassan átvándoroltak a püspöki levelesláda legfontosabb iratai is.
Saját hivatali működésének írásos emlékeit azonban a Supremum Consistorium e kezdeti időben mostohábban kezelte. Megőrizték ugyan, de másodrendű fontosságúnak tartották a benyújtott instantiákat, leveleket, irattári kezelés hiányában pedig egy részük az illető ügyek elintézésében részt vevő főtanácsi tagok levelesládáiban rekedt, így a református főrendűek levéltáraiban ma is szép számmal találhatók egyházi iratok a 18. század elejéről. A nem jogi vonatkozású, egyszerű ügyviteli iratok hiányos kezelésére utal, hogy az 1720-30-as évek fordulójáról alig található belőlük egy néhány a főkonzisztóriumi levéltárban, a kis mennyiségű fönnmaradt anyag zömét az állami hivatalok betöltésével kapcsolatos felségfolyamodványok, felterjesztések teszik ki.
A levéltár első rendezése és számbavétele 1715 májusában történt, amikor az Egyházfőtanács elhatározta a kollégiumok és egyházközségek kamatra kiadott pénzeinek rendbetételét, a kinnlevőségek behajtását. Május 13-án kezdődött az iratok rendezése, osztályozása, Inczédi József ekkor indított regisztruma a vizsgálat céljának megfelelően elsősorban az adósleveleket sorolja fel részletesen, az első három fasciculusba sommás cím alatt kerültek be az ügyviteli iratok. Nemcsak az Alvinczi Gábor guberniumi levéltáros gondjaira bízott iratok kerültek összeírásra, hanem a revízió során mások is beadták a korábban hozzájuk került kötelezvényeket, május 15-én például Teleki Sándor “küldvén le egy csomóba pecsét alatt holmi adós leveleket”, e kilenc irat a 6. (F) fasciculusba került, az ugyancsak tőle származó, az enyedi kollégium vagyonügyeire vonatkozó 28 tétel pedig a 9. (I) kötegbe. A levéltárrendező bizottság meg is válogatta a benyújtott iratokat, nyilván a behajthatóság vagy a jogbizonyító érték szempontjából. Az egyik fasciculusban “az Bétsből lehozott oklevelek vannak, et quidem két kötésben Collatiókról és egy néhány féle Beneficiumokról Donatiok, Commissiok, Inquisitiok, Párok etc. mellyeknek mind Regestruma külön, mind Tabellája vagyon hozzájok téve külön.” (Az adományok és kamarai jövedelmek bécsi jóváhagyatását intézők, valószínűleg Tarczali és Szentkereszti láthatólag példamutatóan pontos adminisztrációt végeztek.)
Inczédi regisztruma nyilvánvalóan nem teljes, az előbb említett fasciculus az 5. (E) jelzetet kapta volna, de áthúzta, és az 5. kötegbe szintén kötelezvények kerültek; a császárvárosból visszakerült irategyüttest valószínűleg az adóslevelek után, más főtanácsi akták társaságában akarta jegyzékbe foglalni, ez azonban elmaradt, a 20 lapból csak 7 van beírva s a hitelesítő aláírások is hiányzanak. Lajstromozó munkáját sajnos később sem folytatta, jegyzékét azonban a levéltárral foglalatoskodók használták, 1728-ban ide írta be Diószegi Mihály a karulyfalvi szökött jobbágyokra vonatkozó, elintézésre átvett levelekről szóló elismervényét.
