Bethlen utóda második felesége, Brandenburgi Katalin lesz; mellette Bethlen István, a fejedelem öccse a kormányzó. Kettejük között hamar feszültté válik a helyzet; Katalin és kegyence, Csáky István a katolikus párt, s esetleg a Habsburgok uralomra juttatására tesznek kísérletet. Végül Katalin lemondani kényszerül, s elhagyja Erdélyt.

Kemény János Katalin udvarához tartozik, de ebben a helyzetben is Bethlen Istvánt és pártját támogatja. Több ízben meghiúsítja Katalin politikai terveit, elsősorban azzal, hogy meggátolja Munkács várának a császárpárti Csáky kezére adását. Ekkor már fogarasi vicekapitány, majd 1630-tól, apja halála után annak utódjaként Fogaras főkapitánya és Fejér megye főispánja. A Katalin körüli bonyodalmakat az Önéletírás részletesen, a fontos szerepet játszó résztvevő feszültségével, pártosságával adja elő. 1632-ben megnősül: Kállay Zsuzsannát, Szabolcs megyei nagybirtokos család tagját veszi feleségül.

Katalin távozása, Bethlen István rövid fejedelemsége után I. Rákóczi György kerül Erdély fejedelmi székébe. Rákóczi sok vonatkozásban – elsősorban külpolitikájában – Bethlen Gábor nyomában jár, belpolitikáját, személyi tulajdonságait tekintve azonban mögötte marad nagy elődjének. Kemény jelentős tagja Rákóczi udvari főnemességének. 1636-ban részt vesz a török támogatással Rákóczi ellen forduló Bethlen István ellen vezetett hadjáratban; 1637-ben a fejedelem Havasalföldre küldi, hogy Máté vajdát Lupu moldvai vajda ellenében segítse. 1637-ben Rákóczi főkamarása lesz, majd a fejedelmi ítélőtábla assessora.

Az Önéletírás szerint Kemény szigorúan, de reálisan ítéli meg fejedelmét. Bár ragaszkodik hozzá, sőt, olykor szeretetének is tanújelét adja, kíméletlenül tárja föl hibáit írásában. Rákóczi a fejedelmi birtokok nagymértékű kiterjesztésével kívánta megszilárdítani hatalmát – Kemény sok példáját írja le annak, mekkora kíméletlenséggel, sőt igazságtalanul járt el a fejedelem nemegyszer. Kemény szigorú ítélete Rákóczi bizalmas környezetét sem kíméli.