A harmincéves háború utolsó éveiben Erdély még egyszer bekapcsolódik a küzdelmekbe. Rákóczi György a svédekkel és franciákkal szövetségben 1644 februárjában megindítja seregeit a császáriak ellen. A hadjáratnak több vezére van; Keményre seregei egyharmadát bízza a fejedelem. A harcok Felső-Magyarországon váltakozó szerencsével, Erdély részére átmeneti sikerekkel folynak az év végéig, végül azonban az erdélyiek visszavonulnak. 1645-ben következik a hadjárat második szakasza; erdélyi és svéd seregek egyesülten vonulnak Morvaországba, Brno ostromára. Az erdélyi seregrészt a fejedelem fia, Zsigmond és Kemény vezeti. Az ostrom elhúzódik, s a fejedelem a porta követelésére kénytelen félbehagyni a hadjáratot, s 1645-ben megköti a linzi békét.

A hadjárat során Kemény nemcsak katonai tehetségéről tesz tanúságot; az Önéletírás katonai írói képességeit is bizonyítja. A hadjárat eseményeit részletesen, szakértő módon írja le, az erőviszonyok reális fölmérésével, az elkövetett hibák bírálatával. Az Önéletírás-nak ezek a fejezetei hadtörténeti szempontból éppoly érdekesek, mint az események irodalmi igényű megfogalmazása szempontjából.