A következő rendezésre 1736. március 26-án került sor, amikor Mósa László nótárius az Egyházfőtanács Marosszentkirályon, ifj. Bánffi Zsigmond főgondnok udvarházánál őrzött levelesládáját újból leltározta. Regisztruma nem az Inczédi-jegyzék folytatása (amint Jakó Zsigmond feltételezte), hanem az iratokat tárgy szerinti új csoportosításban, fasciculusokba foglalva sorolja fel, kezdve az enyedi kollégium 1717 utáni kötelezvényeivel és régebbi irataival (fasc. A, 1-2.), folytatva a marosvásárhelyi és udvarhelyi főiskola hasonló tárgyú aktáival (fasc. B.). A D fasciculus tulajdonképpen egy zsák, amelyben három kötegben találhatók a jóváhagyott, a felfüggesztett és a sürgetendő adománylevelek, mellettük a Bécsben készült registrum és tabella. A fasciculusokon belül nincs időrend, egy-egy tételszám alatt akár 10-20, ugyanazon tárgyra vonatkozó irat is található. A leltározott iratanyag részben a Teleki-féle gyűjtésből származik, részben a Főkonzisztórium 1709 utáni hivatali működésének terméke, s a jegyzék elárulja a rendezés hiányosságait: az I fasciculus tartalma “a M. Supremum Consistoriumnak irt levelek és instantiak indigeste,” az L-ben pedig “Gillányi Jakabról maradott hánt vetett levelek egy zacskoban sine ordine” őriztetnek. Ebben a patriarkális iratkezelési rendben találta az Egyházfőtanács levéltárát az erdélyi hivatalviselés korszerűsítésének időszaka a 18. század közepén.
A levelesláda őrzése a főgondnokok feladata volt, engedélyük nélkül a notarius sem nyúlhatott bele. Az egyház vagyoni érdekeinek védelme mellett e szigorúságot a református rendi érdekek indokolták, ugyanis e repositorium őrizte, mint említettük, a hivatalok vallások szerinti szétosztására vonatkozó, a kálvinistáktól betöltött társadalmi pozíciók megtartását célzó bizalmas iratokat. Ennek tulajdonítható sértetlen fönnmaradása is, ugyanis általában állandó és városi őrzőhelyen tartották, például Szebenben a Gubernium levéltárában, majd a század közepétől a Főkonzisztórium bérelt szállásán.
A főkonzisztóriumi egyházkormányzati rendszer más egyházakban
Már a bevezetőben jeleztük, hogy a most ismertetett egyházigazgatási forma a magyar református egyházkerületek közül csak Erdélyben alakult ki. Tulajdonképpen a fejedelem a maga hagyományos főgondnoki jogait, tevékenységét, hatáskörét és felelősségét osztotta meg különféle testületekkel az Apafi-korban, majd 1690 után a református főrendek grémiuma örökölte meg és vállalta fel a főgondnokságot. Hasonló társadalmi-politikai berendezkedésről a többi magyar református egyházkerület esetében nem lehetett szó, az Erdélyben kikristályosodott rendszer azonban a 18. század első felében – mint látni fogjuk – mintául szolgált a tiszántúli és a tiszáninneni részek kálvinista főurai számára a világiak egyházvédelmi és kormányzati rendszerének kialakítására.
Bár elsősorban az 1604 óta református vallású erdélyi fejedelmek és a helvéthitű egyház viszonylatában alakult ki a főkonzisztóriumi rendszer, bizonyosnak vehetjük, hogy létrejöttének évszázados folyamatában mintaként és követhető példaként szerepelt az erdélyi szász evangélikus egyház igazgatási formája. Az evangélikusoknál már a 16. század utolsó harmadában intézményesült a világiak egyházkormányzó tevékenysége, a szász egyetemes gyűlés a világiak képviseletében egyenrangú félként vett részt a legfelsőbb szintű egyházigazgatásban a korabeli szóhasználat szerint az együttműködő egyházi és világi rend két egyenrangú “egyetemet” képez, az egyháziaké a lutheránus zsinat, a világiaké a szász egyetemes gyűlés. 1577-ben a vizitációk rendjét “az egyházi és világi universitas” közösen határozta meg. Ez az együttműködés a 17. század során nem volt mindig súrlódásmentes, az evangélikus zsinatnak időnként küzdenie kellett a világiak túlzott hatásköri kiterjeszkedése ellen. Amikor például a szebeni tanács mint a világi egyetem képviselője írt elő vizitációs kérdőpontokat Weynrauch püspöknek, a zsinat azonnal tiltakozott és leszögezte, hogy a világi rendnek nincsenek püspöki jogai. Szükség esetén azonban az evangélikus egyház mindig számíthatott a világiak segítségére, a két rend összehangolt együttműködésére. 1621-ben Weynrauch szuperintendens halála után az országgyűlésen Bethlen István fölvetette a kérdést, hogy a püspök kinevezése talán a fejedelem hatáskörébe tartozna. A jelenlevő szász comes és társai azonnal jelezték, hogy jogaik alapján e tisztség betöltése választás útján történik, és a világi universitas még a kérdést is töröltette a jegyzőkönyvből.
