Pálffyt szinte egyhangúan (178 szavazattal) választották nádorrá a rendek.

A választás politikai jelentőségéről, hátteréről (a formálódó udvarellenes ellenzék találta meg benne az erdélyiek szemében is hiteles politikust): Péter Katalin, Zrínyi Miklós terve II. Rákóczi György magyar királyságáról, in: Századok 1972, 653–666. Draskovics 1646-i megválasztása már korántsem ment ilyen simán, s később is ellenérzéseket szült. Ráttkay 249–250 egyes magyar főurak személyes féltékenységével és nagyravágyásával magyarázza az ellenkezést, a „magyarok összeesküvését a nádor ellen”, valójában azonban a jogi kifogások mögött már korábban politikai okok húzódtak meg: a pozsonyi diéta protestáns követei azért tiltakoztak ellene, mert jól ismerték türelmetlen katolikus nézeteit, jezsuita kapcsolatait, illetve már akkor is Pálffyban látták az alkalmasabb személyt. Szemere Pál, országgyűlési naplójában, így emlékszik vissza a vitákra: „Értesülvén a javaslatról [ti. Draskovics nádori jelöléséről – B. S.], kitartóan ellene mondtunk: egyrészt mert a katolikusok közül az országbíró urat, azaz Pálffy Pál grófot nem jelölték, másrészt pedig mert a protestánsok közül Bethlen István úr nem volt jelen. Márpedig olyan személyt kell jelölni, aki jelen van. Hosszú volna előszámlálni a lezajlott viták pro- és kontra érveit, de minden hiábavaló volt. Alapos okfejtésünket semmibe vették, s végül Draskovics János gróf urat választották a Magyar Királyság nádorává százhúsz szavazattal, aki még aznap letette esküjét a várban ő császári felsége és a karok és rendek előtt. Forgách Ádám gróf ötvenöt szavazatot kapott, a többi jelöltek [Bethlen István és Nyáry Pál – B. S.] egyet sem.” „Diarium dietae Posoniensis anno 1646 celebratae Georgii Barna et Pauli de Zemere, comitatus Abaujvariensis ablagatorum”, in: Collectio diariorum diaetalium, I, OSZKK, Fol. Lat. 102, 179v; Szemere – Klobusiczky András mellett – egyúttal az erdélyi fejedelem érdekeinek képviseletében is eljárt az országgyűlésen, vö. ui., 231v (1647. február 23-i bejegyzés).