A két “egyetem” szervezett együttműködése a 17. század közepén olyképpen valósult meg, hogy az evangélikus egyház a szász egyetemes gyűléssel egyidőben tartotta a zsinatát Szebenben, a mindkét rendet érintő kérdések megtárgyalására pedig kölcsönösen küldöttségeket küldtek a gyűlésekbe. Gyakran előfordult, hogy az egyik rend írásba foglalva juttatta el kívánságait a másikhoz. Ugyanezt az eljárást láttuk viszont Radnóton 1673-ban a református zsinat és a fejedelmi tanács párhuzamos ülésein.
Bár semmilyen konkrét utalás sincs a szászok egyházkormányzati rendszerének mintaként való használatára, mégis bizonyosra vehetjük, hogy a református főrendű világiak ismerték az evangélikus berendezkedést és saját egyházigazgatási részvételük intézményes formáinak kidolgozásakor az ott bevált módszereket kézenfekvően alkalmazták.
A tiszántúli református egyházkerület azon részében, amely folyamatosan az erdélyi fejedelem joghatósága alá tartozott (Partium: Bihar, Kraszna, Középszolnok, Máramaros vármegyék) néhány esetben tapasztalható a fejedelem közvetlen egyházkormányzati részvétele. 1681 szeptembere, Nógrádi Mátyás püspök halála óta az egyházkerület nem tarthatott püspökválasztó zsinatot a hadak járása miatt, 1684 novemberében Apafi Mihály még további halasztást rendelt el a debreceni traktushoz írott levelében. Háromnegyed év múlva, 1685 augusztus 21-én öt tiszántúli egyházmegye (Debrecen, Szilágy, Érmellék, Körös-Marosköz, Kunság) Debrecenben gyűlésező lelkipásztorai, hivatkozva a többi hét traktus beleegyezésére azzal a kéréssel fordultak Apafi fejedelemhez, hogy engedélyezze a zsinat összehívását és parancslevelével az esetleges távolmaradókat is kényszerítse szavazatuk írásban való elküldésére. A választó zsinat végül 1686 szeptemberében ült össze Debrecenben. A főgondnoki világi hatalom ilyenforma igénybevétele teljesen az erdélyi mintát követi. 
Szintén beavatkozott a fejedelem a Komáromi Csipkés György féle bibliafordítás kiadásának ügyébe. 1681 januárjában elkészült a fordítás revíziója, a tiszántúli zsinat helybenhagyta és hozzájárult a debreceni tanács által tervezett kiadásához. Apafi Mihály azonban 1684 novemberében újabb átnézés végett bekérte a fordítás szövegét a debreceni traktustól, de haláláig nem történt előrelépés az ügyben. 1699 szeptemberében a tiszántúli zsinat a fejedelem jogutódjához, az erdélyi Főkonzisztóriumhoz fordult támogatásért, de eredmény nélkül.
Ezek az alkalomszerű fejedelmi akciók a 17. században nem vezethettek a Tiszántúlon a főrangú világiak olyan intézményes felső szintű egyházkormányzati részvételéhez, amilyent Erdélyben a fejedelmi tanács vagy a vegyes gyűlések esetében láthattunk. Itt a nemesi rendű világiak ha nem is intézményesített, de elfogadott egyházigazgatási részvétele középszinten, a megyegyűléseken valósult meg a traktusok vonatkozásában. Többször is előfordult a tiszántúli egyházmegyékben, hogy a vármegye gyűlésén a református nemesség választott esperest.
A 18. század elején, az erősödő rekatolizációs nyomás hatására a magyarországi evangélikus és református egyház országos szinten volt kénytelen hadrendbe állítani a tekintélyes világiakat, 1708-ban a pozsonyi országgyűlés alkalmával létrejött az “evangélikus konvent”, a két protestáns egyházhoz tartozó követek értekezlete. Református részről Ráday Pál vitt vezető szerepet a következő országgyűléseken is egyháza érdekeinek védelmében, gyakorlatilag egyetemes főgondnoknak tekintették már kortársai is. E hivatal konkrét szervezés nélkül, rendre alakult ki a sokasodó tennivalók és az elintézésükre vállalkozó Ráday mindennapi munkája során, a jelek azonban arra mutatnak, hogy e főgondnoki tevékenység ellátására valamikor mégis kaphatott megbízást a hitsorsos főrendektől. 
Ráday Pál temetésekor (1733. szeptember 22.) Losoncon a szép számban összegyűlt lelkészi és nemesi rend az utódlásról, illetőleg a világiaknak az egyházkormányzatba való rendszeres bevételéről tanácskozott. “Készen volt a minta is az erdélyi hitsorsosoknál – állapítja meg Zoványi Jenő –, ahol már rendszeresítve volt úgy a főgondnoki, mint az egyházmegyei gondnoki hivatal. Szervezve volt a … Főconsistorium intézménye is. Csupán át kellett venni mindet, de természetesen a viszonyok által követelt módosításokkal.” A sajátos magyarországi viszonyokhoz tartozott, hogy nem országgyűlések vagy guberniumi tanácskozások gyűjtötték egybe a református főrendeket, hanem a hegyaljai szüret nyújtott alkalmat a találkozásokra. 1634 őszén Bodrogkeresztúron, Dőry András házánál tartották a “bodrogkeresztúri konvent” néven ismeretes gyűlést, amely az akkoriban kialakuló négy magyarországi egyházkerület élére egy-egy főgondnokot állított, egyetemes főcuratornak pedig gr. Bethlen József máramarosi főispánt, Bethlen Miklós fiát választotta. Létrehozta ugyanakkor a négy főgondnokból és a négy püspökből álló főconsistoriumot, amelynek elnöki tisztét Bethlen József látta el. Ez az erdélyi mintára létrehozott egyházkormányzati rendszer azonban nem bizonyult életképesnek, főként a tiszántúli egyházkerület lelkészi karának szívós ellenállása akadályozta a működését.
Hasonlóképpen mintául szolgált az erdélyi református főkonzisztóriumi rendszer az erdélyi unitárius egyház szervezetének 18. század eleji megújításához is. A Dávid Ferenc hitét követő egyházban korábban is szerephez jutottak a világiak, de csupán mint patrónusok, rangjukhoz képest változó befolyással. Egyházközségi szinten Háromszéken állítottak először curatorokat 1693-ban az eklézsiai vagyon kezelésére, majd 1710-ben Kolozsvárott, az unitárius anyavárosban létesült tizenkét tagú vegyes domesticum consistorium a lelkészekből és a városi tanács hitsorsos tagjaiból. 1691-1703 között, a korai Gubernium idején a Főkorményszék és az országgyűlés unitárius tagjai ugyanúgy státust alkottak, mint a reformátusok, és egyházigazgatási ügyekben is intézkedtek, tevékenységük intézményesülése azonban később következett be. A világiak felső szintű egyházkormányzati részvételét az 1729-ben Kissároson tartott egyháztanács intézményesítette, létrehozva a “papi és secularis emberekből álló Supremum Consistoriumot”, amelynek két lelkészi tagja a püspök és a főjegyző lett, a tíz világi pedig az unitárius főrendekből és a kolozsvári eklézsia képviselőjéből állott. A Consistorium elnökévé Daniel Péter főgondnokot választották. Az ugyanekkor megállapított hatásköri leírás szerint az Egyházfőtanács, akárcsak a reformátusok esetében, két világi képviselőt küld a lelkészi zsinatra, “kik segítségül legyenek a papi synodus directiojának”. Ugyane tanácskozás jelölt ki mindegyik egyházmegyébe két-két felügyelő gondnokot.
Az erdélyi református egyházigazgatási rendszer hatásait vizsgálva mindenképpen figyelemre méltó Bethlen Ádám félig tréfás, félig komoly megjegyzése, mely szerint lehetséges, hogy az erdélyi kálvinisták konzisztoriális-főkurátori rendszerének mintájára nevezett ki főgondnokokat az uralkodó a román görögkatolikus egyház élére 1746-ban. 

Összegezés, kitekintés
A 17. századi erdélyi fejedelmek főpatrónusi és főgondnoki jogkörét megöröklő Supremum Consistorium Reformatorum a főrangú világiak és tekintélyes lelkészek intézményesített együttműködésével a rekatolizáló Habsburg-korszak első félszázadában megteremtette a hatékonyabb védekezés kereteit, kötelező hagyománnyá formálta az egyházi szolgálatvállalást a hitsorsos arisztokrácia körében, kimunkálta a személyi utánpótlás módszereit. Két-három nemzedék alatt tudatosan vállalt református egyházkormányzati sajátosságként épült be a köztudatba a gondnoki-főgondnoki rendszer, amelynek példaértékű voltát a kortársak is hangsúlyozták. 
Nem elhanyagolható a főkonzisztóriumi rendszer társadalomnevelő, a rendi korlátok átlépését elősegítő szerepe sem. A lelkészi kar látókörét szélesítette a politikai-adminisztrációs tapasztalattal rendelkező főurakkal való együttmunkálkodás, viszont a református arisztokratáknak is hasznára vált az egyházi értelmiséggel rendszeresen folytatott közös munka. Jeleztük már, hogy e kooperáció korántsem volt mentes a kisebb-nagyobb nézeteltérésektől, és úgy érezzük, épp e konfliktushelyzetek világítanak rá a konzisztoriális-főkurátori rendszer értékeire. Például Misztótfalusi Kis Miklós személyiségét, életművét, munkájának jelentőségét 1698-ban homlokegyenest ellenkezően ítélte meg a lelkészi kar és az Egyházfőtanács; a Mentséget visszavonató papsággal szemben a Főtanács világi tagjai döntöttek helyesen, amikor a páratlan nyomdaművész élet- és munkakörülményeit igyekeztek javítani, társadalmi pozícióját megerősíteni.
Az Egyházfőtanács tevékenységének értékelésekor Jakó Zsigmond méltató soraihoz csatlakozunk: “Az eklézsia és a politikai pozícióikban veszélyeztetett református rendek érdeke találkozott, s ez avatta a ... Főkonzisztóriumot az egyházi ügyek hűséges védőjévé. Az első időszakban a konzisztórium még nem langymeleg guberniumi hivatalnokok gyülekezete, akik könnyen megalkusznak az egyházi érdekek rovására, csak hogy az udvar előtt ellenzékieknek ne tűnjenek. Bár egyházukban saját politikai érdekeiket is védték, e nemzedék tagjai kétségkívül önzetlenebbül és nagyobb odaadással intézték eklézsiájuk ügyeit, mint a felvilágosodás korának főemberei.”
Az érdekközösség mellé a hűség, önzetlenség és odaadás motivációjaként odatehetjük az azonos gyökerű képzettséget, hiszen a 17. század második felében és a következő elején a főrendű református ifjak ugyanazon teológiai és filozófiai előadásokat hallgatták a kollégiumokban, mint a lelkészi pályára készülők. Az alumnusi rendszer révén jó néhány szegény sorsú kollégiumi diák élvezhetett ösztöndíjat, kaphatott segélyt külföldi tanulmányaihoz az arisztokrata családok alapítványaiból, a peregrinációból hazatérők pedig általában egy-két évig udvari lelkészi szolgálatot vállaltak a patrónus famíliáknál. Így az egyházi szolgálatba álló értelmiségiek a főúri udvarok életvitelével is megismerkedtek, ifjúkorukban kialakult kapcsolataikat tovább erősíthették. Közéleti tevékenységük során a főrendűek rangkülönbségét ellensúlyozhatta a kollégiumi professzorok, püspökök, esperesek egyetemjárásuk során szerzett külföldi tapasztalatai, tudományos munkásságuk és igehirdetésük révén elismert hírnevük. Vállvetett együttmunkálkodásuk az egyházfőtanácsi ügyintézés keretében a létező társadalmi réteghatárokon átnyúló személyes kapcsolatokat szorosabbá tette.
Nem tévedünk talán, ha itt keressük annak a társadalmi jelenségnek az egyik megnyilvánulási formáját, amelyre Cs. Szabó László figyelt fel: “A régi erdélyi urak együtt éltek a papjaikkal és a házitanítóikkal, tanultak tőlük és tanították őket, megosztották velük asztalukat, könyvtárukat, vándorútjukat. ... Igazi protestáns művelődési közösség volt ez. Azt hiszem, Anglián kívül Erdélyben volt legnagyobb becsülete és hatása a falusi papoknak, azoknak, akiket az angol “dean”-nek, “rector”-nak nevez. Geleji Katona, Bod Péter, Dienes József, Halmágyi István Moor Parkban is úgy élt volna, mint Erdélyben. Az angol irodalom olyan főurakból s papokból, papfiúkból áll, akik jól ismerték egymást. Ilyenekből áll az erdélyi irodalom is. ... Ez a közösség: urak és parasztok, grófok és lelkészek kultúrdemokráciája csak a kiegyezés után szakadt szét.” Hadd tegyük hozzá, hogy egyházi közösségük mind a gyülekezetekben, mind a tractusokban, mind az erdélyi egyházkerület legfelsőbb vezetése szintjén megmaradt a múlt évszázad második felében és századunkban is, az utolsó arisztokrata főgondnokokat, gr. Teleki Arcturt és gr. Bánffy Miklóst 1948 nyarán a berendezkedő kommunista diktatúra taszította ki az erdélyi református anyaszentegyház első világi őrállóinak tisztségéből.

Főgondnokok névsora
1691-1748
1691-től:
Bánffi György, a fejedelmi tanács tagja 1687-től, gubernátor 1691-től, mh. 1708. november 15-én.	1691-1708	
Bethlen Gergely, 1678-tól a fejedelmi tanács tagja, guberniumi tanácsos, főgenerális 1691-től, mh. 1697 végén.	1691-1697	
Bethlen Miklós, a tíztagú gondnokság tagja 1685-től, a fejedelmi tanács tagja 1689-től, kancellár 1691-től, fogságba vetik 1704. június 19-én, mh. 1716. október 27-én.	1691-1704	
Székely László, a fejedelmi tanács tagja 1680-tól, guberniumi tanácsos és a rendek elnöke 1691-től, mh. 1692 februárjában	1691-1692	
Bethlen Elek, a fejedelmi tanács tagja 1680-tól, guberniumi tanácsos 1691-től, a rendek elnöke 1692-től, mh. 1696. november 3	1691-1696	
Naláczi István), 1677-től a fejedelmi tanács tagja, guberniumi tanácsos 1691-től, mh. 1702.	1691-1702	
Keresztesi Sámuel guberniumi tanácsos 1692-től, mh. 1706	1692-1706	
Veszprémi István, püspök 1691 júniusától, mh. 1713. szeptember 22-én.	1691-1713	

1709-től:
Wesselényi István, fg. 1709. április 21-től, guberniumi tanácsos 1709 augusztusától, a rendek elnöke 1713-tól, a Gubernium elnöke 1731 decemberétől, mh. 1734. április 27-én.	1709-1734	
Teleki László, fg. 1709. április 21-től, guberniumi tanácsos 1709 augusztusától, mh. 1713 decemberében.	1709-1713	
Bethlen László, fg. 1709. április 21-től, guberniumi tanácsos 1709 augusztusától, mh. 1717. március 30-án.	1709-1717	
Szentkereszti András, guberniumi tanácsos 1713-tól, fg. 1714 júliusától, mh. 1736. január 22.	1713-1736	
Teleki Mihály, fg. 1713-tól, mh. 1720-ban.	1713-1720	
Kemény László, fg. 1717 áprilisától, guberniumi tanácsos 1718 decemberétől, mh. 1734. augusztus 1-én.	1717-1734	
Kolosvári István, püspök és fg. 1713 novemberétől, mh. 1717. augusztus 29-én.	1713-1717	
Soós Ferenc, püspök és fg. 1717 októberétől, mh. 1720. június 19-én.	1717-1720	
Vásárhelyi István, püspök és fg. 1720. július10-től, mh. 1728. márciusában	1720-1728	
Bonyhai Simon György, püspök és fg. 1728. április 5-től, mh. 1737 őszén.	1728-1737	

1734-36-tól:
Bánffi György, fg. 1734 áprilisától, mh. 1735. szeptember 22-én.	1734-1735	
Teleki Sándor, fg. 1734 augusztusától 1738-ig és 1741-42 között, guberniumi tanácsos 1735 július 1-től, mh. 1760.	1734-1738, 1741-1742	
Bethlen Ádám, fg. 1734 augusztusától, guberniumi tanácsos 1735-től, mh. 1748 szeptember 8-án.	1734-1748	
ifj. Bánffi Zsigmond, guberniumi tanácsos 1735 júliusától, fg. 1735 őszétől, mh. 1753 áprilisa után.	1735-1753	
Naláczi József guberniumi tanácsos 1735 júliusától, fg. 1735 őszétől, mh. 1748.	1735-1748	
Szigeti Gyula István, püspök és fg. 1737 őszétől, mh. 1740.	1737-1740	
Deáki Filep József püspök és fg. 1740-1748 között.	1740-1748	

1748-tól:
Lázár János, fg. 	1748-tól	
Bánffi Farkas, fg. 	1751-től	
Alvinczi Gábor, fg. 	1751-től	

Rövidítések jegyzéke
Adattár	Herepei János: Adattár XVII. századi szellemi mozgalmaink történetéhez. I-III. Bp-Szeged, 1965-1971.	
AppCons	Approbatae Constitutiones Regni Transilvaniae. Erdély országának három részre osztatott törvényes könyve. Claudiopoli, 1779.	
BMÖn	Bethlen Miklós: Élete leírása magától. Kemény János és Bethlen Miklós művei. Sajtó alá rendezte V. Windisch Éva. Bp 1980.	
BMLev	Bethlen Miklós levelei. 1657-1716. Sajtó alá rendezte Jankovics József. I-II. Bp 1987.	
Bod 1766.	Bod Péter: Smirnai szent Polikárpus, avagy ... erdélyi réformátus püspököknek Historiájok. [Nagyenyed, 1766.]	
Bod 1888.	Bod, Petrus: Historia hungarorum ecclesiastica. Ed. L. W. E. Rauwenhoff. I-III. Leiden, 1888-1890.	
Bp	Budapest	
EM	Erdélyi Múzeum	
ENMLvt	Az Erdélyi Nemzeti Múzeum levéltára, jelenleg a Román Országos Levéltár kolozsvári Fiókjának kezelésében.	
EOE	Szilágyi Sándor (kiad.): Erdélyi országgyűlési emlékek. I-XXI. Bp 1875-1898.	
EProtL	Erdélyi Protestáns Lap	
ErdRLvt	Az Erdélyi Református Egyházkerület Gyűjtőlevéltára Kolozsvárott.	
ErdTört	Erdély története. Főszerkesztő Köpeczi Béla. I-III. Bp 1986.	
fg.	főgondnok	
FőkonzLvt	Az Erdélyi Református Főkonzisztórium levéltára az ErdRLvt-ban.	
FőkonzLvt ES	Extra seriem actorum publicorum őrzött főkonzisztóriumi akták.	
FőkonzLvt Prot. I.	Sessionis protocollum 1709-1733.	
FőkonzLvt Prot. II.	Liber expeditionum 1710-1741.	
FőkonzLvt Prot. III. 	Sessionis protocollum 1741-1751.	
FogREhkLvt	A fogarasi ref. egyházközség levéltára az ErdRLvt-ban.	
HDJ	Hermányi Dienes József: Szépprózai munkái. Sajtó alá rendezte S. Sárdi Margit. Bp 1992.	
HZEhmLvt	A hunyad-zarándi ref. egyházmegye levéltára az ErdRLvt-ban	
ItK	Irodalomtörténeti Közlemények	
Jakó 1974.	Jakó Zsigmond: Erdélyi Féniks. Misztótfalusi Kis Miklós öröksége. Bukarest, 1974.	
Jakó 1976.	Jakó Zsigmond: A levéltárvédelem útja az erdélyi reformátusok körében. Írás, könyv, értelmiség. Bukarest, 1976.	
KKalEhmLvt	A kolozs-kalotai ref. egyházmegye levéltára az ErdRLvt-ban.	
KükEhmLvt	A küküllői ref. egyházmegye levéltára Dicsőszentmártonban.	
KvEhmLvt	A kolozsvári ref. egyházmegye levéltára az ErdRLvt-ban.	
KvREhkLvt	A kolozsvári ref. egyházközség levéltára az ErdRLvt-ban.	
LvtK	Levéltári Közlemények	
MarEhmLvt	A marosszéki reformáus egyházmegye levéltára az Erdélyi Református Egyházkerület marosvásárhelyi Gyűjtőlevéltárában	
mh.	meghalt	
MPEIFigyelő	Magyar Protestáns Egyházi és Iskolai Figyelő. Szerk. Czelder Márton.	
MPEIFigyelmező	Magyar Protestáns Egyházi és Iskolai Figyelmező. Szerk. Révész Imre.	
MvhREhkLvt	A marosvásárhelyi ref. egyházközség levéltára az Erdélyi Református Egyházkerület marosvásárhelyi Gyűjtőlevéltárában.	
Nagy 1985.	Nagy Géza: Fejezetek a magyar református egyház 17. századi történetéből. Bp 1985.	
OL	Magyar Országos Levéltár, Bp	
OL P 658	Teleki család marosvásárhelyi levéltára. Új rendezés.	
OL P 662	Teleki család marosvásárhelyi levéltára. Teleki Sándor osztálya.	
OL P 1952	BethlenHiba! Nincs megadva könyvjelzőnév. család levéltára. Bethlen Miklós iratai.	
OL R 147	K. Papp Miklós gyűjteménye.	
OL R 298	Erdélyi iratok.	
Pokoly 1904.	Pokoly JózsefHiba! A könyvjelző nem létezik.: Az erdélyi református egyház története. I-V. Bp 1904-1905.	
PPF	Pápai Páriz Ferenc: Békességet magamnak, másoknak. Közzéteszi Nagy Géza. Bukarest, 1977.	
ProtKözl	Protestáns Közlöny	
ProtSz	Protestáns Szemle	
RefSz	Református Szemle 	
SzékEhmLvt	A széki ref. egyházmegye levéltára az ErdRLvt-ban.	
SzvREhkLvt	A szászvárosi ref. egyházközség levéltára az ErdRLvt-ban.	
TMLev	Teleki Mihály levelezése. Szerk. Gergely Sámuel. I-VIII. Bp 1905-1926.	
Trócsányi 1980.	Trócsányi Zsolt: Erdély központi kormányzata. 1540-1690. Bp 1980.	
Trócsányi 1988.	Trócsányi Zsolt: Habsburg-politika és Habsburg-kormányzat Erdélyben 1690-1740. Bp 1988.	
TTár	Történelmi Tár	
VGyN	Czegei Vass György és Vass László naplói. 1659-1739. Közli Nagy Gyula. Bp 1896. (MHHS 35.)	
WIN	Wesselényi István: Sanyarú világ. Napló 1703-1708. Közzéteszi Magyari András és Demény Lajos. I-II. Bukarest, 1983-1985.	
Zoványi 1977.	Zoványi Jenő: Magyarországi protestáns egyháztörténeti lexikon. Szerk. Ladányi Sándor. Bp 1977.